1d9o

SOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2(1-12) HYBRID PEPTIDE ANALOGUE(P3)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE ANALOGUE

Xenopus laevis, Hyalophora cecropia

UniProt P01507

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–34 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4.05;303 K;压力 1 NMR测量条件:pH 4.05;298 K;压力 1 NMR测量条件:pH 4.05;318 K;压力 1 NMR样品组成:2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成:2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CECA_HYACE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–8; UniProt 27–34

CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2 HYBRID PEPTIDE ANALOGUE

Xenopus laevis, Hyalophora cecropia

UniProt P11006

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 129–140 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4.05;303 K;压力 1 NMR测量条件:pH 4.05;298 K;压力 1 NMR测量条件:pH 4.05;318 K;压力 1 NMR样品组成:2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成:2MM PEPTIDE; 90MM DPC MICELLES; D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAGA_XENLA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–20; UniProt 129–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d9o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d9o
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d9o
沉积日期 deposition_date1999-10-29
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF CECROPIN A(1-8)-MAGAININ 2(1-12) HYBRID PEPTIDE ANALOGUE(P3)
关键词 keywordsRANDOM-HINGE-HELIX, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.66
零角强度 I(0) i020124200.00
分子量 molecular_weight45919.0 kDa
排除体积 excluded_volume61999 ų
包络体积 envelope_volume19749 ų
水化壳体积 shell_volume11345 ų
包络直径 envelope_diameter49.7
壳层 Rg shell_rg20.68
包络 Rg envelope_rg16.16
形状 Rg shape_rg11.58
总 Rg total_rg12.89
总原子数 total_atoms7140
残基数 n_residues400
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.2
Rg (实空间) rg_real11.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real2.0120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20120000.0000
解质量估计 total_estimate0.6297
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary5.7
偏度 Skewness skewness0.562
峰度 Kurtosis kurtosis-0.383
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3077.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.084; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.009; Smooth: 0.922

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1d9oa_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.4 — Antimicrobial helix
超家族 Superfamily superfamilyj.4.1 — Antimicrobial helix
家族 Family familyj.4.1.1 — Magainin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)