1fak

HUMAN TISSUE FACTOR COMPLEXED WITH COAGULATION FACTOR VIIA INHIBITED WITH A BPTI-MUTANT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA)

Homo sapiens

UniProt P08709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 213–466 链 L; UniProt 61–212 片段:LIGHT CHAIN 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 片段:HEAVY CHAIN PROTEIN (SOLUBLE TISSUE FACTOR) × 1 (P13726) PROTEIN (5L15) × 1 (P00974) GLC alpha-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;pH 5.6 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–152; UniProt 61–212 作者链 H; PDB构建体 1–254; UniProt 213–466

PROTEIN (SOLUBLE TISSUE FACTOR)

Homo sapiens

UniProt P13726

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 37–242 未记录 PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA) × 1 (P08709) PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA) × 1 (P08709) PROTEIN (5L15) × 1 (P00974) GLC alpha-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;pH 5.6 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–206; UniProt 37–242

PROTEIN (5L15)

物种未注明

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 37–90 未记录 PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA) × 1 (P08709) PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA) × 1 (P08709) PROTEIN (SOLUBLE TISSUE FACTOR) × 1 (P13726) GLC alpha-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5.6;pH 5.6 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、265 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–55; UniProt 37–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fak

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fak
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fak
沉积日期 deposition_date1998-12-28
结构标题 titleHUMAN TISSUE FACTOR COMPLEXED WITH COAGULATION FACTOR VIIA INHIBITED WITH A BPTI-MUTANT
关键词 keywords;COMPLEX(SERINE PROTEASE-COFACTOR-LIGAND), BLOOD COAGULATION, SERINE PROTEASE, COMPLEX, CO-FACTOR, RECEPTOR ENZYME, INHIBITOR, GLA, EGF, COMPLEX (SERINE PROTEASE-COFACTOR-LIGAND), BLOOD CLOTTING ;; BLOOD CLOTTING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.85
零角强度 I(0) i075064800.00
分子量 molecular_weight67589.0 kDa
排除体积 excluded_volume84089 ų
包络体积 envelope_volume105070 ų
水化壳体积 shell_volume30146 ų
包络直径 envelope_diameter113.1
壳层 Rg shell_rg35.47
包络 Rg envelope_rg31.20
形状 Rg shape_rg30.83
总 Rg total_rg31.31
总原子数 total_atoms4739
残基数 n_residues597
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.5
Rg (实空间) rg_real31.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10
I(0) (实空间) i0_real7.5060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal75060000.0000
解质量估计 total_estimate0.8154
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.8
偏度 Skewness skewness0.553
峰度 Kurtosis kurtosis-0.268
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9381000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.639; Smooth: 0.882

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd1fakh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1faki_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd1fakl1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd1fakl2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd1fakl3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.32 — GLA-domain
超家族 Superfamily superfamilyg.32.1 — GLA-domain
家族 Family familyg.32.1.1 — GLA-domain
结构域编号 domain_idd1fakt1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1fakt2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id1fakH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1fakH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1fakI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id1fakL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id1fakL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id1fakT01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1fakT02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)