1k5m

Crystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAT PROTEIN VP1 (P1D)

Human rhinovirus 14

UniProt P03303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 240 PDB 声明:240-MERIC(240) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–228 链 B; UniProt 229–331 链 C; UniProt 332–567 链 D; UniProt 2–69 未记录 SPH SPHINGOSINE × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–228 链 B; UniProt 229–331 链 C; UniProt 332–567 链 D; UniProt 2–69 未记录 SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
3 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–228 链 B; UniProt 229–331 链 C; UniProt 332–567 链 D; UniProt 2–69 未记录 SPH SPHINGOSINE × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
4 信息不足 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–228 链 B; UniProt 229–331 链 C; UniProt 332–567 链 D; UniProt 2–69 未记录 SPH SPHINGOSINE × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
5 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–228 链 B; UniProt 229–331 链 C; UniProt 332–567 链 D; UniProt 2–69 未记录 SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
6 信息不足 异源复合物 蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–228 链 B; UniProt 229–331 链 C; UniProt 332–567 链 D; UniProt 2–69 未记录 SPH SPHINGOSINE × 15 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、235 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HRV14
Isoform
PDB实体 1, 2, 3, 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–289; UniProt 568–856 作者链 B; PDB构建体 1–159; UniProt 70–228 作者链 B; PDB构建体 175–277; UniProt 229–331 作者链 C; PDB构建体 1–236; UniProt 332–567 作者链 D; PDB构建体 1–68; UniProt 2–69

CHIMERA OF HRV14 COAT PROTEIN VP2 (P1B) AND the V3 loop of HIV-1 gp120

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate MN)

UniProt P05877

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 240 PDB 声明:240-MERIC(240) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 314–325 未记录 COAT PROTEIN VP1 (P1D) × 60 (P03303) COAT PROTEIN VP3 (P1C) × 60 (P03303) COAT PROTEIN VP4 (P1A) × 60 (P03303) SPH SPHINGOSINE × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 314–325 未记录 COAT PROTEIN VP1 (P1D) × 1 (P03303) COAT PROTEIN VP3 (P1C) × 1 (P03303) COAT PROTEIN VP4 (P1A) × 1 (P03303) SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
3 信息不足 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 314–325 未记录 COAT PROTEIN VP1 (P1D) × 5 (P03303) COAT PROTEIN VP3 (P1C) × 5 (P03303) COAT PROTEIN VP4 (P1A) × 5 (P03303) SPH SPHINGOSINE × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
4 信息不足 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 314–325 未记录 COAT PROTEIN VP1 (P1D) × 6 (P03303) COAT PROTEIN VP3 (P1C) × 6 (P03303) COAT PROTEIN VP4 (P1A) × 6 (P03303) SPH SPHINGOSINE × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
5 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 314–325 未记录 COAT PROTEIN VP1 (P1D) × 1 (P03303) COAT PROTEIN VP3 (P1C) × 1 (P03303) COAT PROTEIN VP4 (P1A) × 1 (P03303) SPH SPHINGOSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å
6 信息不足 异源复合物 蛋白 × 60 PDB 声明:60-meric(60) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 314–325 未记录 COAT PROTEIN VP1 (P1D) × 15 (P03303) COAT PROTEIN VP3 (P1C) × 15 (P03303) COAT PROTEIN VP4 (P1A) × 15 (P03303) SPH SPHINGOSINE × 15 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;1.5 M ammonium formate and 0.15 M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENV_HV1MN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 163–174; UniProt 314–325

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1k5m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1k5m
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k5m
沉积日期 deposition_date2001-10-11
结构标题 titleCrystal Structure of a Human Rhinovirus Type 14:Human Immunodeficiency Virus Type 1 V3 Loop Chimeric Virus MN-III-2
关键词 keywordsengineered rhinovirus, HIV-1 V3 loop, beta turns, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.56
零角强度 I(0) i0133066000.00
分子量 molecular_weight91991.0 kDa
排除体积 excluded_volume115390 ų
包络体积 envelope_volume143330 ų
水化壳体积 shell_volume40725 ų
包络直径 envelope_diameter101.1
壳层 Rg shell_rg36.67
包络 Rg envelope_rg29.24
形状 Rg shape_rg28.57
总 Rg total_rg29.27
总原子数 total_atoms6480
残基数 n_residues829
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.7
Rg (实空间) rg_real29.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real1.3310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal133100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8895
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.3
偏度 Skewness skewness0.336
峰度 Kurtosis kurtosis-0.282
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27290000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.923

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1k5m.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1k5ma_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd1k5mc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1k5mA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1k5mB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1k5mC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id1k5mD00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Picornavirus coat protein VP4

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)