SAXSdb — 1f3u

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f3u
沉积日期 deposition_date	2000-06-06
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF
关键词 keywords	general transcription initiation and elongation factor, RNA polymerase II, novel dimerization fold, beta barrel, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.35 Å
零角强度 I(0) i0	227053000.00
分子量 molecular_weight	119770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	149610 Å³
包络体积 envelope_volume	236060 Å³
水化壳体积 shell_volume	51891 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.93 Å
包络 Rg envelope_rg	39.64 Å
形状 Rg shape_rg	38.28 Å
总 Rg total_rg	38.90 Å
总原子数 total_atoms	8456
残基数 n_residues	1055
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	227000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8230
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.537
峰度 Kurtosis kurtosis	0.289
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.587; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF, BETA SUBUNIT
分子量 formula_weight	12718.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	9192

AERGELDLTGAKQNTGVWLVKVPKYLSQQWAKASGRGEVGKLRIAKTQGRTEVSFTLNEDLANIHDIGGKPASVSAPREHPFVLQSVGGQTLTVFTESSSDKLSLEGIVVQRAECRPA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF, ALPHA SUBUNIT
分子量 formula_weight	19942.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

AALGPSSQNVTEYVVRVPKNTTKKYNIMAFNAADKVNFATWNQARLERDLSNKKIYQEEEMPESGAGSEFNRKLREEARRKKYGIVLKEFRPEDQPWLLRVNGKSGRKFKGIKKGGVTENTSYYIFTQCPDGAFEAFPVHNWYNFTPLARHRTLTAEEAEEEWERRNKVLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	692

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1f3ua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

结构域编号 domain_id	d1f3ub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

结构域编号 domain_id	d1f3uc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

结构域编号 domain_id	d1f3ud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

结构域编号 domain_id	d1f3ue_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

结构域编号 domain_id	d1f3uf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

结构域编号 domain_id	d1f3ug_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

结构域编号 domain_id	d1f3uh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.65 — triple barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.65.1 — Rap30/74 interaction domain-like
家族 Family family	b.65.1.1 — Rap30/74 interaction domains

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	48.015 Å
晶胞边长 b length_b	72.290 Å
晶胞边长 c length_c	82.266 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.51 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	104.32 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2600

fit	/app/data/saxs_computation/f3/1f3u/1f3u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f3/1f3u/1f3u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f3/1f3u/1f3u.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE RAP30/74 INTERACTION DOMAINS OF HUMAN TFIIF

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)