1qdu

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qdu
沉积日期 deposition_date	1999-07-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK
关键词 keywords	APOPTOSIS, CYSTEINE PROTEASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.41 Å
零角强度 I(0) i0	824793000.00
分子量 molecular_weight	156600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150800 Å³
包络体积 envelope_volume	273540 Å³
水化壳体积 shell_volume	52620 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.2 Å
壳层 Rg shell_rg	49.08 Å
包络 Rg envelope_rg	41.36 Å
形状 Rg shape_rg	42.41 Å
总 Rg total_rg	42.62 Å
总原子数 total_atoms	11802
残基数 n_residues	1368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	824900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	68.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.043
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.812
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.874

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CASPASE-8 ALPHA-CHAIN
分子量 formula_weight	17417.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	11948

LDKVYQMKSKPRGYCLIINNHNFAKAREKVPKLHSIRDRNGTHLDAGALTTTFEELHFEIKPHHDCTVEQIYEILKIYQLMDHSNMDCFICCILSHGDKGIIYGTDGQEAPIYELTSQFTGLKCPSLAGKPKVFFIQACQGDNYQKGIPVETD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	CASPASE-8 BETA-CHAIN
分子量 formula_weight	10186.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

TRYIPDEADFLLGMATVNNCVSYRNPAEGTWYIQSLCQSLRERCPRGDDILTILTEVNYEVSNKDDKKNMGKQMPQPTFTLRKKLVFP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	PHQ-GLU-VAL-ASP-DICHLOROMETHYLKETONE INHIBITOR
分子量 formula_weight	546.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,U,V,W,X,Y

XEVDX

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1qdu.1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1qdu.2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1qdu.3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1qdu.4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1qdu.5
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1qdu.6
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1qduA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	1qduB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	1qduC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	1qduD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	1qduE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	1qduF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	1qduG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	1qduH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	1qduI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	1qduJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

结构域编号 domain_id	1qduK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	1qduL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.900 Å
晶胞边长 b length_b	206.530 Å
晶胞边长 c length_c	102.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.3020

fit	/app/data/saxs_computation/qd/1qdu/1qdu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qd/1qdu/1qdu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qd/1qdu/1qdu.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CASPASE-8 WITH THE TRIPEPTIDE KETONE INHIBITOR ZEVD-DCBMK

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)