SAXSdb — 1qzr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase II

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–413 链 B； UniProt 1–413	片段：N-terminal ATPase Region	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 CDX (S)-4,4'-(1-METHYL-1,2-ETHANEDIYL)BIS-2,6-PIPERAZINEDIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：microbatch under oil；pH 6.5；293 K；PEG 1500, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, microbatch under oil, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1QZR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BGW TOPOISOMERASE RESIDUES 410-1202, 提交 1996-02-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 409–1201（793 aa）片段：RESIDUES 410 - 1202	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
1BJT TOPOISOMERASE II RESIDUES 409-1201 提交 1998-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 409–1201（793 aa）片段：DNA-BINDING AND CLEAVAGE CORE, RESIDUES 409-1201	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
1PVG Crystal Structure of the ATPase region of Saccharomyces Cerevisiae topoisomerase II 提交 2003-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–413（413 aa）片段：N-terminal ATPase region 链 B 1–413（413 aa）片段：N-terminal ATPase region	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 6.5；293 K；PEG 1500, Potassium Chloride, Glycerol, Sodium Cacodylate, pH 6.5, microbatch under oil, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
2RGR Topoisomerase IIA bound to G-segment DNA 提交 2007-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 419–1177（759 aa）片段：DNA binding and cleavage domain (residues 419-1177)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；12-20% PEG 1000, 100-250 mM MgCl2, 100 mM sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3L4J Topoisomerase II-DNA cleavage complex, apo 提交 2009-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 421–1177（757 aa）片段：RESIDUES 421-1177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TSP 3'-THIO-THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；20% 1,4-BUTANEDIOL, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.48 Å R-free 0.259
3L4K Topoisomerase II-DNA cleavage complex, metal-bound 提交 2009-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 421–1177（757 aa）片段：RESIDUES 421-1177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 TSP 3'-THIO-THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% 1,4-BUTANEDIOL, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.98 Å R-free 0.273
4GFH Topoisomerase II-DNA-AMPPNP complex 提交 2012-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：decameric	链 A 1–1177（1177 aa）片段：UNP RESIDUES 1-1177 链 F 1–1177（1177 aa）片段：UNP RESIDUES 1-1177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；23% PEG 300, 100 mM Tris (8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 4.41 Å R-free 0.275

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–418； UniProt 1–413 作者链 B； PDB构建体 6–418； UniProt 1–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qzr
沉积日期 deposition_date	2003-09-17
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE TOPOISOMERASE II BOUND TO ICRF-187 (DEXRAZOXANE)
关键词 keywords	GHKL ATPASE DOMAIN, ICRF, ICRF-187, DEXRAZOXANE, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.24 Å
零角强度 I(0) i0	123829000.00
分子量 molecular_weight	88162.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110520 Å³
包络体积 envelope_volume	132860 Å³
水化壳体积 shell_volume	39291 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.99 Å
包络 Rg envelope_rg	27.32 Å
形状 Rg shape_rg	27.24 Å
总 Rg total_rg	28.08 Å
总原子数 total_atoms	6193
残基数 n_residues	760
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	123800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.190
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.484
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.892

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase II
分子量 formula_weight	48098.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6978

GHMVTMSTEPVSASDKYQKISQLEHILKRPDTYIGSVETQEQLQWIYDEETDCMIEKNVTIVPGLFKIFDEILVNAADNKVRDPSMKRIDVNIHAEEHTIEVKNDGKGIPIEIHNKENIYIPEMIFGHLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKLCNIFSTEFILETADLNVGQKYVQKWENNMSICHPPKITSYKKGPSYTKVTFKPDLTRFGMKELDNDILGVMRRRVYDINGSVRDINVYLNGKSLKIRNFKNYVELYLKSLEKKRQLDNGEDGAAKSDIPTILYERINNRWEVAFAVSDISFQQISFVNSIATTMGGTHVNYITDQIVKKISEILKKKKKKSVKSFQIKNNMFIFINCLIENPAFTSQTKEQLTTRVKDFGSRCEIPLEYINKIMKTDLATRMFEIADANEENALK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(S)-4,4'-(1-METHYL-1,2-ETHANEDIYL)BIS-2,6-PIPERAZINEDIONE
分子量 formula_weight	268.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	766

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1qzra1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.3 — DNA gyrase/MutL, second domain

结构域编号 domain_id	d1qzra2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.2 — DNA gyrase/MutL, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1qzrb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.3 — DNA gyrase/MutL, second domain

结构域编号 domain_id	d1qzrb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.2 — DNA gyrase/MutL, N-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1qzrA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1qzrA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1qzrB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1qzrB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.553 Å
晶胞边长 b length_b	71.444 Å
晶胞边长 c length_c	215.724 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	45.180 Å
R 因子 r_factor	0.1991
R_work r_work	0.1956
R_free r_free	0.2374

fit	/app/data/saxs_computation/qz/1qzr/1qzr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qz/1qzr/1qzr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qz/1qzr/1qzr.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE TOPOISOMERASE II BOUND TO ICRF-187 (DEXRAZOXANE)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction