SAXSdb — 1l9z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–314 链 B； UniProt 1–314	未记录	nontemplate DNA strand × 1 template DNA strand × 1 RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT × 1 （Q9KWU7） RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT × 1 （Q9KWU6） RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT × 1 （Q9EVV4） SIGMA FACTOR SIGA × 1 （Q9EZJ8） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1L9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1I6V THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX 提交 2001-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–314（314 aa）片段：ALPHA SUBUNIT 链 B 1–314（314 aa）片段：ALPHA SUBUNIT	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 1–314（314 aa）链 K 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
2GHO Recombinant Thermus aquaticus RNA polymerase for Structural Studies 提交 2006-03-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.05 M Na cacodylate 10 mM MgCl2 1.0 M Li2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 5.00 Å R-free 0.337
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 12 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT

物种未注明

UniProt Q9KWU7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–1119	未记录	nontemplate DNA strand × 1 template DNA strand × 1 RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT × 2 （Q9KWU8） RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT × 1 （Q9KWU6） RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT × 1 （Q9EVV4） SIGMA FACTOR SIGA × 1 （Q9EZJ8） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1L9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1I6V THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX 提交 2001-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–1119（1119 aa）片段：BETA SUBUNIT	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 1–1119（1119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
2GHO Recombinant Thermus aquaticus RNA polymerase for Structural Studies 提交 2006-03-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.05 M Na cacodylate 10 mM MgCl2 1.0 M Li2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 5.00 Å R-free 0.337
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 A 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 B 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 C 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 D 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
4XAX Crystal structure of Thermus thermophilus CarD in complex with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2014-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–139（123 aa）链 A 334–392（59 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, ethylene gycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.180
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 14 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1118； UniProt 1–1119

RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT

物种未注明

UniProt Q9KWU6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–1524	未记录	nontemplate DNA strand × 1 template DNA strand × 1 RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT × 2 （Q9KWU8） RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT × 1 （Q9KWU7） RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT × 1 （Q9EVV4） SIGMA FACTOR SIGA × 1 （Q9EZJ8） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1L9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–155（155 aa）链 D 452–1524（1073 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1I6V THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX 提交 2001-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–1524（1524 aa）片段：BETA-PRIME SUBUNIT	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 1–1524（1524 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–1524（1524 aa）链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–1524（1524 aa）链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
2AUJ Structure of Thermus aquaticus RNA polymerase beta'-subunit insert 提交 2005-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 151–455（305 aa）片段：residues 151-455	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；sodium cacodylate/magnesium acetate/polyethylene glycol 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2GHO Recombinant Thermus aquaticus RNA polymerase for Structural Studies 提交 2006-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–158（158 aa）链 D 452–1524（1073 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.05 M Na cacodylate 10 mM MgCl2 1.0 M Li2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 5.00 Å R-free 0.337
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 13 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1524； UniProt 1–1524

RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT

物种未注明

UniProt Q9EVV4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 0–98	未记录	nontemplate DNA strand × 1 template DNA strand × 1 RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT × 2 （Q9KWU8） RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT × 1 （Q9KWU7） RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT × 1 （Q9KWU6） SIGMA FACTOR SIGA × 1 （Q9EZJ8） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1L9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1I6V THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX 提交 2001-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–99（99 aa）片段：OMEGA SUBUNIT	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 0–98（99 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 N 0–98（99 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 K 0–98（99 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 K 0–98（99 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 11 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 0–98

SIGMA FACTOR SIGA

Thermus aquaticus

UniProt Q9EZJ8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 2 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 1–438	未记录	nontemplate DNA strand × 1 template DNA strand × 1 RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT × 2 （Q9KWU8） RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT × 1 （Q9KWU7） RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT × 1 （Q9KWU6） RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT × 1 （Q9EVV4） MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1L9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KU2 Crystal Structure of Thermus aquaticus RNA Polymerase Sigma Subunit Fragment Containing Regions 1.2 to 3.1 提交 2002-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 92–332（241 aa）片段：residues 92-332 链 B 92–332（241 aa）片段：residues 92-332	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MOPS, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.271
1KU3 Crystal Structure of Thermus aquaticus RNA Polymerase Sigma Subunit Fragment, Region 4 提交 2002-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 366–438（73 aa）片段：region 4 (residues 366-438)	突变：L386M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.252
1KU7 Crystal Structure of Thermus aquatics RNA Polymerase SigmaA Subunit Region 4 Bound to-35 Element DNA 提交 2002-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 366–438（73 aa）片段：region 4 (residues 366-438) 链 D 366–438（73 aa）片段：region 4 (residues 366-438)	突变：L386M 突变：L386M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；MES, PEG 4000, magnesium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.293
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 92–438（347 aa）片段：RESIDUES 92-438	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 92–438（347 aa）片段：RESIDUES 92-438	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1RIO Structure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-region4 of Thermus aquaticus bound to DNA 提交 2003-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 366–438（73 aa）片段：Sigma region 4	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；295 K；MPD, Sodium Acetate, calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 4.60	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
3LES 2F5 Epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 23% PEG 4000, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.77 Å R-free 0.260
3LES 2F5 Epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 23% PEG 4000, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.77 Å R-free 0.260
3LEV HIV-1 antibody 2F5 in complex with epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；16% PEG 400, 2.8% PEG 3350, 0.1 M CH3COONA PH 5.5, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
3LEV HIV-1 antibody 2F5 in complex with epitope scaffold ES2 提交 2010-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 93–271（179 aa）片段：UNP RESIDUES 93-271	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；16% PEG 400, 2.8% PEG 3350, 0.1 M CH3COONA PH 5.5, 0.02 M ATP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.253
3N97 RNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region 4 (T. aq. mutant) bound to (UP,-35 element) DNA 提交 2010-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 366–438（73 aa）片段：sigma subunit region 4, residues 366-438 链 D 366–438（73 aa）片段：sigma subunit region 4, residues 366-438	突变：L386M and 424-429 KYHESR replaced with RHPSR 突变：L386M and 424-429 KYHESR replaced with RHPSR	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289.15 K；28% (w/v) PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M sarcosine, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K	分辨率 3.25 Å R-free 0.295
3UGO Crystal structure of RNA-polymerase sigma subunit domain 2 complexed with -10 promoter element ssDNA oligo (TACAAT) 提交 2011-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 92–332（241 aa）片段：domain 2 (UNP residues 92-332)	未记录	K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；5% PEG8000, 20% PEG300, 10% glycerol, 0.15% mellitic acid, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
3UGP Crystal structure of RNA-polymerase sigma subunit domain 2 complexed with -10 promoter element ssDNA oligo (TATAAT) 提交 2011-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 92–332（241 aa）片段：domain 2 (UNP residues 92-332)	未记录	K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；5% PEG8000, 20% PEG300, 10% glycerol, 0.15% mellitic acid, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
4KI2 Crystallographic analysis of an RNA-polymerase sigma-subunit fragment complexed with -10 promoter element ssDNA 提交 2013-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 92–332（241 aa）片段：domains 2-3, (UNP residues 92-332)	未记录	K POTASSIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295.15 K；100 mM Tris, pH 8.5, 5% w/v PEG8000, 20% w/v PEG300, 10% v/v glycerol, 0.15% w/v mellitic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.30 Å R-free 0.262
4KI2 Crystallographic analysis of an RNA-polymerase sigma-subunit fragment complexed with -10 promoter element ssDNA 提交 2013-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 92–332（241 aa）片段：domains 2-3, (UNP residues 92-332)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295.15 K；100 mM Tris, pH 8.5, 5% w/v PEG8000, 20% w/v PEG300, 10% v/v glycerol, 0.15% w/v mellitic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 3.30 Å R-free 0.262
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 92–438（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 L 92–438（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 L 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 L 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 F 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 L 92–438（347 aa）片段：unp residues 92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 L 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 L 92–438（347 aa）片段：92-438	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 F 92–438（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 17 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9EZJ8_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–438； UniProt 1–438

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l9z
沉积日期 deposition_date	2002-03-27
结构标题 title	Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter DNA Complex at 6.5 A Resolution
关键词 keywords	helix-turn-helix, coiled-coil, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.42 Å
零角强度 I(0) i0	451941000.00
分子量 molecular_weight	136830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155050 Å³
包络体积 envelope_volume	498950 Å³
水化壳体积 shell_volume	88538 Å³
包络直径 envelope_diameter	175.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.68 Å
包络 Rg envelope_rg	45.70 Å
形状 Rg shape_rg	48.10 Å
总 Rg total_rg	49.39 Å
总原子数 total_atoms	10078
残基数 n_residues	3186
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	452100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8685
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.231
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	223900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.863

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	nontemplate DNA strand
分子量 formula_weight	10802.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U
原子数 atom_count	10078

GGCCGCTTGACAAAAGTGTTAAATTGTGCTATACT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	template DNA strand
分子量 formula_weight	9166.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AGCACAATTTAACACTTTTGTCAAGCGGCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT
分子量 formula_weight	34830.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MLESKLKAPVFTATTQGDHYGEFVLEPLERGFGVTLGNPLRRILLSSIPGTAVTSVYIEDVLHEFSTIPGVKEDVVEIILNLKELVVRFLDPKMASTTLILRAEGPKEVRAGDFTPSADVEIMNPDLHIATLEEGGKLYMEVRVDRGVGYVPAERHGIKDRINAIPVDAIFSPVRRVAFQVEDTRLGQRTDLDKLTLRIWTDGSVTPLEALNQAVAILKEHLNYFANPEASLLPTPEVSKGEKRESAEEDLDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLRNIPGIGERSLEEIRQALAKKGFTLKE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT
分子量 formula_weight	124800.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYKKALQADVPPEKRENVGIQAAFKETFPIEEGDKGKGGLVLDFLEYRIGDPPFSQDECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHLPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIASIIPLPKRGPWIDLEVEASGVVTMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLVRELSAYGDLVQGLLDEAVLAMRPEEAMVRLFTLLRPGDPPKKDKALAYLFGLLADPKRYDLGEAGRYKAEEKLGVGLSGRTLVRFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGHEVDDIDHLGNRRIRTVGELMADQFRVGLARLARGVRERMVMGSPDTLTPAKLVNSRPLEAALREFFSRSQLSQFKDETNPLSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDALGFIRTPYRRVKNGVVTEEVVYMTASEEDRYTIAQANTPLEGDRIATDRVVARRRGEPVIVAPEEVEFMDVSPKQVFSLNTNLIPFLEHDDANRALMGSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVVKVDGTRIAVRYEDGRLVHPLRRYARSNQGTAFDQRPRVRVGQRVKKGDLLADGPASEEGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGIVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGEQEPSPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVGRLRLRRGDPGVELKPGVREVVRVFVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRMNLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPVFDGATEPEIKELLAEAFNLYFGKRQGEGFGVDKREKEVLARAEKLGLVSPGKSPEEQLKELFDLGKVVLYDGRTGEPFEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLQEMLTIKSDDIEGRNAAYQAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDIFEGLASKR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT
分子量 formula_weight	171187.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKKEVRKVRIALASPEKIRSWSYGEVEKPETINYRTLKPERDGLFDERIFGPIKDYECACGKYKRQRFEGKVCERCGVEVTRSIVRRYRMGHIELATPAAHIWFVKDVPSKIGTLLDLSATELEQVLYFNKYIVLDPKGAVLDGVPVEKRQLLTDEEYRELRYGKQETYPLPAGVDALVKDGEEVVKGQELAPGVVSRMDGVALYRFPRRVRVDYLRKERAALRIPLSAWVEKEAYRPGEVLAELSEPYLFRAEESGVVELKDLAEGHLIYLRQEEEVVARYFLPAGMTPLVVEGEIVEVGQPLAEGKGLLRLPRHMTAKEVEAEEEGDSVHLTLFLEWTEPKDYKVAPHMNVIVPEGAKVQAGEKIVAAIDPEEEVIAEAEGVVHLHEPASILVVKARVYPFEDDVEVTTGDRVAPGDVLADGGKVKSEIYGRVEVDLVRNVVRVVESYDIDARMGAEAIQELLKELDLEKLERELLEEMKHPSRARRAKARKRLEVVRAFLDSGNRPEWMILEAVPVLPPDLRPMVQVDGGRFATSDLNDLYRRLINRNNRLKKLLAQGAPEIIIRNEKRMLQEAVDAVIDNGRRGSPVTNPGSERPLRSLTDILSGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKRMALELFKPFLLKKMEEKAFAPNVKAARRMLERQRDIKDEVWDALEEVIHGKVVLLNRAPTLHRLGIQAFQPVLVEGQSIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHVPLSSFAQAEARIQMLSAHNLLSPASGEPLAKPSRDIILGLYYITQVRKEKKGAGMAFATPEEALAAYERGEVALNAPIVVAGRETSVGRLKFVFANPDEALLAVAHGLLDLQDVVTVRYLGRRLETSPGRILFARIVGEAVGDEKVAQELIQMDVPQEKNSLKDLVYQAFLRLGMEKTARLLDALKYYGFTLSTTSGITIGIDDAVIPEEKQRYLEEADRKLRQIEQAYEMGFLTDRERYDQVIQLWTETTEKVTQAVFKNFEENYPFNPLYVMAQSGARGNPQQIRQLCGMRGLMQKPSGETFEVPVRSSFREGLTVLEYFISSHGARKGGADTALRTADSGYLTRKLVDVAHEIVVREADCGTTNYISVPLFQMDEVTRTLRLRKRSDIESGLYGRVLAREVEALGRRLEEGRYLSLEDVHFLIKAAEAGEVREVPVRSPLTCQTRYGVCQKCYGYDLSMARPVSIGEAVGVVAAESIGEPGTQLTMRTFHTGGVAVGTDITQGLPRVIELFEARRPKAKAVISEIDGVVRIEEGEDRLSVFVESEGFSKEYKLPKDARLLVKDGDYVEAGQPLTRGAIDPHQLLEAKGPEAVERYLVDEIQKVYRAQGVKLHDKHIEIVVRQMLKYVEVTDPGDSRLLEGQVLEKWDVEALNERLIAEGKVPVAWKPLLMGVTKSALSTKSWLSAASFQNTTHVLTEAAIAGKKDELIGLKENVILGRLIPAGTGSDFVRFTQVVDQRTLKAIEEARKEAVEAKEKEAPRRPVRREQPGKGL

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT
分子量 formula_weight	11642.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHRFKNTVLEPEERPKMRTLEGLYDDPNAVTWAMKELLTGRLFFGENLVPEDRLQKEMERLYPTEEEA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	SIGMA FACTOR SIGA
分子量 formula_weight	49922.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKSKSKKKAAKAQEVEVKEPVKEPEPLPELEAAEDLQDLPEPDPELLASEPELEDLADPLDLEGPLEADLLPEEGLLEEEEEELSLPKVSTSDPVRQYLHEIGQVPLLTLEEEIDLARKVEEGMEAIKKLSEATGLDQELIREVVRAKILGTARIQKIPGLKEKPDPKTVEEVDGKLKSLPKELKRYLHIAREGEAARQHLIEANLRLVVSIAKKYTGRGLSFLDLIQEGNQGLIRAVEKFEYKRRFKFSTYATWWIRQAINRAIADQARTIRIPVHMVETINKLSRTARQLQQELGREPSYEEIAEAMGPGWDAKRVEETLKIAQEPVSLETPIGDEKDSFYGDFIPDENLPSPVEAAAQSLLSEELEKALSKLSEREAMVLKLRKGLIDGREHTLEEVGAYFGVTRERIRQIENKALRKLKYHESRTRKLRDFLE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus aquaticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	271
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1l9za_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1l9zb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1l9zc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1l9zd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1l9ze_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1l9zh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	180.947 Å
晶胞边长 b length_b	180.947 Å
晶胞边长 c length_c	523.461 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.500 Å
最低分辨率 resolution_low	80.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/l9/1l9z/1l9z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l9/1l9z/1l9z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l9/1l9z/1l9z.dat

Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter DNA Complex at 6.5 A Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA POLYMERASE, ALPHA SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA POLYMERASE, BETA SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA POLYMERASE, BETA-PRIME SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA POLYMERASE, OMEGA SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SIGMA FACTOR SIGA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)