1nvp

HUMAN TFIIA/TBP/DNA COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TATA box binding protein

Homo sapiens

UniProt P20226

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	5'-D(GPGPGPGPGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPG)-3' × 1 5'-D(CPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPCPCPCPC)-3' × 1 Transcription initiation factor IIA alpha chain × 1 （P52655） Transcription initiation factor IIA beta chain × 1 （P52655） Transcription initiation factor IIA gamma chain × 1 （P52657） water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 159–339

Transcription initiation factor IIA alpha chain

Homo sapiens

UniProt P52655

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	5'-D(GPGPGPGPGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPG)-3' × 1 5'-D(CPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPCPCPCPC)-3' × 1 TATA box binding protein × 1 （P20226） Transcription initiation factor IIA gamma chain × 1 （P52657） water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF2AA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4, 5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–57； UniProt 2–58 作者链 C； PDB构建体 3–76； UniProt 303–376

Transcription initiation factor IIA gamma chain

Homo sapiens

UniProt P52657

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	5'-D(GPGPGPGPGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPG)-3' × 1 5'-D(CPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPCPCPCPC)-3' × 1 TATA box binding protein × 1 （P20226） Transcription initiation factor IIA alpha chain × 1 （P52655） Transcription initiation factor IIA beta chain × 1 （P52655） water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2AG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nvp
沉积日期 deposition_date	2003-02-04
结构标题 title	HUMAN TFIIA/TBP/DNA COMPLEX
关键词 keywords	TRANSCRIPTION REGULATION, DNA, COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nvp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nvp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nvp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.46 Å
Rg（电子密度）	27.99 Å
总 Rg	28.39 Å
原子数	3627
残基数	401
排除体积	63074 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nvp__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPGPGPGPGPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGP*G)-3'
分子量 formula_weight	5381.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	3858

GGGGGGGCTATAAAAGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPCPCPCPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	5034.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CCTTTTATAGCCCCCCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TATA box binding protein
分子量 formula_weight	20443.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPRTTALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLGFPAKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTHQQFSSYEPELFPGLIYRMIKPRIVLLIFVSGKVVLTGAKVRAEIYEAFENIYPILKGFRKTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transcription initiation factor IIA alpha chain
分子量 formula_weight	6486.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ANSANTNTVPKLYRSVIEDVINDVRDIFLDDGVDEQVLMELKTLWENKLMQSRAVDG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Transcription initiation factor IIA beta chain
分子量 formula_weight	8687.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSGAEDGQVEEEPLNSEDDVSDEEGQELFDTENVVVCQYDKIHRSKNKWKFHLKDGIMNLNGRDYIFSKAIGDAEW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Transcription initiation factor IIA gamma chain
分子量 formula_weight	12337.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AYQLYRNTTLGNSLQESLDELIQSQQITPQLALQVLLQFDKAINAALAQRVRNRVNFRGSLNTYRFCDNVWTFVLNDVEFREVTELIKVDKVKIVACDGKNTGSNTTE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	231

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1nvpa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1nvpa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1nvpb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.32 — Transcription factor IIA (TFIIA), alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.32.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), alpha-helical domain
家族 Family family	a.32.1.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), alpha-helical domain

结构域编号 domain_id	d1nvpc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.56 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.56.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain
家族 Family family	b.56.1.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	d1nvpd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.32 — Transcription factor IIA (TFIIA), alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.32.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), alpha-helical domain
家族 Family family	a.32.1.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), alpha-helical domain

结构域编号 domain_id	d1nvpd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.56 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain
超家族 Superfamily superfamily	b.56.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain
家族 Family family	b.56.1.1 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1nvpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1nvpA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1nvpB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1nvpC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	18 — TATA box binding Protein, subunit D; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	1nvpD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Transcription factor IIA gamma subunit, alpha-helical domain

结构域编号 domain_id	1nvpD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	18 — TATA box binding Protein, subunit D; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor IIA (TFIIA), beta-barrel domain

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晶胞边长 a length_a	59.624 Å
晶胞边长 b length_b	90.884 Å
晶胞边长 c length_c	125.256 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	39.000 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2470

HUMAN TFIIA/TBP/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TATA box binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription initiation factor IIA alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription initiation factor IIA gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nvp__assembly_1__model_1

1nvp__assembly_1__model_1 | I(q)

1nvp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)