1o9u

GLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3 BETA COMPLEXED WITH AXIN PEPTIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA

HOMO SAPIENS

UniProt P49841

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 35–384 片段:RESIDUES 35-384 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) AXIN PEPTIDE × 2 (O15169) ADZ 9-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;CRYSTAL WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD. 1UL OF PROTEIN SOLUTION (6MG/ML GSK3B AND 0.37MG/ML AXIN PEPTIDE) IN 25MM HEPES-NAOH, 250MM NACL, 1MM DTT, PH 7.0) WAS MIXED WITH 1UL PRECIPITANT (18% PEG4000, 150MM MGCL2, 100MM TRIS- HCL, PH 7.5) 分辨率 2.40 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、177 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KG3B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–350; UniProt 35–384

AXIN PEPTIDE

物种未注明

UniProt O15169

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 383–400 片段:RESIDUES 383-400 GLYCOGEN SYNTHASE KINASE-3 BETA × 2 (P49841) ADZ 9-METHYL-9H-PURIN-6-AMINE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;CRYSTAL WERE GROWN BY THE HANGING DROP METHOD. 1UL OF PROTEIN SOLUTION (6MG/ML GSK3B AND 0.37MG/ML AXIN PEPTIDE) IN 25MM HEPES-NAOH, 250MM NACL, 1MM DTT, PH 7.0) WAS MIXED WITH 1UL PRECIPITANT (18% PEG4000, 150MM MGCL2, 100MM TRIS- HCL, PH 7.5) 分辨率 2.40 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AXN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–18; UniProt 383–400

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1o9u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1o9u
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1o9u
沉积日期 deposition_date2002-12-19
结构标题 titleGLYCOGEN SYNTHASE KINASE 3 BETA COMPLEXED WITH AXIN PEPTIDE
关键词 keywords;TRANSFERASE-TRANSFERASE SUBSTRATE COMPLEX, KINASE, INSULIN PATHWAY, TRANSFERASE, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, ATP-BINDING, MULTIGENE FAMILY, PHOSPHORYLATION, DEVELOPMENTAL PROTEIN, ANTI-ONCOGENE, APOPTOSIS, TRANSFERASE- TRANSFERASE SUBSTRATE COMPLEX ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE SUBSTRATE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.95
零角强度 I(0) i028443900.00
分子量 molecular_weight41866.0 kDa
排除体积 excluded_volume52941 ų
包络体积 envelope_volume63585 ų
水化壳体积 shell_volume24205 ų
包络直径 envelope_diameter73.7
壳层 Rg shell_rg29.05
包络 Rg envelope_rg22.32
形状 Rg shape_rg21.95
总 Rg total_rg22.91
总原子数 total_atoms2953
残基数 n_residues367
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.7
Rg (实空间) rg_real22.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real2.8440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28440000.0000
解质量估计 total_estimate0.8959
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.4
偏度 Skewness skewness0.264
峰度 Kurtosis kurtosis-0.397
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8122000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1o9ua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1o9uA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id1o9uA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)