1cl3

MOLECULAR INSIGHTS INTO PEBP2/CBF-SMMHC ASSOCIATED ACUTE LEUKEMIA REVEALED FROM THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PEBP2/CBF BETA

Method: SOLUTION NMR D_max: 52.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–141	片段：BETA SUBUNIT	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；303 K NMR样品组成：96% WATER/4% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CL3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–135（134 aa）片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–135（134 aa）片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–135（134 aa）片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–135（134 aa）片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1H9D Aml1/cbf-beta/dna complex 提交 2001-03-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–135（134 aa）片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1H9D Aml1/cbf-beta/dna complex 提交 2001-03-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–135（134 aa）片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 a 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 6 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 k 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 c 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 i 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 o 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 u 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 0 1–170（170 aa）片段：UNP residues 1-170	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 3.30 Å R-free 0.324
6NIL cryoEM structure of the truncated HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex 提交 2018-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–151（151 aa）链 E 1–151（151 aa）链 H 1–151（151 aa）链 K 1–151（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6P59 Crystal structure of SIVrcm Vif-CBFbeta-ELOB-ELOC complex 提交 2019-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–165（165 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；MES (pH 6), PEG 6000, Dichloromethane	分辨率 2.94 Å R-free 0.268
6P59 Crystal structure of SIVrcm Vif-CBFbeta-ELOB-ELOC complex 提交 2019-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–165（165 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；MES (pH 6), PEG 6000, Dichloromethane	分辨率 2.94 Å R-free 0.268
6VGD Crystal structure of the DNA binding domain (DBD) of human FLI1 and the complex of the DBD of human Runx2 with core binding factor beta (Cbfb), in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.6 M K/Na Tartrate, 0.1 M Hepes, pH7.0	分辨率 4.20 Å R-free 0.293
6VGE Crystal structure of the DNA binding domains of human transcription factor ERG, human Runx2 bound to core binding factor beta (Cbfb), in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.6 M K/Na Tartrate, 0.1 M Hepes, pH7.0	分辨率 4.25 Å R-free 0.317
6VGG Crystal structure of the DNA binding domains of human transcription factor ERG, human Runx2 bound to core binding factor beta (Cbfb), and mithramycin, in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 1–142（142 aa）	未记录	QWP mithramycin × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.3 M K/Na Tartrate, 50 mM Hepes, pH 7.0, soaked in 1 mM mithramycin-Mg	分辨率 4.31 Å R-free 0.285
8CX0 Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC monomeric complex 提交 2022-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 C 1–182（182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8CX1 Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 1 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8CX2 Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 2 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8E40 Full-length APOBEC3G in complex with HIV-1 Vif, CBF-beta, and fork RNA 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–157（157 aa）片段：UNP residues 1-157	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
8FVI Human APOBEC3H bound to HIV-1 Vif in complex with CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5 提交 2023-01-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 0 1–157（157 aa）片段：UNP residues 1-157	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8FVJ Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5 提交 2023-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 0 1–157（157 aa）片段：UNP residues 1-157 链 5 1–157（157 aa）片段：UNP residues 1-157	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8H0I Cryo-EM structure of APOBEC3G-Vif complex 提交 2022-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–156（156 aa）链 F 1–156（156 aa）链 H 1–156（156 aa）链 J 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.80 Å
8J62 Cryo-EM structure of APOBEC3G-Vif complex 提交 2023-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–156（156 aa）链 F 1–156（156 aa）链 H 1–156（156 aa）链 J 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.50 Å
8SZK The cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex 提交 2023-05-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9E93 Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H 提交 2024-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 o 1–170（170 aa）链 s 1–170（170 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9E9V Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H 提交 2024-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：13-meric	链 o 1–170（170 aa）链 s 1–170（170 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 19 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–138； UniProt 4–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cl3
沉积日期 deposition_date	1999-05-04
结构标题 title	MOLECULAR INSIGHTS INTO PEBP2/CBF-SMMHC ASSOCIATED ACUTE LEUKEMIA REVEALED FROM THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PEBP2/CBF BETA
关键词 keywords	STRUCTURE FROM MOLMOL, CORE-BINDING FACTOR, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.22 Å
零角强度 I(0) i0	2493790000.00
分子量 molecular_weight	405050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	498290 Å³
包络体积 envelope_volume	38093 Å³
水化壳体积 shell_volume	17286 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.63 Å
包络 Rg envelope_rg	19.21 Å
形状 Rg shape_rg	17.21 Å
总 Rg total_rg	17.34 Å
总原子数 total_atoms	55775
残基数 n_residues	3450
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2494000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8983
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	18.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	377000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.754

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1cl3a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.54 — Core binding factor beta, CBF
超家族 Superfamily superfamily	b.54.1 — Core binding factor beta, CBF
家族 Family family	b.54.1.1 — Core binding factor beta, CBF

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1cl3A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	250 — Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Core binding factor, beta subunit

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2
分子量 formula_weight	16228.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	55775

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

MOLECULAR INSIGHTS INTO PEBP2/CBF-SMMHC ASSOCIATED ACUTE LEUKEMIA REVEALED FROM THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PEBP2/CBF BETA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/cl/1cl3/1cl3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cl/1cl3/1cl3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cl/1cl3/1cl3.dat