SAXSdb — 1qm8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qm8
沉积日期 deposition_date	1999-09-22
结构标题 title	Structure of Bacteriorhodopsin at 100 K
关键词 keywords	BACTERIORHODOPSIN, PROTON PUMP, MEMBRANE PROTEIN, RETINAL PROTEIN, PHOTORECEPTOR, LIPID; PHOTORECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.56 Å
零角强度 I(0) i0	9445610.00
分子量 molecular_weight	28616.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38347 Å³
包络体积 envelope_volume	41326 Å³
水化壳体积 shell_volume	18596 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.97 Å
包络 Rg envelope_rg	18.96 Å
形状 Rg shape_rg	18.51 Å
总 Rg total_rg	19.93 Å
总原子数 total_atoms	2016
残基数 n_residues	229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9446000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8191
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2033000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	BACTERIORHODOPSIN
分子量 formula_weight	26814.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2039

QAQITGRPEWIWLALGTALMGLGTLYFLVKGMGVSDPDAKKFYAITTLVPAIAFTMYLSMLLGYGLTMVPFGGEQNPIYWARYADWLFTTPLLLLDLALLVDADQGTILALVGADGIMIGTGLVGALTKVYSYRFVWWAISTAAMLYILYVLFFGFTSKAESMRPEVASTFKVLRNVTVVLWSAYPVVWLIGSEGAGIVPLNIETLLFMVLDVSAKVGFGLILLRSRAIFGEAEAPEPSAGDGAAATS

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL
分子量 formula_weight	733.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL
分子量 formula_weight	653.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	885.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	3-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL
分子量 formula_weight	807.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1qm8a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamily	f.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family family	f.13.1.1 — Bacteriorhodopsin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1qm8A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	102.100 Å
晶胞边长 b length_b	102.100 Å
晶胞边长 c length_c	112.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2510
R_work r_work	0.2510
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/qm/1qm8/1qm8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/1qm8/1qm8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/1qm8/1qm8.dat

Structure of Bacteriorhodopsin at 100 K

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution