SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
下载 Download
下载所选文件
条目编号 entry_id 1jcp 沉积日期 deposition_date 2001-06-11 结构标题 title Solution structure of the lactam analogue EDap of HIV gp41 600-612 loop. 关键词 keywords cyclic peptide, gp41, HIV, lactam bond, pseudopeptide., Viral protein; VIRAL PROTEIN 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 6.13 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 6.78 Å 零角强度 I(0) i0 9888150.00 分子量 molecular_weight 27813.0 kDa 排除体积 excluded_volume 35827 ų 包络体积 envelope_volume 5648 ų 水化壳体积 shell_volume 5897 ų 包络直径 envelope_diameter 27.8 Å 壳层 Rg shell_rg 13.63 Å 包络 Rg envelope_rg 8.82 Å 形状 Rg shape_rg 6.73 Å 总 Rg total_rg 7.50 Å 总原子数 total_atoms 3980 残基数 n_residues 240 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 18.4 Å Rg (实空间) rg_real 6.06 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.03 Å I(0) (实空间) i0_real 9.7960e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 5.7300e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 6.12 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 9888000.0000 解质量估计 total_estimate 0.7427 解质量评级 solution_quality
REASONABLE
a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks 1 主峰位置 r_peak_primary 7.7 Å 偏度 Skewness skewness 0.124 峰度 Kurtosis kurtosis -0.490 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 4.3140 最高正则化参数 α highest_alpha 2261.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.948;
Stabil: 0.954;
Sysdev: 0.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.992;
Smooth: 0.961
Entity 1
polymer
描述 description Edap : ACE-Ile-Trp-Glu-Ser-Gly-Lys-Leu-Ile-Dap-Thr-Thr-Ala ANALOGUE OF HIV GP41 分子量 formula_weight 1388.6 kDa 来源方法 src_method man 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polypeptide(L) 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 3980
XIWGESGKLISTTA
SCOP 2.08 (1 domains)
结构域编号 domain_id d1jcpa_ 类 Class class j — Peptides折叠类型 Fold fold j.85 — HIV-1 gp41 fragments超家族 Superfamily superfamily j.85.1 — HIV-1 gp41 fragments家族 Family family j.85.1.1 — HIV-1 gp41 fragments
;Structural and immunological characterisation of heteroclitic peptide analogues corresponding to the 600-612 region of the HIV envelope gp41 glycoprotein.
;
J.Mol.Biol. (2002)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/jc/1jcp/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/jc/1jcp/1jcp.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/jc/1jcp/1jcp_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/jc/1jcp/1jcp.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/jc/1jcp/1jcp.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/jc/1jcp/1jcp.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/jc/1jcp/1jcp_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/jc/1jcp/1jcp.fit
pddf
/app/data/pr_computation/jc/1jcp/1jcp.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/jc/1jcp/1jcp.dat
