1k09

Solution structure of BetaCore, A Designed Water Soluble Four-Stranded Antiparallel b-sheet Protein

Method: SOLUTION NMR Dmax: 43.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core Module I

物种未注明

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 49–73 链 B; UniProt 49–73 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) C55 (7E)-4,9-dioxo-6-oxa-3,7,10-triazadodec-7-ene-1,12-dioic acid × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 3;278 K;压力 ambient NMR测量条件:pH 3;288 K;压力 ambient NMR样品组成:0.4 mM BetaCore selectively-15N; pH3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、265 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–25; UniProt 49–73 作者链 B; PDB构建体 1–25; UniProt 49–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1k09

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1k09
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k09
沉积日期 deposition_date2001-09-18
结构标题 titleSolution structure of BetaCore, A Designed Water Soluble Four-Stranded Antiparallel b-sheet Protein
关键词 keywordsFOUR-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-SHEET, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.93
零角强度 I(0) i0188124000.00
分子量 molecular_weight118720.0 kDa
排除体积 excluded_volume149920 ų
包络体积 envelope_volume21341 ų
水化壳体积 shell_volume12525 ų
包络直径 envelope_diameter48.7
壳层 Rg shell_rg20.27
包络 Rg envelope_rg14.99
形状 Rg shape_rg11.76
总 Rg total_rg12.79
总原子数 total_atoms16480
残基数 n_residues920
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax43.8
Rg (实空间) rg_real12.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real1.8810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal188100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8281
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary12.8
偏度 Skewness skewness0.482
峰度 Kurtosis kurtosis-0.304
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha133600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.654; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1k09a_
类 Class classk — Designed proteins
折叠类型 Fold foldk.35 — Beta-sheet designs
超家族 Superfamily superfamilyk.35.1 — Beta-sheet designs
家族 Family familyk.35.1.1 — Beta-sheet designs
结构域编号 domain_idd1k09b_
类 Class classk — Designed proteins
折叠类型 Fold foldk.35 — Beta-sheet designs
超家族 Superfamily superfamilyk.35.1 — Beta-sheet designs
家族 Family familyk.35.1.1 — Beta-sheet designs

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)