SAXSdb — 1kfs

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kfs
沉积日期 deposition_date	1997-08-18
结构标题 title	DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX
关键词 keywords	COMPLEX (HYDROLASE-DNA), EXONUCLEASE, PHOSPHOROTHIOATE, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.28 Å
零角强度 I(0) i0	77708000.00
分子量 molecular_weight	68616.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85689 Å³
包络体积 envelope_volume	107730 Å³
水化壳体积 shell_volume	32955 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.70 Å
包络 Rg envelope_rg	27.18 Å
形状 Rg shape_rg	27.31 Å
总 Rg total_rg	27.94 Å
总原子数 total_atoms	4820
残基数 n_residues	604
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.403
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.954

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPTPAPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	2113.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5136

GCTTACG

Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7))
分子量 formula_weight	68193.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	V324M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MISYDNYVTILDEETLKAWIAKLEKAPVFAFDTETDSLDNISANLVGLSFAIEPGVAAYIPVAHDYLDAPDQISRERALELLKPLLEDEKALKVGQNLKYDRGILANYGIELRGIAFDTMLESYILNSVAGRHDMDSLAERWLKHKTITFEEIAGKGKNQLTFNQIALEEAGRYAAEDADVTLQLHLKMWPDLQKHKGPLNVFENIEMPLVPVLSRIERNGVKIDPKVLHNHSEELTLRLAELEKKAHEIAGEEFNLSSTKQLQTILFEKQGIKPLKKTPGGAPSTSEEVLEELALDYPLPKVILEYRGLAKLKSTYTDKLPLMINPKTGRVHTSYHQAVTATGRLSSTDPNLQNIPVRNEEGRRIRQAFIAPEDYVIVSADYSQIELRIMAHLSRDKGLLTAFAEGKDIHRATAAEVFGLPLETVTSEQRRSAKAINFGLIYGMSAFGLARQLNIPRKEAQKYMDLYFERYPGVLEYMERTRAQAKEQGYVETLDGRRLYLPDIKSSNGARRAAAERAAINAPMQGTAADIIKRAMIAVDAWLQAEQPRVRMIMQVHDELVFEVHKDDVDAVAKQIHQLMENCTRLDVPLLVEVGSGENWDQAH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	316

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1kfsa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d1kfsa2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1kfsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1kfsA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4

结构域编号 domain_id	1kfsA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1kfsA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	101.700 Å
晶胞边长 b length_b	101.700 Å
晶胞边长 c length_c	85.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/kf/1kfs/1kfs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kf/1kfs/1kfs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kf/1kfs/1kfs.dat

DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)