SAXSdb — 1bk6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KARYOPHERIN ALPHA

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 89–510	片段：ARMADILLO DOMAIN	LARGE T ANTIGEN × 1 LARGE T ANTIGEN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.307
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 89–510	片段：ARMADILLO DOMAIN	LARGE T ANTIGEN × 1 LARGE T ANTIGEN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BK6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BK5 KARYOPHERIN ALPHA FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 1998-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 89–510（422 aa）片段：ARMADILLO DOMAIN 链 B 89–510（422 aa）片段：ARMADILLO DOMAIN	未记录	CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1EE4 CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST KARYOPHERIN (IMPORTIN) ALPHA IN A COMPLEX WITH A C-MYC NLS PEPTIDE 提交 2000-01-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 87–509（423 aa）片段：ARMADILLO DOMAIN	突变：Y397D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.277
1EE4 CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST KARYOPHERIN (IMPORTIN) ALPHA IN A COMPLEX WITH A C-MYC NLS PEPTIDE 提交 2000-01-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 87–509（423 aa）片段：ARMADILLO DOMAIN	突变：Y397D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.277
1EE5 YEAST KARYOPHERIN (IMPORTIN) ALPHA IN A COMPLEX WITH A NUCLEOPLASMIN NLS PEPTIDE 提交 2000-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 87–510（424 aa）片段：ARMADILLLO-REPEAT DOMAIN	突变：Y397D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.265
1UN0 Crystal Structure of Yeast Karyopherin (Importin) alpha in complex with a Nup2p N-terminal fragment 提交 2003-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 88–530（443 aa）片段：ARMADILLO REPEAT DOMAIN, RESIDUES 88-530	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；50 MM HEPES PH 6.8, 0.15 M NACL, 24 % PEG3350, 2 % PEG400	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
1UN0 Crystal Structure of Yeast Karyopherin (Importin) alpha in complex with a Nup2p N-terminal fragment 提交 2003-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 88–530（443 aa）片段：ARMADILLO REPEAT DOMAIN, RESIDUES 88-530	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；50 MM HEPES PH 6.8, 0.15 M NACL, 24 % PEG3350, 2 % PEG400	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
2C1T Structure of the Kap60p:Nup2 complex 提交 2005-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 88–541（454 aa）片段：ARM DOMAIN, RESIDUES 88-541	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；EXPERIMENTAL DETALS GIVEN IN ENTRY 1UN0 AND IN MATSUURA ET AL, EMBO J, 22, 5358, 2003., pH 6.80	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
2C1T Structure of the Kap60p:Nup2 complex 提交 2005-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 88–541（454 aa）片段：ARM DOMAIN, RESIDUES 88-541	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；EXPERIMENTAL DETALS GIVEN IN ENTRY 1UN0 AND IN MATSUURA ET AL, EMBO J, 22, 5358, 2003., pH 6.80	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
4PVZ Structure of yeast importin a bound to the membrane protein Nuclear Localization Signal sequence of INM protein Heh2 提交 2014-03-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 88–509（422 aa）片段：unp residues 88-509	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100 mM ammonium acetate, 20% PEG 8000, 100 mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
4PVZ Structure of yeast importin a bound to the membrane protein Nuclear Localization Signal sequence of INM protein Heh2 提交 2014-03-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 88–509（422 aa）片段：unp residues 88-509	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100 mM ammonium acetate, 20% PEG 8000, 100 mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
4XZR Structure of yeast importin a bound to the membrane protein Nuclear Localization Signal sequence of INM protein Heh1 提交 2015-02-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 88–509（422 aa）片段：unp residues 88-509	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM ammonium acetate, 20% PEG 8000, 100 mM BisTris	分辨率 2.25 Å R-free 0.215
5H2W Crystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO protease Ulp1p (150-340) 提交 2016-10-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 88–510（423 aa）片段：UNP residues 88-510	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M MES, 0.1M calcium acetate, 12% PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
5H2W Crystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO protease Ulp1p (150-340) 提交 2016-10-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 88–510（423 aa）片段：UNP residues 88-510	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M MES, 0.1M calcium acetate, 12% PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
5H2X Crystal structure of the karyopherin Kap60p bound to the SUMO protease Ulp1p (150-172) 提交 2016-10-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 88–510（423 aa）片段：UNP residues 88-510	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium phosphate, 12% PEG8000	分辨率 2.20 Å R-free 0.228
5T94 Crystal structure of Kap60 bound to yeast RCC1 (Prp20) 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–542（542 aa）	突变：T205A, D276E, K400R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Na cacodylate, 0.1 M NaCl and 1.1 M ammonium sulfate	分辨率 2.63 Å R-free 0.259

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–422； UniProt 89–510 作者链 B； PDB构建体 1–422； UniProt 89–510

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bk6
沉积日期 deposition_date	1998-07-14
结构标题 title	KARYOPHERIN ALPHA (YEAST) + SV40 T ANTIGEN NLS
关键词 keywords	;PROTEIN TRANSPORT, NLS NUCLEAR IMPORT, ARMADILLO REPEAT CONTAINING PROTEIN, COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT-PEPTIDE), COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT-PEPTIDE) complex ;; COMPLEX (PROTEIN TRANSPORT/PEPTIDE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.95 Å
零角强度 I(0) i0	126319000.00
分子量 molecular_weight	92303.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116580 Å³
包络体积 envelope_volume	148420 Å³
水化壳体积 shell_volume	36905 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.48 Å
包络 Rg envelope_rg	34.82 Å
形状 Rg shape_rg	34.94 Å
总 Rg total_rg	35.32 Å
总原子数 total_atoms	6488
残基数 n_residues	866
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8252
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.550
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.039
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.690; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.885

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KARYOPHERIN ALPHA
分子量 formula_weight	46718.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6500

LPQMTQQLNSDDMQEQLSATVKFRQILSREHRPPIDVVIQAGVVPRLVEFMRENQPEMLQLEAAWALTNIASGTSAQTKVVVDADAVPLFIQLLYTGSVEVKEQAIWALGNVAGDSTDYRDYVLQCNAMEPILGLFNSNKPSLIRTATWTLSNLCRGKKPQPDWSVVSQALPTLAKLIYSMDTETLVDACWAISYLSDGPQEAIQAVIDVRIPKRLVELLSHESTLVQTPALRAVGNIVTGNDLQTQVVINAGVLPALRLLLSSPKENIKKEACWTISNITAGNTEQIQAVIDANLIPPLVKLLEVAEYKTKKEACWAISNASSGGLQRPDIIRYLVSQGCIKPLCDLLEIADNRIIEVTLDALENIIKMGEADKEARGLNINENADFIEKAGGMEKIFNCQQNENDKIYEKAYKIIETYFG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LARGE T ANTIGEN
分子量 formula_weight	791.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

KKKRKV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LARGE T ANTIGEN
分子量 formula_weight	489.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

AKKAA

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bk6a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.1 — Armadillo repeat

结构域编号 domain_id	d1bk6b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.1 — Armadillo repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1bk6A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	1bk6B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	161.120 Å
晶胞边长 b length_b	75.750 Å
晶胞边长 c length_c	84.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.100 Å
R 因子 r_factor	0.2560
R_work r_work	0.2560
R_free r_free	0.3070

fit	/app/data/saxs_computation/bk/1bk6/1bk6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/1bk6/1bk6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/1bk6/1bk6.dat

KARYOPHERIN ALPHA (YEAST) + SV40 T ANTIGEN NLS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KARYOPHERIN ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)