1k2o

Cytochrome P450Cam with Bound BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-(5-METHYL-2-2'-BIPYRIDINE)-C2-ADAMANTANE RUTHENIUM (II)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome P450CAM

Pseudomonas putida

UniProt P00183

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–414 突变:C334A CAC CACODYLATE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RFA DELTA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-(5-METHYL-2-2'-BIPYRIDINE)-C2-ADAMANTANE RUTHENIUM (II) × 1 RFB LAMBDA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-(5-METHYL-2-2'-BIPYRIDINE)-C2-ADAMANTANE RUTHENIUM (II) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:SLOW COOLING;pH 7.5;277 K;Hepes, PEG, KCL, DTT, pH 7.5, slow cooling, temperature 277K 分辨率 1.65 Å R-free 0.226
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–414 突变:C334A CAC CACODYLATE ION × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RFA DELTA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-(5-METHYL-2-2'-BIPYRIDINE)-C2-ADAMANTANE RUTHENIUM (II) × 1 RFB LAMBDA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-(5-METHYL-2-2'-BIPYRIDINE)-C2-ADAMANTANE RUTHENIUM (II) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:SLOW COOLING;pH 7.5;277 K;Hepes, PEG, KCL, DTT, pH 7.5, slow cooling, temperature 277K 分辨率 1.65 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 128 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXA_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–414; UniProt 1–414 作者链 B; PDB构建体 1–414; UniProt 1–414

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1k2o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1k2o
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k2o
沉积日期 deposition_date2001-09-28
结构标题 titleCytochrome P450Cam with Bound BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-(5-METHYL-2-2'-BIPYRIDINE)-C2-ADAMANTANE RUTHENIUM (II)
关键词 keywords;P450, monooxygenase, electron transfer, energy transfer, fluorinated aromatics, biphenyl, adamantane, ruthenium channel, substrate-binding, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.09
零角强度 I(0) i0143957000.00
分子量 molecular_weight95219.0 kDa
排除体积 excluded_volume119000 ų
包络体积 envelope_volume141710 ų
水化壳体积 shell_volume39711 ų
包络直径 envelope_diameter98.7
壳层 Rg shell_rg37.15
包络 Rg envelope_rg29.00
形状 Rg shape_rg29.10
总 Rg total_rg29.75
总原子数 total_atoms6670
残基数 n_residues812
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.4
Rg (实空间) rg_real30.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real1.4400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal144000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9075
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.0
偏度 Skewness skewness0.205
峰度 Kurtosis kurtosis-0.536
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40040000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1k2oa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd1k2ob_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1k2oA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id1k2oB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)