1m63

Crystal structure of calcineurin-cyclophilin-cyclosporin shows common but distinct recognition of immunophilin-drug complexes

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2B CATALYTIC SUBUNIT, ALPHA ISOFORM

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	CALCINEURIN B SUBUNIT ISOFORM 1 × 2 （P63098） PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A × 2 （P62937） CYCLOSPORIN A × 2 ZINC ION × 2 FE (III) ION × 2 CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P2BA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–372； UniProt 1–372 作者链 E； PDB构建体 1–372； UniProt 1–372

CALCINEURIN B SUBUNIT ISOFORM 1

HOMO SAPIENS

UniProt P63098

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2B CATALYTIC SUBUNIT, ALPHA ISOFORM × 2 （Q08209） PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A × 2 （P62937） CYCLOSPORIN A × 2 ZINC ION × 2 FE (III) ION × 2 CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CANB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 F； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A

HOMO SAPIENS

UniProt P62937

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2B CATALYTIC SUBUNIT, ALPHA ISOFORM × 2 （Q08209） CALCINEURIN B SUBUNIT ISOFORM 1 × 2 （P63098） CYCLOSPORIN A × 2 ZINC ION × 2 FE (III) ION × 2 CALCIUM ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPIA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–165； UniProt 0–164 作者链 G； PDB构建体 1–165； UniProt 0–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m63
沉积日期 deposition_date	2002-07-12
结构标题 title	Crystal structure of calcineurin-cyclophilin-cyclosporin shows common but distinct recognition of immunophilin-drug complexes
关键词 keywords	HYDROLASE-ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX, IMMUNOPHILIN, CALCINEURIN, CYCLOSPORIN A, IMMUNOSUPPRESSANT, CYCLOPHILIN; HYDROLASE/ISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1m63__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1m63__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1m63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.06 Å
Rg（电子密度）	36.17 Å
总 Rg	36.71 Å
原子数	11185
残基数	1383
排除体积	200210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1m63__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2B CATALYTIC SUBUNIT, ALPHA ISOFORM
分子量 formula_weight	42876.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11185

MSEPKAIDPKLSTTDRVVKAVPFPPSHRLTAKEVFDNDGKPRVDILKAHLMKEGRLEESVALRIITEGASILRQEKNLLDIDAPVTVCGDIHGQFFDLMKLFEVGGSPANTRYLFLGDYVDRGYFSIECVLYLWALKILYPKTLFLLRGNHECRHLTEYFTFKQECKIKYSERVYDACMDAFDCLPLAALMNQQFLCVHGGLSPEINTLDDIRKLDRFKEPPAYGPMCDILWSDPLEDFGNEKTQEHFTHNTVRGCSYFYSYPAVCEFLQHNNLLSILRAHEAQDAGYRMYRKSQTTGFPSLITIFSAPNYLDVYNNKAAVLKYENNVMNIRQFNCSPHPYWLPNFMDVFTWSLPFVGEKVTEMLVNVLNIC

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CALCINEURIN B SUBUNIT ISOFORM 1
分子量 formula_weight	19191.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GNEASYPLEMCSHFDADEIKRLGKRFKKLDLDNSGSLSVEEFMSLPELQQNPLVQRVIDIFDTDGNGEVDFKEFIEGVSQFSVKGDKEQKLRFAFRIYDMDKDGYISNGELFQVLKMMVGNNLKDTQLQQIVDKTIINADKDGDGRISFEEFCAVVGGLDIHKKMVVDV

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
分子量 formula_weight	18036.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MVNPTVFFDIAVDGEPLGRVSFELFADKVPKTAENFRALSTGEKGFGYKGSCFHRIIPGFMCQGGDFTRHNGTGGKSIYGEKFEDENFILKHTGPGILSMANAGPNTNGSQFFICTAKTEWLDGKHVVFGKVKEGMNIVEAMERFGSRNGKTSKKITIADCGQLE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CYCLOSPORIN A
分子量 formula_weight	1220.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

ALLVTAGLVLA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1m63a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

结构域编号 domain_id	d1m63b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d1m63c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

结构域编号 domain_id	d1m63e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

结构域编号 domain_id	d1m63f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d1m63g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1m63A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	1m63B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1m63C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

结构域编号 domain_id	1m63E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	1m63F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1m63G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

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晶胞边长 a length_a	108.657 Å
晶胞边长 b length_b	108.657 Å
晶胞边长 c length_c	316.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2600
R_work r_work	0.2600
R_free r_free	0.3220

Crystal structure of calcineurin-cyclophilin-cyclosporin shows common but distinct recognition of immunophilin-drug complexes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2B CATALYTIC SUBUNIT, ALPHA ISOFORM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CALCINEURIN B SUBUNIT ISOFORM 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m63__assembly_1__model_1

1m63__assembly_1__model_1 | I(q)

1m63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of calcineurin-cyclophilin-cyclosporin shows common but distinct recognition of immunophilin-drug complexes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 2B CATALYTIC SUBUNIT, ALPHA ISOFORM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CALCINEURIN B SUBUNIT ISOFORM 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m63__assembly_1__model_1

1m63__assembly_1__model_1 | I(q)

1m63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)