1ddn

DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT)/TOX DNA OPERATOR COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIPHTHERIA TOX REPRESSOR

Corynebacterium diphtheriae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–226 链 B； UniProt 1–226 链 C； UniProt 1–226 链 D； UniProt 1–226	突变：C102D	33 BASE DNA CONTAINING TOXIN OPERATOR × 1 33 BASE DNA CONTAINING TOXIN OPERATOR × 1 NI NICKEL (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DDN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BI0 STRUCTURE OF APO-AND HOLO-DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR 提交 1998-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–226（226 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.296
1BI1 STRUCTURE OF APO-AND HOLO-DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR 提交 1998-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–226（226 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.311
1BI2 STRUCTURE OF APO-AND HOLO-DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR 提交 1998-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.352
1BI3 STRUCTURE OF APO-AND HOLO-DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR 提交 1998-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.333
1BYM SOLUTION STRUCTURES OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR 提交 1998-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 130–226（97 aa）片段：RESIDUES 130-226	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K	分辨率未提供
1C0W CRYSTAL STRUCTURE OF THE COBALT-ACTIVATED DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR-DNA COMPLEX REVEALS A METAL BINDING SH-LIKE DOMAIN 提交 1999-07-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 2–226（225 aa）链 B 2–226（225 aa）链 C 2–226（225 aa）链 D 2–226（225 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.279
1DPR STRUCTURES OF THE APO-AND METAL ION ACTIVATED FORMS OF THE DIPHTHERIA TOX REPRESSOR FROM CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE 提交 1995-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.417
1F5T DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT) COMPLEXED WITH NICKEL AND DTXR CONSENSUS BINDING SEQUENCE 提交 2000-06-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）链 C 1–121（121 aa）链 D 1–121（121 aa）	突变：C102D 突变：C102D 突变：C102D 突变：C102D	NI NICKEL (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM sodium cacodylate pH7.3, 10 mM MgCl2, 2 mM spermine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
1FWZ GLU20ALA DTXR 提交 2000-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：E20A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.6-2.0 ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.285
1G3S CYS102SER DTXR 提交 2000-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：C102S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；Ammonium sulfate, EDTA, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
1G3T CYS102SER DTXR 提交 2000-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）链 B 1–226（226 aa）	突变：C102S 突变：C102S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Ammonium sulfate, glycerol, EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.318
1G3W CD-CYS102SER DTXR 提交 2000-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：C102	CD CADMIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Ammonium sulfate, glycerol, CdCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
1G3Y ARG80ALA DTXR 提交 2000-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：R80A	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Ammonium sulfate, Zn2+, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.328
1P92 Crystal Structure of (H79A)DtxR 提交 2003-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：H79A	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 400, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.280
1P92 Crystal Structure of (H79A)DtxR 提交 2003-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：H79A	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 400, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.280
1QVP C terminal SH3-like domain from Diphtheria toxin Repressor residues 144-226. 提交 2003-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–226（83 aa）片段：Residues 144-226	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；压力 ambient NMR样品组成 1-2 mM DtxR144-226 U-15N; 10mM Potassium Phosphate buffer pH6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1-2 mM DtxR144-226 U-15N and U-13C; 10mM Potassium Phosphate buffer pH6.5 \| 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O	分辨率未提供
1QW1 Solution Structure of the C-Terminal Domain of DtxR residues 110-226 提交 2003-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–226（117 aa）片段：RESIDUES 110-226	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；压力 ambient NMR样品组成 1-2 mM DtxR110-226 U-15N, 50 mM Potassium Phosphate, pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1-2 mM DtxR110-226 U-15N U-13C, 50 mM Potassium Phosphate, pH 6.5 \| 100% D2O NMR样品组成 1-2 mM DtxR110-226 U-15N U-13C, 50 mM Potassium Phosphate, pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1XCV Crystal Structure Of (H79AC102D)Dtxr complexed with Nickel(II) 提交 2004-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–139（139 aa）	突变：H79A, C102D	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.300
2DTR STRUCTURE OF DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR 提交 1996-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
2QQ9 Crystal Structure of DtxR(D6A C102D) Complexed with Nickel(II) 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：D6A, C102D	NI NICKEL (II) ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Sodium Phosphate, 20% PEG 3350, 5 mM Nickel Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.71 Å R-free 0.291
2QQA Crystal Structure of DtxR(E9A C102D) Complexed with Nickel(II) 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：E9A, C102D	NI NICKEL (II) ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Sodium Phosphate, 20% PEG 3350, 5 mM Nickel Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
2QQB Crystal Structure of DtxR(M10A C102D) Complexed with Nickel(II) 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：M10A, C102D	NI NICKEL (II) ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Sodium Phosphate, 20% PEG 3350, 5 mM Nickel Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.311
2TDX DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT) COMPLEXED WITH NICKEL 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：C102D	NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.321
3GLX Crystal Structure Analysis of the DtxR(E175K) complexed with Ni(II) 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–226（226 aa）	突变：E175K	NI NICKEL (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.95 M Sodium/Potasium Phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.271

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DTXR_CORDI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 C； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 D； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ddn
沉积日期 deposition_date	1998-06-23
结构标题 title	DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT)/TOX DNA OPERATOR COMPLEX
关键词 keywords	;COMPLEX (REGULATORY PROTEIN-DNA), DIPHTHERIA TOX REPRESSOR, TRANSCRIPTION REGULATION, DNA-BINDING REGULATORY PROTEIN, IRON-REGULATED REPRESSOR, DNA- PROTEIN, DNA-REPRESSOR COMPLEX, GENE REGULATION-DNA COMPLEX ;; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.21 Å
零角强度 I(0) i0	128224000.00
分子量 molecular_weight	74754.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87080 Å³
包络体积 envelope_volume	118330 Å³
水化壳体积 shell_volume	32238 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.44 Å
包络 Rg envelope_rg	30.91 Å
形状 Rg shape_rg	31.21 Å
总 Rg total_rg	31.68 Å
总原子数 total_atoms	5131
残基数 n_residues	538
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	128200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8830
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.298
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9613000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	33 BASE DNA CONTAINING TOXIN OPERATOR
分子量 formula_weight	10131.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	5135

ATATAATTAGGATAGCTTTACCTAATTATTTTA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	33 BASE DNA CONTAINING TOXIN OPERATOR
分子量 formula_weight	10158.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TTAAAATAATTAGGTAAAGCTATCCTAATTATA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DIPHTHERIA TOX REPRESSOR
分子量 formula_weight	25361.7 kDa
突变 mutation	C102D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MKDLVDTTEMYLRTIYELEEEGVTPLRARIAERLEQSGPTVSQTVARMERDGLVVVASDRSLQMTPTGRTLATAVMRKHRLAERLLTDIIGLDINKVHDEADRWEHVMSDEVERRLVKVLKDVSRSPFGNPIPGLDELGVGNSDAAAPGTRVIDAATSMPRKVRIVQINEIFQVETDQFTQLLDADIRVGSEVEIVDRDGHITLSHNGKDVELLDDLAHTIRIEEL

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium diphtheriae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1717
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1ddna1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.24 — Iron-dependent repressor protein

结构域编号 domain_id	d1ddna2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.76 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	a.76.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
家族 Family family	a.76.1.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain

结构域编号 domain_id	d1ddnb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.24 — Iron-dependent repressor protein

结构域编号 domain_id	d1ddnb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.76 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	a.76.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
家族 Family family	a.76.1.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain

结构域编号 domain_id	d1ddnc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.24 — Iron-dependent repressor protein

结构域编号 domain_id	d1ddnc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.76 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	a.76.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
家族 Family family	a.76.1.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain

结构域编号 domain_id	d1ddnd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.24 — Iron-dependent repressor protein

结构域编号 domain_id	d1ddnd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.76 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	a.76.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain
家族 Family family	a.76.1.1 — Iron-dependent repressor protein, dimerization domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1ddnA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1ddnA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	60 — Diphtheria Toxin Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain

结构域编号 domain_id	1ddnB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1ddnB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	60 — Diphtheria Toxin Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain

结构域编号 domain_id	1ddnC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1ddnC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	60 — Diphtheria Toxin Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain

结构域编号 domain_id	1ddnD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1ddnD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	60 — Diphtheria Toxin Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	117.050 Å
晶胞边长 b length_b	117.050 Å
晶胞边长 c length_c	145.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2400
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/dd/1ddn/1ddn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dd/1ddn/1ddn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dd/1ddn/1ddn.dat

DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT)/TOX DNA OPERATOR COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DIPHTHERIA TOX REPRESSOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)