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1cdj

STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4

Homo sapiens

UniProt P01730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–203 片段：D1D2 FRAGMENT 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CDJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CDH STRUCTURES OF AN HIV AND MHC BINDING FRAGMENT FROM HUMAN CD4 AS REFINED IN TWO CRYSTAL LATTICES 提交 1994-01-26 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–203（178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1CDI STRUCTURES OF AN HIV AND MHC BINDING FRAGMENT FROM HUMAN CD4 AS REFINED IN TWO CRYSTAL LATTICES 提交 1994-01-26 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–203（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1CDU STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 MUTANT WITH PHE 43 REPLACED BY VAL 提交 1996-11-11 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–203（178 aa） 片段：D1D2 FRAGMENT
突变：F43V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1CDY STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 MUTANT WITH GLY 47 REPLACED BY SER 提交 1996-11-11 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–203（178 aa） 片段：D1D2 FRAGMENT
突变：G47S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1G9M HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–210（185 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
突变：S184N, I185T NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.330
1G9N HIV-1 YU2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–210（185 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
突变：S184N, I185T NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (5 MG/ML IN 0.35 M NACL, 0.005 M TRIS CL PH 7.0) + 0.35 UL OF RESERVOIR (50 UL OF NA ACETATE pH 4.5 + 250 UL OF HAMPTON CRYSTAL SCREEN REAGENT 18 + 126 UL OF ETHANOL + 292 UL OF WATER), pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.295
1GC1 HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY 提交 1998-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–210（185 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
突变：S184N, I185T NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, vapor diffusion
分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1JL4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CD4 N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT COMPLEXED TO A CLASS II MHC MOLECULE 提交 2001-07-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 26–203（178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；17% PEG 4,000/0.2M Li2SO4/0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 4.30 Å R-free 0.453
1Q68 Solution structure of T-cell surface glycoprotein CD4 and Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK fragments 提交 2003-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 421–458（38 aa） 片段：residues 421-458
突变：M407L ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.1；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N,13C; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 100% D2O
NMR样品组成 1.0 mM CD4-Lck-Cd2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol | 100% D2O
分辨率未提供
1RZJ HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–210（185 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
突变：S184N, I185T NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.323
1RZK HIV-1 YU2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–210（185 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
突变：S184N, I185T NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (5 MG/ML IN 0.35 M NACL, 0.005 M TRIS CL PH 7.0) + 0.35 UL OF RESERVOIR (50 UL OF NA ACETATE PH 4.5 + 250 UL OF HAMPTON CRYSTAL SCREEN REAGENT 18 + 126 UL OF ETHANOL + 292 UL OF WATER), pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.297
1WBR SOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN CD4 (403-419) RECEPTOR PEPTIDE, NMR, 32 STRUCTURES 提交 1996-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 428–444（17 aa） 片段：403 - 419
突变：N-TERMINUS IS ACETYLATED, C-TERMINUS IS AMIDATED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K
分辨率未提供
1WIO STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–388（363 aa） 片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.90 Å R-free 0.351
1WIO STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–388（363 aa） 片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.90 Å R-free 0.351
1WIP STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–388（363 aa） 片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.00 Å R-free 0.427
1WIP STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–388（363 aa） 片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.00 Å R-free 0.427
1WIQ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–388（363 aa） 片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 5.00 Å R-free 0.442
1WIQ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–388（363 aa） 片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 5.00 Å R-free 0.442
2B4C Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody 提交 2005-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–206（181 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 5 XYL Xylitol × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.50
分辨率 3.30 Å R-free 0.349
2B4C Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody 提交 2005-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 C 26–206（181 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 20 XYL Xylitol × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.50
分辨率 3.30 Å R-free 0.349
2KLU NMR structure of the transmembrane and cytoplasmic domains of human CD4 提交 2009-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 397–458（62 aa） 片段：UNP residues 397-458
突变：C394S,C397S,C420S,C422S,C430H 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.2；318 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD4 coreceptor polypeptide, 200 mM [U-100% 2H] DPC, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NXY HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein(S334A) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0 % PEG 8000, 7.5 % 1,6-Hexanediol, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.231
2NXZ HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T257S, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.04 Å R-free 0.244
2NY0 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, T257S, V275C, S334A, S375W, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
2NY1 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (I109C, T257S, S334A, S375W, Q428C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.99 Å R-free 0.250
2NY2 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T123C, T257S, S334A, S375W, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.2% PEG 8000, 7.8% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.223
2NY3 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E267C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
2NY4 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E268C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0% PEG 8000, 8.0% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2NY5 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；9.2% PEG 4000, 9.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
2NY6 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T123C, T257S, V275C,S334A, S375W, Q428C, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.3% PEG 8000, 7.4% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–206（181 aa） 片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MLA MALONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.269
2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 26–206（181 aa） 片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MLA MALONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.269
2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 26–206（181 aa） 片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
链 F 26–206（181 aa） 片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 MLA MALONIC ACID × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.269
3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 428–450（23 aa） 片段：residues 403-425
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.82 Å R-free 0.307
3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 428–450（23 aa） 片段：residues 403-425
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.82 Å R-free 0.307
3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 428–450（23 aa） 片段：residues 403-425
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.82 Å R-free 0.307
3CD4 REFINEMENT AND ANALYSIS OF THE FIRST TWO DOMAINS OF HUMAN CD4 提交 1992-07-30 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–207（182 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
3J70 Model of gp120, including variable regions, in complex with CD4 and 17b 提交 2014-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 26–208（183 aa） 片段：UNP residues 26-208
链 O 26–208（183 aa） 片段：UNP residues 26-208
链 T 26–208（183 aa） 片段：UNP residues 26-208
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
3JCB Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5 提交 2015-11-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 26–200（175 aa） 片段：UNP residues 26-200
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane.
分辨率未提供
3JCC Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5 提交 2015-11-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 26–200（175 aa） 片段：UNP residues 26-200
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane.
分辨率未提供
3JWD Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9.5；293 K；4.5 % PEG 8000, 01M CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.275
3JWD Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9.5；293 K；4.5 % PEG 8000, 01M CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.275
3JWO Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；5.3% PEG8000, 0.2M Calcium acetate, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.51 Å R-free 0.273
3LQA Crystal structure of clade C gp120 in complex with sCD4 and 21c Fab 提交 2010-02-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–207（182 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 5% (v/v) PEG 200, 0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.40 Å R-free 0.322
3O2D Crystal structure of HIV-1 primary receptor CD4 in complex with a potent antiviral antibody 提交 2010-07-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–207（182 aa） 片段：UNP residues 26-207
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3 M Na malonate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.19 Å R-free 0.224
3S4S Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 26–203（178 aa） 片段：UNP residues 26-203
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3S4S Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 26–203（178 aa） 片段：UNP residues 26-203
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3S5L Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 26–203（178 aa） 片段：CD4
突变：Q40Y, T45W, S60R, D63R GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.268
3S5L Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 26–203（178 aa） 片段：CD4
突变：Q40Y, T45W, S60R, D63R GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.268
3T0E Crystal structure of a complete ternary complex of T cell receptor, peptide-MHC and CD4 提交 2011-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 26–388（363 aa） 片段：unp residues 26-398
突变：Q40Y, T45W 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；277 K；10 mM Tris-HCl pH8, 10 mM NaAc pH5.2, 5 mM NaCl, EVAPORATION, temperature 277K
分辨率 4.00 Å R-free 0.305
4H8W Crystal structure of non-neutralizing and ADCC-potent antibody N5-i5 in complex with HIV-1 clade A/E gp120 and sCD4. 提交 2012-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；11-13% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 65 mM sodium chloride added to well after mixing drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.85 Å R-free 0.215
4JM2 Crystal Structure of PGT 135 Fab in Complex with gp120 Core Protein from HIV-1 Strain JR-FL Bound to CD4 and 17b Fab 提交 2013-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 26–208（183 aa） 片段：Ig-like V-type and C2-type 1 domains (UNP residues 26-208)
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG2000, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.285
4P9H Crystal structure of 8ANC195 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV-1 and soluble CD4 D1D2 提交 2014-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 26–207（182 aa） 片段：CD4 D1D2
突变：K75T EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 BEN BENZAMIDINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；298 K；PEG 3350, HEPES, benzamidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.272
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–208（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–208（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–208（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–208（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R4H Crystal structure of non-neutralizing, A32-like antibody 2.2c in complex with HIV-1 Env gp120 提交 2014-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–203（178 aa） 片段：UNP residues 26-203
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG 5000 MME, 100 mM sodium acetate, and 100 mM Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 4.28 Å R-free 0.320
4RQS Crystal structure of fully glycosylated HIV-1 gp120 core bound to CD4 and 17b Fab 提交 2014-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.4 M sodium formate, 16.6% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.49 Å R-free 0.322
4RQS Crystal structure of fully glycosylated HIV-1 gp120 core bound to CD4 and 17b Fab 提交 2014-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.4 M sodium formate, 16.6% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.49 Å R-free 0.322
5A7X negative stain EM of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195 提交 2015-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 B 26–206（181 aa）
链 F 26–206（181 aa）
链 J 26–206（181 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20MM TRIS, 50 MM NACL；pH 8；20MM TRIS, 50 MM NACL
分辨率 17.00 Å
5A8H cryo-ET subtomogram averaging of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195 提交 2015-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 B 26–208（183 aa） 片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208
链 H 26–208（183 aa） 片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208
链 N 26–208（183 aa） 片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20MM TRIS, 50MM NACL；pH 8；20MM TRIS, 50MM NACL
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 95, TEMPERATURE- 70, INSTRUMENT- FEI
分辨率 23.00 Å
5CAY Envelope glycoprotein gp120 core from HIV type 2 bound to the first two domains of human soluble CD4 receptor 提交 2015-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–208（183 aa） 片段：domains 1 and 2 (UNP residues 26-208)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.15M DL-Malic acid 7.0, 0.1M imidazole pH 7.0, 22% PEGMME 550
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
5THR Cryo-EM structure of a BG505 Env-sCD4-17b-8ANC195 complex 提交 2016-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 G 26–207（182 aa） 片段：UNP residues 26-207
链 H 26–207（182 aa） 片段：UNP residues 26-207
链 I 26–207（182 aa） 片段：UNP residues 26-207
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.90 Å
5U1F Initial contact of HIV-1 Env with CD4: Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP trimer in complex with CD4 and antibody PGT145 提交 2016-11-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 M 26–388（363 aa） 片段：UNP residues 26-388
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
5VN3 Cryo-EM model of B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2) and fragment antigen binding variable domain of 17b 提交 2017-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 26–208（183 aa）
链 E 26–208（183 aa）
链 F 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；DDM was added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample applied to a holey carbon grid on glow discharged face and blotted manually on sample side until filter paper detached from grid, followed by immediate plunging
分辨率 3.70 Å
6CM3 BG505 SOSIP in complex with sCD4, 17b, 8ANC195 提交 2018-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 G 26–207（182 aa）
链 H 26–207（182 aa）
链 I 26–207（182 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.54 Å
6EDU B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2), the co-receptor mimicking antibody 21c and the broadly neutralizing antibody 8ANC195 提交 2018-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 G 26–208（183 aa）
链 H 26–208（183 aa）
链 I 26–208（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
6L1Y structure of gp120/CD4 with a non-canonical surface 提交 2019-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 26–202（177 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.4；293 K；0.1 M HEPES sodium, pH 7.4, 11% PEG 4000 and 10% 2-propanol
分辨率 2.47 Å R-free 0.257
6MEO Structural basis of coreceptor recognition by HIV-1 envelope spike 提交 2018-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–201（176 aa） 片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains, residues 26-201
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 BMA beta-D-mannopyranose × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.001% LMNG (w/v), 0.025% DDM (w/v), and 0.04 % CHS (w/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6MET Structural basis of coreceptor recognition by HIV-1 envelope spike 提交 2018-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–388（363 aa） 片段：Ig-like V-type 1 and Ig-like C2-type 1,2,3 domains, residues 26-388
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.001% LMNG (w/v), 0.025% DDM (w/v), and 0.04 % CHS (w/v).
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6OPN CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP in complex with small molecule GO35 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 25–203（179 aa）
链 F 25–203（179 aa）
链 I 25–203（179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 N07 [3'-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)[1,1'-biphenyl]-3-yl](piperidin-1-yl)methanone × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6OPO Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 25–203（179 aa）
链 G 25–203（179 aa）
链 N 25–203（179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；DDM added shortly (<5 minutes) prior to freezing.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6OPP Asymmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 25–203（179 aa）
链 F 25–203（179 aa）
链 M 25–203（179 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6OPQ CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP frozen with LMNG 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 25–203（179 aa）
链 I 25–203（179 aa）
链 J 25–203（179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6U0L Asymmetrically open conformational state (Class I) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 26–207（182 aa） 片段：D1-D2 domain
链 E 26–207（182 aa） 片段：D1-D2 domain
链 F 26–207（182 aa） 片段：D1-D2 domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6U0N Asymmetrically open conformational state (Class II) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 26–207（182 aa）
链 E 26–207（182 aa）
链 F 26–207（182 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6X5B Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 25–203（179 aa）
链 G 25–203（179 aa）
链 N 25–203（179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6X5C Asymmetric model of CD4-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 25–203（179 aa）
链 I 25–203（179 aa）
链 J 25–203（179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.04 Å
7T0O cryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extracellular domains of CD4 and the adnectin domain of Combinectin. The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin 提交 2021-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 H 26–389（364 aa）
链 L 26–389（364 aa）
链 M 26–389（364 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.70 Å
7T0R Crystal structure of the anti-CD4 adnectin 6940_B01 as a complex with the extracellular domains of CD4 and ibalizumab fAb 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 26–389（364 aa） 片段：Extra-cellular domains D1-D4
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.01 M Na3 Citrate, 15.5% PEG3350, 0.3 M (NH4)2H Citrate, 0.1 M AmSO4
分辨率 3.65 Å R-free 0.292
7T0R Crystal structure of the anti-CD4 adnectin 6940_B01 as a complex with the extracellular domains of CD4 and ibalizumab fAb 提交 2021-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 26–389（364 aa） 片段：Extra-cellular domains D1-D4
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.01 M Na3 Citrate, 15.5% PEG3350, 0.3 M (NH4)2H Citrate, 0.1 M AmSO4
分辨率 3.65 Å R-free 0.292
7TXD Cryo-EM structure of BG505 SOSIP HIV-1 Env trimer in complex with CD4 receptor (D1D2) and broadly neutralizing darpin bnD.9 提交 2022-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 26–208（183 aa） 片段：D1-D2
链 H 26–208（183 aa） 片段：D1-D2
链 I 26–208（183 aa） 片段：D1-D2
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.87 Å
8D5C anti-HIV-1 gp120-sCD4 complex antibody CG10 Fab in complex with B41-sCD4 提交 2022-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 26–208（183 aa）
链 E 26–208（183 aa）
链 F 26–208（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8FYI Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT1 in complex with one CD4 molecule 提交 2023-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 Z 26–396（371 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8FYJ Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT2 in complex with two CD4 molecules (class I) 提交 2023-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 Y 26–396（371 aa）
链 Z 26–396（371 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–203（178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate
分辨率 1.81 Å R-free 0.206
8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 26–203（178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate
分辨率 1.81 Å R-free 0.206
8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 26–203（178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate
分辨率 1.81 Å R-free 0.206
8Z7N Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules 提交 2024-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–392（392 aa）
链 F 1–392（392 aa）
链 I 1–392（392 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9D8Y Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with one gp120 rotated, Population 4 提交 2024-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 26–121（96 aa） 片段：residues 1-96
链 N 26–121（96 aa） 片段：residues 1-96
链 O 26–121（96 aa） 片段：residues 1-96
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
9D90 Cryo-EM structure of partially open HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-17b Fab and 3-VRC34.01 Fab, Population 1 提交 2024-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 M 26–206（181 aa）
链 N 26–206（181 aa）
链 O 26–206（181 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
9D98 Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with two gp120 protomers rotated, Population 5 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 M 26–206（181 aa）
链 N 26–206（181 aa）
链 O 26–206（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.19 Å
9MET CXCR4-HIV-2/gp120-CD4 提交 2024-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 26–201（176 aa） 片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains (UNP residues 26-201)
链 R 26–201（176 aa） 片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains (UNP residues 26-201)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.65 Å
9OAJ AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with CD4 D1D2 提交 2025-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–458（458 aa）
链 D 1–458（458 aa）
链 G 1–458（458 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–178； UniProt 26–203

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cdj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cdj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cdj
沉积日期 deposition_date1996-11-11
结构标题 titleSTRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4
关键词 keywordsIMMUNOGLOBULIN FOLD, TRANSMEMBRANE, GLYCOPROTEIN, T-CELL, MHC, LIPOPROTEIN; GLYCOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.15 Å
零角强度 I(0) i07185740.00
分子量 molecular_weight19688.0 kDa
排除体积 excluded_volume24693 ų
包络体积 envelope_volume29580 ų
水化壳体积 shell_volume13641 ų
包络直径 envelope_diameter74.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.79 Å
包络 Rg envelope_rg20.52 Å
形状 Rg shape_rg20.16 Å
总 Rg total_rg20.88 Å
总原子数 total_atoms1383
残基数 n_residues178
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.4 Å
Rg (实空间) rg_real21.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real7.1860e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7186000.0000
解质量估计 total_estimate0.7794
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.1 Å
偏度 Skewness skewness0.536
峰度 Kurtosis kurtosis-0.408
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3020000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.557; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.525; Smooth: 0.932
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cdja1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1cdja2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.3 — C2 set domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1cdjA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1cdjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)