SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1im7 沉积日期 deposition_date 2001-05-10 结构标题 title Solution structure of synthetic cyclic peptide mimicking the loop of HIV-1 gp41 glycoprotein envelope 关键词 keywords Cyclic peptide, Viral protein; VIRAL PROTEIN 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 7.98 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 6.89 Å 零角强度 I(0) i0 70811.10 分子量 molecular_weight 1380.0 kDa 排除体积 excluded_volume 1752 ų 包络体积 envelope_volume 1998 ų 水化壳体积 shell_volume 2999 ų 包络直径 envelope_diameter 23.0 Å 壳层 Rg shell_rg 10.75 Å 包络 Rg envelope_rg 7.12 Å 形状 Rg shape_rg 6.94 Å 总 Rg total_rg 8.65 Å 总原子数 total_atoms 191 残基数 n_residues 13 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 27.1 Å Rg (实空间) rg_real 8.00 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.36 Å I(0) (实空间) i0_real 7.0810e+04 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 7.9790e+02 Rg (倒空间) rg_reciprocal 8.00 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 70810.0000 解质量估计 total_estimate 0.8668 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 9.6 Å 偏度 Skewness skewness 0.385 峰度 Kurtosis kurtosis -0.106 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 6321.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.869;
Stabil: 0.999;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.931;
Smooth: 0.727
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 1.000 Å 晶胞边长 b length_b 1.000 Å 晶胞边长 c length_c 1.000 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 1
对称性 Symmetry
空间群 space_group P 1 空间群编号 int_tables_number 1 晶系 crystal_system —
Entity 1
polymer
描述 description GP41-PARENT PEPTIDE ACE-ILE-TRP-GLY-CYS-SER-GLY-LYS-LEU-ILE-CYS-THR-THR-ALA 分子量 formula_weight 1379.7 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polypeptide(L) 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 191
XIWGCSGKLICTTA
SCOP 2.08 (1 domains)
结构域编号 domain_id d1im7a_ 类 Class class j — Peptides折叠类型 Fold fold j.85 — HIV-1 gp41 fragments超家族 Superfamily superfamily j.85.1 — HIV-1 gp41 fragments家族 Family family j.85.1.1 — HIV-1 gp41 fragments
;Structural and immunological characterisation of heteroclitic peptide analogues corresponding to the 600-612 region of the HIV envelope gp41 glycoprotein.
;
J.Mol.Biol. (2002)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/im/1im7/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/im/1im7/1im7.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/im/1im7/1im7_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/im/1im7/1im7.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/im/1im7/1im7.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/im/1im7/1im7.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/im/1im7/1im7_saxs_profile.png
Curves (3)
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