1gg6

CRYSTAL STRUCTURE OF GAMMA CHYMOTRYPSIN WITH N-ACETYL-PHENYLALANINE TRIFLUOROMETHYL KETONE BOUND AT THE ACTIVE SITE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gg6
沉积日期 deposition_date	2000-07-31
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF GAMMA CHYMOTRYPSIN WITH N-ACETYL-PHENYLALANINE TRIFLUOROMETHYL KETONE BOUND AT THE ACTIVE SITE
关键词 keywords	CHYMOTRYPSIN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.35 Å
零角强度 I(0) i0	12758600.00
分子量 molecular_weight	26062.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32334 Å³
包络体积 envelope_volume	35903 Å³
水化壳体积 shell_volume	17794 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.09 Å
包络 Rg envelope_rg	16.71 Å
形状 Rg shape_rg	16.31 Å
总 Rg total_rg	17.47 Å
总原子数 total_atoms	1819
残基数 n_residues	238
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.5 Å
Rg (实空间) rg_real	17.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8204
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.070
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.478
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3755000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	GAMMA CHYMOTRYPSIN
分子量 formula_weight	996.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2161

CGVPAIQPVL

Entity 2 polymer

描述 description	GAMMA CHYMOTRYPSIN
分子量 formula_weight	13934.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IVNGEEAVPGSWPWQVSLQDKTGFHFCGGSLINENWVVTAAHCGVTTSDVVVAGEFDQGSSSEKIQKLKIAKVFKNSKYNSLTINNDITLLKLSTAASFSQTVSAVCLPSASDDFAAGTTCVTTGWGLTRY

Entity 3 polymer

描述 description	GAMMA CHYMOTRYPSIN
分子量 formula_weight	10074.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ANTPDRLQQASLPLLSNTNCKKYWGTKIKDAMICAGASGVSSCMGDSGGPLVCKKNGAWTLVGIVSWGSSTCSTSTPGVYARVTALVNWVQQTLAAN

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-(1-BENZYL-3,3,3-TRIFLUORO-2,2-DIHYDROXY-PROPYL)-ACETAMIDE
分子量 formula_weight	277.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,1,1-TRIFLUORO-3-ACETAMIDO-4-PHENYL BUTAN-2-ONE(N-ACETYL-L-PHENYLALANYL TRIFLUOROMETHYL KETONE)
分子量 formula_weight	259.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1gg6.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1gg6B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1gg6C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.190 Å
晶胞边长 b length_b	69.190 Å
晶胞边长 c length_c	95.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	0.2120

fit	/app/data/saxs_computation/gg/1gg6/1gg6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gg/1gg6/1gg6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gg/1gg6/1gg6.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF GAMMA CHYMOTRYPSIN WITH N-ACETYL-PHENYLALANINE TRIFLUOROMETHYL KETONE BOUND AT THE ACTIVE SITE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)