SAXSdb — 1d6r

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSINOGEN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	BOWMAN-BIRK PROTEINASE INHIBITOR PRECURSOR × 2 （P01055） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRY1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–223； UniProt 21–243

BOWMAN-BIRK PROTEINASE INHIBITOR PRECURSOR

物种未注明

UniProt P01055

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRYPSINOGEN × 2 （P00760） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IBB1_SOYBN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–58； UniProt 45–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d6r
沉积日期 deposition_date	1999-10-15
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF CANCER CHEMOPREVENTIVE BOWMAN-BIRK INHIBITOR IN TERNARY COMPLEX WITH BOVINE TRYPSIN AT 2.3 A RESOLUTION. STRUCTURAL BASIS OF JANUS-FACED SERINE PROTEASE INHIBITOR SPECIFICITY
关键词 keywords	PROTEASE INHIBITOR, SERINE PROTEASE, BOWMAN-BIRK INHIBITOR, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1d6r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1d6r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1d6r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.75 Å
Rg（电子密度）	25.61 Å
总 Rg	26.07 Å
原子数	4112
残基数	562
排除体积	72686 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1d6r__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRYPSINOGEN
分子量 formula_weight	23324.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2172

IVGGYTCGANTVPYQVSLNSGYHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSGIQVRLGEDNINVVEGNEQFISASKSIVHPSYNSNTLNNDIMLIKLKSAASLNSRVASISLPTSCASAGTQCLISGWGNTKSSGTSYPDVLKCLKAPILSDSSCKSAYPGQITSNMFCAGYLEGGKDSCQGDSGGPVVCSGKLQGIVSWGSGCAQKNKPGVYTKVCNYVSWIKQTIASN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BOWMAN-BIRK PROTEINASE INHIBITOR PRECURSOR
分子量 formula_weight	6431.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

KPCCDQCACTKSNPPQCRCSDMRLNSCHSACKSCICALSYPAQCFCVDITDFCYEPCK

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d6ra_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1d6ri_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.13 — Bowman-Birk inhibitor, BBI
家族 Family family	g.3.13.1 — Bowman-Birk inhibitor, BBI

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1d6rA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1d6rA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1d6rI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	69 — Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H

▶

7. 引用文献 (7)

;Crystal structure of cancer chemopreventive Bowman-Birk inhibitor in ternary complex with bovine trypsin at 2.3 A resolution. Structural basis of Janus-faced serine protease inhibitor specificity. ;

J.Mol.Biol. (2000)

PMID: 10772864 · DOI: 10.1006/jmbi.2000.3677 PRIMARY

;Mutational analysis of disulfide bonds in the trypsin-reactive subdomain of a Bowman-Birk-type inhibitor of trypsin and chymotrypsin. Cooperative versus autonomous refolding of subdomains. ;

Eur.J.Biochem. (1998)

DOI: 10.1046/j.1432-1327.1998.2510854.x

;Crystal structure of the bifunctional soybean Bowman-Birk inhibitor at 0.28-nm resolution-structural peculiarities in a folded protein conformation. ;

Eur.J.Biochem. (1996)

Proteolytic cleavage of soybean Bowman-Birk inhibitor monitored by means of high-performance capillary electrophoresis

J.Biochem.Biophys.Methods (1996)

DOI: 10.1016/S0165-022X(96)00024-3

Template-directed protein folding into a metastable state of increased activity

Eur.J.Biochem. (1995)

;A new and general procedure for refolding mutant Bowman-Birk-type proteinase inhibitors on trypsin-Sepharose as a matrix with complementary structure ;

FEBS Lett. (1989)

DOI: 10.1016/0014-5793(89)80909-3

Chemical synthesis, molecular cloning and expression of gene coding for a Bowman-Birk-type proteinase inhibitor

Eur.J.Biochem. (1987)

晶胞边长 a length_a	55.600 Å
晶胞边长 b length_b	55.600 Å
晶胞边长 c length_c	183.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1520
R_work r_work	0.1520
R_free r_free	0.2260

CRYSTAL STRUCTURE OF CANCER CHEMOPREVENTIVE BOWMAN-BIRK INHIBITOR IN TERNARY COMPLEX WITH BOVINE TRYPSIN AT 2.3 A RESOLUTION. STRUCTURAL BASIS OF JANUS-FACED SERINE PROTEASE INHIBITOR SPECIFICITY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSINOGEN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BOWMAN-BIRK PROTEINASE INHIBITOR PRECURSOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d6r__assembly_1__model_1

1d6r__assembly_1__model_1 | I(q)

1d6r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (7)

CRYSTAL STRUCTURE OF CANCER CHEMOPREVENTIVE BOWMAN-BIRK INHIBITOR IN TERNARY COMPLEX WITH BOVINE TRYPSIN AT 2.3 A RESOLUTION. STRUCTURAL BASIS OF JANUS-FACED SERINE PROTEASE INHIBITOR SPECIFICITY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSINOGEN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BOWMAN-BIRK PROTEINASE INHIBITOR PRECURSOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d6r__assembly_1__model_1

1d6r__assembly_1__model_1 | I(q)

1d6r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (7)