SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1j8n 沉积日期 deposition_date 2001-05-22 结构标题 title Solution structure of beta3-analogue peptide corresponding to the gp41 600-612 loop of HIV. 关键词 keywords beta peptide, gp41, cyclic peptide, Viral protein; VIRAL PROTEIN 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 7.09 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 8.28 Å 零角强度 I(0) i0 18980200.00 分子量 molecular_weight 37657.0 kDa 排除体积 excluded_volume 48153 ų 包络体积 envelope_volume 10123 ų 水化壳体积 shell_volume 8105 ų 包络直径 envelope_diameter 34.0 Å 壳层 Rg shell_rg 16.28 Å 包络 Rg envelope_rg 11.25 Å 形状 Rg shape_rg 8.37 Å 总 Rg total_rg 8.62 Å 总原子数 total_atoms 4941 残基数 n_residues 324 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 31.9 Å Rg (实空间) rg_real 7.22 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.62 Å I(0) (实空间) i0_real 1.8980e+07 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 2.0040e+05 Rg (倒空间) rg_reciprocal 7.22 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 18980000.0000 解质量估计 total_estimate 0.6868 解质量评级 solution_quality
REASONABLE
a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks 3 主峰位置 r_peak_primary 7.3 Å 偏度 Skewness skewness 0.610 峰度 Kurtosis kurtosis 0.239 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 1250.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.330;
Stabil: 0.998;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.038;
Smooth: 0.900
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 1.000 Å 晶胞边长 b length_b 1.000 Å 晶胞边长 c length_c 1.000 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 90.00 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 1
Entity 1
polymer
描述 description HIV1 GP41 HSER analogue peptide Ace-Ile-Trp-Gly-Cys-beta3Ser-Gly-Lys-Leu-Ile-Cys-Thr-Thr-Ala 分子量 formula_weight 1393.7 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polypeptide(L) 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 4941
XIWGCSGKLICTTA
SCOP 2.08 (1 domains)
结构域编号 domain_id d1j8na_ 类 Class class j — Peptides折叠类型 Fold fold j.85 — HIV-1 gp41 fragments超家族 Superfamily superfamily j.85.1 — HIV-1 gp41 fragments家族 Family family j.85.1.1 — HIV-1 gp41 fragments
;Structural and immunological characterisation of heteroclitic peptide analogues corresponding to the 600-612 region of the HIV envelope gp41 glycoprotein.
;
J.Mol.Biol. (2002)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/j8/1j8n/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/j8/1j8n/1j8n.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/j8/1j8n/1j8n_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/j8/1j8n/1j8n.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/j8/1j8n/1j8n.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/j8/1j8n/1j8n.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/j8/1j8n/1j8n_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
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