SAXSdb — 1c9i

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLATHRIN

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–359 链 B； UniProt 1–359	片段：N-TERMINAL DOMAIN	B-ADAPTIN 3 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 4000, KOAc, DTT, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C9I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BPO CLATHRIN HEAVY-CHAIN TERMINAL DOMAIN AND LINKER 提交 1998-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER 链 B 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER 链 C 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
1BPO CLATHRIN HEAVY-CHAIN TERMINAL DOMAIN AND LINKER 提交 1998-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER 链 B 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER 链 C 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
1BPO CLATHRIN HEAVY-CHAIN TERMINAL DOMAIN AND LINKER 提交 1998-08-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER 链 C 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
1BPO CLATHRIN HEAVY-CHAIN TERMINAL DOMAIN AND LINKER 提交 1998-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–494（494 aa）片段：TERMINAL DOMAIN AND LINKER	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
1C9L PEPTIDE-IN-GROOVE INTERACTIONS LINK TARGET PROTEINS TO THE B-PROPELLER OF CLATHRIN 提交 1999-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–359（357 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN 链 B 3–359（357 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 400, KOAc, DTT, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.263
9R9B Crystal structure of clathrin heavy chain in complex with a peptidomimetic inhibitor of the TACC3 interaction 提交 2025-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；291 K；20% w/v polyethylene glycol 3350 200 mM tri-potassium citrate	分辨率 2.15 Å R-free 0.268

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLH_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 B； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c9i
沉积日期 deposition_date	1999-08-02
结构标题 title	PEPTIDE-IN-GROOVE INTERACTIONS LINK TARGET PROTEINS TO THE B-PROPELLER OF CLATHRIN
关键词 keywords	BETA-PROPELLER, HELICAL HAIRPIN, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.07 Å
零角强度 I(0) i0	101136000.00
分子量 molecular_weight	80737.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101560 Å³
包络体积 envelope_volume	124880 Å³
水化壳体积 shell_volume	34772 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.59 Å
包络 Rg envelope_rg	31.10 Å
形状 Rg shape_rg	31.05 Å
总 Rg total_rg	31.64 Å
总原子数 total_atoms	5671
残基数 n_residues	726
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	101100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6478
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.471
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.393
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.906

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CLATHRIN
分子量 formula_weight	39953.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5671

MAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDAKQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGNQPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNRKGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAG

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	B-ADAPTIN 3
分子量 formula_weight	916.0 kDa
突变 mutation	D815A, D823A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

AVSLLDLDA

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1c9ia1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.4 — Clathrin heavy-chain linker domain

结构域编号 domain_id	d1c9ia2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.6 — Clathrin heavy-chain terminal domain
家族 Family family	b.69.6.1 — Clathrin heavy-chain terminal domain

结构域编号 domain_id	d1c9ib1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.4 — Clathrin heavy-chain linker domain

结构域编号 domain_id	d1c9ib2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.6 — Clathrin heavy-chain terminal domain
家族 Family family	b.69.6.1 — Clathrin heavy-chain terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1c9iA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Clathrin heavy-chain terminal domain

结构域编号 domain_id	1c9iB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Clathrin heavy-chain terminal domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	137.040 Å
晶胞边长 b length_b	131.275 Å
晶胞边长 c length_c	79.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2690

fit	/app/data/saxs_computation/c9/1c9i/1c9i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/1c9i/1c9i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/1c9i/1c9i.dat

PEPTIDE-IN-GROOVE INTERACTIONS LINK TARGET PROTEINS TO THE B-PROPELLER OF CLATHRIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CLATHRIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)