SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1jaa 沉积日期 deposition_date 2001-05-30 结构标题 title Solution structure of lactam analogue (DapE) of HIV gp41 600-612 loop. 关键词 keywords lactam bond, cyclic peptide, peptidomimetics, gp41, HIV, Viral protein; VIRAL PROTEIN 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 5.57 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 6.63 Å 零角强度 I(0) i0 57625200.00 分子量 molecular_weight 69531.0 kDa 排除体积 excluded_volume 89566 ų 包络体积 envelope_volume 4991 ų 水化壳体积 shell_volume 5466 ų 包络直径 envelope_diameter 24.6 Å 壳层 Rg shell_rg 13.18 Å 包络 Rg envelope_rg 8.50 Å 形状 Rg shape_rg 6.58 Å 总 Rg total_rg 7.06 Å 总原子数 total_atoms 9950 残基数 n_residues 600 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 21.5 Å Rg (实空间) rg_real 5.55 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.34 Å I(0) (实空间) i0_real 5.7630e+07 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 4.8880e+05 Rg (倒空间) rg_reciprocal 5.55 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 57630000.0000 解质量估计 total_estimate 0.7545 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 6.8 Å 偏度 Skewness skewness 0.087 峰度 Kurtosis kurtosis -1.026 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 601.4000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.624;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.723;
Smooth: 0.209
Entity 1
polymer
描述 description DapE : (Ace)IWG(Dap)SGKLIETTA ANALOGUE OF HIV GP41 分子量 formula_weight 1388.6 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polypeptide(L) 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 9950
XIWGSSGKLIETTA
SCOP 2.08 (1 domains)
结构域编号 domain_id d1jaaa_ 类 Class class j — Peptides折叠类型 Fold fold j.85 — HIV-1 gp41 fragments超家族 Superfamily superfamily j.85.1 — HIV-1 gp41 fragments家族 Family family j.85.1.1 — HIV-1 gp41 fragments
;Structural and immunological characterisation of heteroclitic peptide analogues corresponding to the 600-612 region of the HIV envelope gp41 glycoprotein.
;
J.Mol.Biol. (2002)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/ja/1jaa/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/ja/1jaa/1jaa.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/ja/1jaa/1jaa_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/ja/1jaa/1jaa.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/ja/1jaa/1jaa.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/ja/1jaa/1jaa.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/ja/1jaa/1jaa_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
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