SAXSdb — 1f44

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRE RECOMBINASE

Enterobacteria phage P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 3 DNA 6	;DNA (5'- D(TPAPTPAPAPCPTPTPCPGPTPAPTPAPGPC)-3') ; × 3 ;DNA (5'-D(APTPAPTPGPCPTPAPTPAPCPGPAPAPGPTPTPAP*T)-3') ; × 3 water × 9	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RECR_BPP1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–324； UniProt 20–343

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f44
沉积日期 deposition_date	2000-06-07
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF TRIMERIC CRE RECOMBINASE-LOX COMPLEX
关键词 keywords	;SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, RECOMBINATION, PROTEIN-DNA COMPLEX, TRIMERIC, THREE-WAY JUNCTION, BRANCHED DNA, Y-JUNCTION, HYDROLASE, LIGASE/DNA, LIGASE-DNA complex ;; HYDROLASE, LIGASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1f44__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1f44__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1f44__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.89 Å
Rg（电子密度）	33.82 Å
总 Rg	34.38 Å
原子数	9651
残基数	1053
排除体积	164080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1f44__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'- D(TPAPTPAPAPCPTPTPCPGPTPAPTPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4872.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M
原子数 atom_count	3537

TATAACTTCGTATAGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPAPTPGPCPTPAPTPAPCPGPAPAPGPTPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5842.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

ATATGCTATACGAAGTTAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRE RECOMBINASE
分子量 formula_weight	36561.8 kDa
突变 mutation	Y324F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SDEVRKNLMDMFRDRQAFSEHTWKMLLSVCRSWAAWCKLNNRKWFPAEPEDVRDYLLYLQARGLAVKTIQQHLGQLNMLHRRSGLPRPSDSNAVSLVMRRIRKENVDAGERAKQALAFERTDFDQVRSLMENSDRCQDIRNLAFLGIAYNTLLRIAEIARIRVKDISRTDGGRMLIHIGRTKTLVSTAGVEKALSLGVTKLVERWISVSGVADDPNNYLFCRVRKNGVAAPSATSQLSTRALEGIFEATHRLIYGAKDDSGQRYLAWSGHSARVGAARDMARAGVSIPEIMQAGGWTNVNIVMNFIRNLDSETGAMVRLLEDGD

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10678
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	310

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1f44a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.9 — lambda integrase-like, N-terminal domain
家族 Family family	a.60.9.1 — lambda integrase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1f44a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1f44A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	443 — hpI Integrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Intergrase catalytic core

结构域编号 domain_id	1f44A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 — Tyrosine recombinase, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	160.653 Å
晶胞边长 b length_b	160.653 Å
晶胞边长 c length_c	160.653 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	5.000 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2240

CRYSTAL STRUCTURE OF TRIMERIC CRE RECOMBINASE-LOX COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRE RECOMBINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f44__assembly_1__model_1

1f44__assembly_1__model_1 | I(q)

1f44__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF TRIMERIC CRE RECOMBINASE-LOX COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRE RECOMBINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f44__assembly_1__model_1

1f44__assembly_1__model_1 | I(q)

1f44__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)