1e0f

Crystal structure of the human alpha-thrombin-haemadin complex: an exosite II-binding inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBIN

物种未注明

UniProt P00734

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 9 HAEMADIN × 3 (Q25163) water × 9 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THRB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–36; UniProt 328–363 作者链 B; PDB构建体 1–36; UniProt 328–363 作者链 C; PDB构建体 1–36; UniProt 328–363 作者链 D; PDB构建体 1–259; UniProt 364–622 作者链 E; PDB构建体 1–259; UniProt 364–622 作者链 F; PDB构建体 1–259; UniProt 364–622

HAEMADIN

HAEMADIPSA SYLVESTRIS

UniProt Q25163

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 9 THROMBIN × 3 (P00734) THROMBIN × 3 (P00734) water × 9 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q25163
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–57; UniProt 21–77 作者链 J; PDB构建体 1–57; UniProt 21–77 作者链 K; PDB构建体 1–57; UniProt 21–77

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1e0f
沉积日期 deposition_date2000-03-27
结构标题 titleCrystal structure of the human alpha-thrombin-haemadin complex: an exosite II-binding inhibitor
关键词 keywordsCOAGULATION/CRYSTAL STRUCTURE/HEPARIN-B, COAGULATION/CRYSTAL STRUCTURE/HEPARIN-BINDING SITE/ HIRUDIN/THROMBIN INHIBITOR, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1e0f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1e0f__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1e0f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)43.51 Å
Rg(电子密度)44.04 Å
总 Rg43.96 Å
原子数8374
残基数1048
排除体积148390 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1e0f__assembly_1__model_1 nonameric (9) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1e0f.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1e0f.2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1e0f.3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1e0fi_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.15 — Leech antihemostatic proteins
家族 Family familyg.3.15.2 — Hirudin-like
结构域编号 domain_idd1e0fj_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.15 — Leech antihemostatic proteins
家族 Family familyg.3.15.2 — Hirudin-like
结构域编号 domain_idd1e0fk_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.15 — Leech antihemostatic proteins
家族 Family familyg.3.15.2 — Hirudin-like

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id1e0fD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1e0fD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1e0fE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1e0fE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1e0fF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1e0fF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1e0fI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I
结构域编号 domain_id1e0fJ01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I
结构域编号 domain_id1e0fK01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I
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7. 引用文献 (3)