1hlf

BINDING OF GLUCOPYRANOSYLIDENE-SPIRO-THIOHYDANTOIN TO GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B: KINETIC AND CRYSTALLOGRAPHIC STUD

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLYCOGEN PHOSPHORYLASE

物种未注明

UniProt P00489

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–842 未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GL4 (5S,7R,8S,9S,10R)-8,9,10-trihydroxy-7-(hydroxymethyl)-2-thioxo-6-oxa-1,3-diazaspiro[4.5]decan-4-one × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:SMALL TUBES;pH 6.7;289 K;CRYSTALLIZATION CONDITIONS: T-STATE GPB CRYSTALS (OIKONOMAKOS ET AL., 1985, BBA 832, 248) WERE SOAKED FOR 1 H IN A BUFFERED SOLUTION [10 MM BES, 0.1 MM EDTA, PH 6.7] CONTAINING A 70 MM CONCENTRATION OF THE COMPOUND, pH 6.70, SMALL TUBES, temperature 289K 分辨率 2.26 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 229 个其他 PDB 条目、261 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHS2_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–842; UniProt 1–842

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hlf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hlf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hlf
沉积日期 deposition_date2000-12-01
结构标题 titleBINDING OF GLUCOPYRANOSYLIDENE-SPIRO-THIOHYDANTOIN TO GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B: KINETIC AND CRYSTALLOGRAPHIC STUD
关键词 keywordsTRANSFERASE, GLYCOGEN PHOSPHORYLASE, INHIBITOR COMPLEX, CATALYTIC SITE, DESIGN; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.73
零角强度 I(0) i0145923000.00
分子量 molecular_weight96178.0 kDa
排除体积 excluded_volume120610 ų
包络体积 envelope_volume142420 ų
水化壳体积 shell_volume41144 ų
包络直径 envelope_diameter95.6
壳层 Rg shell_rg36.54
包络 Rg envelope_rg28.06
形状 Rg shape_rg27.74
总 Rg total_rg28.51
总原子数 total_atoms6781
残基数 n_residues830
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.7
Rg (实空间) rg_real28.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real1.4590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal145900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9016
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.2
偏度 Skewness skewness0.211
峰度 Kurtosis kurtosis-0.451
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38270000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.975

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1hlfa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamilyc.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family familyc.87.1.4 — Oligosaccharide phosphorylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1hlfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id1hlfA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)