SAXSdb — 1d8y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE I

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 324–928	片段：KLENOW FRAGMENT 突变：D355A, E357A	D(T)19 OLIGOMER × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；295 K；SODIUM CITRATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.08 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D8Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DPI STRUCTURE OF LARGE FRAGMENT OF ESCHERICHIA COLI DNA POLYMERASE I COMPLEXED WITH D/TMP 提交 1987-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 324–928（605 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1KFD CRYSTAL STRUCTURES OF THE KLENOW FRAGMENT OF DNA POLYMERASE I COMPLEXED WITH DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE AND PYROPHOSPHATE 提交 1993-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 324–928（605 aa）	未记录	CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.90 Å
1KFS DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX 提交 1997-08-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 324–928（605 aa）	突变：V324M	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.219
1KLN DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX 提交 1994-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 324–928（605 aa）	突变：D355A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；290 K；pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.00K	分辨率 3.20 Å
1KRP DNA polymerase I Klenow fragment (E.C.2.7.7.7) mutant/DNA complex 提交 1997-08-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 324–928（605 aa）	突变：V324M	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1KSP DNA polymerase I Klenow fragment (E.C.2.7.7.7) mutant/DNA complex 提交 1997-08-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 324–928（605 aa）	突变：V324M	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1QSL KLENOW FRAGMENT COMPLEXED WITH SINGLE-STRANDED SUBSTRATE AND EUROPIUM (III) ION 提交 1999-06-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 324–928（605 aa）片段：KLENOW FRAGMENT	突变：V324M	EU EUROPIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；1.5 M SODIUM CITRATE AT 290 K, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
2KFN KLENOW FRAGMENT WITH BRIDGING-SULFUR SUBSTRATE AND MANGANESE 提交 1998-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 325–928（604 aa）片段：LARGE FRAGMENT, KLENOW FRAGMENT	突变：V324M	MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8	分辨率 2.03 Å R-free 0.250
2KFZ KLENOW FRAGMENT WITH BRIDGING-SULFUR SUBSTRATE AND ZINC ONLY 提交 1998-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 325–928（604 aa）片段：LARGE FRAGMENT, KLENOW FRAGMENT	突变：V324M	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；1.4 M NA CITRATE PH 5.8	分辨率 2.03 Å R-free 0.255
2KZM KLENOW FRAGMENT WITH NORMAL SUBSTRATE AND ZINC AND MANGANESE 提交 1998-07-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 324–928（605 aa）片段：KLENOW FRAGMENT, LARGE FRAGMENT	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；1.4 M SODIUM CITRATE PH 5.8, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.243
2KZZ KLENOW FRAGMENT WITH NORMAL SUBSTRATE AND ZINC ONLY 提交 1998-07-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 324–928（605 aa）片段：KLENOW FRAGMENT, LARGE FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；1.4 M SODIUM CITRATE PH 5.8, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.25 Å R-free 0.251
8OO6 Pol I bound to extended and displaced DNA section - closed conformation 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 328–928（601 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8OOY Pol I bound to extended and displaced DNA section - open conformation 提交 2023-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 328–928（601 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–605； UniProt 324–928

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d8y
沉积日期 deposition_date	1999-10-26
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT WITH DNA
关键词 keywords	DNA POLYMERASE I, POLY-D(T), TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.32 Å
零角强度 I(0) i0	77591800.00
分子量 molecular_weight	68630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85736 Å³
包络体积 envelope_volume	107530 Å³
水化壳体积 shell_volume	32910 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.74 Å
包络 Rg envelope_rg	27.18 Å
形状 Rg shape_rg	27.33 Å
总 Rg total_rg	28.01 Å
总原子数 total_atoms	4822
残基数 n_residues	605
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	27.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.898

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	D(T)19 OLIGOMER
分子量 formula_weight	5734.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5157

TTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE I
分子量 formula_weight	68091.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	D355A, E357A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MISYDNYVTILDEETLKAWIAKLEKAPVFAFATATDSLDNISANLVGLSFAIEPGVAAYIPVAHDYLDAPDQISRERALELLKPLLEDEKALKVGQNLKYDRGILANYGIELRGIAFDTMLESYILNSVAGRHDMDSLAERWLKHKTITFEEIAGKGKNQLTFNQIALEEAGRYAAEDADVTLQLHLKMWPDLQKHKGPLNVFENIEMPLVPVLSRIERNGVKIDPKVLHNHSEELTLRLAELEKKAHEIAGEEFNLSSTKQLQTILFEKQGIKPLKKTPGGAPSTSEEVLEELALDYPLPKVILEYRGLAKLKSTYTDKLPLMINPKTGRVHTSYHQAVTATGRLSSTDPNLQNIPVRNEEGRRIRQAFIAPEDYVIVSADYSQIELRIMAHLSRDKGLLTAFAEGKDIHRATAAEVFGLPLETVTSEQRRSAKAINFGLIYGMSAFGLARQLNIPRKEAQKYMDLYFERYPGVLEYMERTRAQAKEQGYVETLDGRRLYLPDIKSSNGARRAAAERAAINAPMQGTAADIIKRAMIAVDAWLQAEQPRVRMIMQVHDELVFEVHKDDVDAVAKQIHQLMENCTRLDVPLLVEVGSGENWDQAH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	335

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d8ya1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d1d8ya2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1d8yA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1d8yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4

结构域编号 domain_id	1d8yA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1d8yA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.880 Å
晶胞边长 b length_b	101.880 Å
晶胞边长 c length_c	85.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/d8/1d8y/1d8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d8/1d8y/1d8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d8/1d8y/1d8y.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT WITH DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)