SAXSdb — 8pnb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pnb
沉积日期 deposition_date	2023-06-30
结构标题 title	HRV empty capsid
关键词 keywords	cryo-EM, HRV-B14, SsRNA virus, capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.99 Å
零角强度 I(0) i0	102327000.00
分子量 molecular_weight	80238.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100570 Å³
包络体积 envelope_volume	128230 Å³
水化壳体积 shell_volume	37081 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.95 Å
包络 Rg envelope_rg	29.45 Å
形状 Rg shape_rg	28.99 Å
总 Rg total_rg	29.66 Å
总原子数 total_atoms	5656
残基数 n_residues	722
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8868
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	98.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.366
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.303
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	28730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	26233.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	5656

FNGSETDVECFLGRAACVHVTEIQNKDATGIDNHREAKLFNDWKINLSSLVQLRKKLELFTYVRFDSEYTILATASQPDSANYSSNLVVQAMYVPPGAPNPKEWDDYTWQSASNPSVFFKVGDTSRFSVPYVGLASAYNCFYDGYSHDDAETQYGITVLNHMGSMAFRIVNEHDEHKTLVKIRVYHRAKHVEAWIPRAPRALPYTSIGRTNYPKNTEPVIKKRKGDIKSY

来源 Source

来源生物 organism	rhinovirus B14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12131
宿主生物 host_organism	rhinovirus B14

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	27903.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

CGYSDRVQQITLGNSTITTQEAANAVVCYAEWPEYLPDVDASDVNKTSKPDTSVCRFYTLDSKTWTTGSKGWCWKLPDALKDMGVFGQNMFFHSLGRSGYTVHVQCNATKFHSGCLLVVVIPEHQLASHEGGNVSVKYTFTHPGERGIDLSSANEVGGPVKDVLYNMNGTLLGNLLIFPHQFINLRTNNTATIVIPYINSVPIDSMTRHNNVSLMVIPIAPLTVPTGATPSLPITVTIAPMCTEFSGIRSKSIVPQ

来源 Source

来源生物 organism	rhinovirus B14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12131
宿主生物 host_organism	rhinovirus B14

Entity 3 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	26236.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPTTTLPGSGQFLTTDDRQSPSALPNYEPTPRIHIPGKVHNLLEIIQVDTLIPMNNTHTKDEVNSYLIPLNANRQNEQVFGTNLFIGDGVFKTTLLGEIVQYYTHWSGSLRFSLMYTGPALSSAKLILAYTPPGARGPQDRREAMLGTHVVWDIGLQSTIVMTIPWTSGVQFRYTDPDTYTSAGFLSCWYQTSLILPPETTGQVYLLSFISACPDFKLRLMKDTQTISQTVALTE

来源 Source

来源生物 organism	rhinovirus B14
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12131
宿主生物 host_organism	rhinovirus B14

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	8381

fit	/app/data/saxs_computation/pn/8pnb/8pnb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pn/8pnb/8pnb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pn/8pnb/8pnb.dat

HRV empty capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)