1rbl

STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM SYNECHOCOCCUS PCC6301

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)

Synechococcus elongatus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 6–472 链 B； UniProt 6–472 链 C； UniProt 6–472 链 D； UniProt 6–472 链 E； UniProt 6–472 链 F； UniProt 6–472 链 G； UniProt 6–472 链 H； UniProt 6–472	未记录	RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN) × 8 （P04716） MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 FMT FORMIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RBL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RSC STRUCTURE OF AN EFFECTOR INDUCED INACTIVATED STATE OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE: THE BINARY COMPLEX BETWEEN ENZYME AND XYLULOSE BISPHOSPHATE 提交 1994-03-29	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	XBP XYLULOSE-1,5-BISPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2WVW Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex 提交 2009-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM TRIS-HCL, PH 8.7；pH 8.7；20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITROBOT USED, LIQUID ETHANE	分辨率 9.00 Å
3RG6 Crystal structure of a chaperone-bound assembly intermediate of form I Rubisco 提交 2011-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；15-17 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M KCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.7, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.245
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）链 L 1–472（472 aa）链 M 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8IO2 The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 A 2–472（471 aa）链 B 2–472（471 aa）链 C 2–472（471 aa）链 D 2–472（471 aa）链 E 2–472（471 aa）链 F 2–472（471 aa）链 G 2–472（471 aa）链 H 2–472（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8IOJ The Rubisco assembly intermidiate of Rubisco large subunit (RbcL) and Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) 提交 2023-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8IOL The complex of Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL_SYNP6
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472 作者链 B； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472 作者链 C； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472 作者链 D； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472 作者链 E； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472 作者链 F； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472 作者链 G； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472 作者链 H； PDB构建体 1–467； UniProt 6–472

RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)

Synechococcus elongatus

UniProt P04716

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–109 链 J； UniProt 1–109 链 K； UniProt 1–109 链 L； UniProt 1–109 链 M； UniProt 1–109 链 N； UniProt 1–109 链 O； UniProt 1–109 链 P； UniProt 1–109	未记录	RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN) × 8 （P00880） MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 FMT FORMIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1RBL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RSC STRUCTURE OF AN EFFECTOR INDUCED INACTIVATED STATE OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE: THE BINARY COMPLEX BETWEEN ENZYME AND XYLULOSE BISPHOSPHATE 提交 1994-03-29	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）链 O 1–110（110 aa）链 P 1–110（110 aa）	未记录	XBP XYLULOSE-1,5-BISPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1UZH A CHIMERIC CHLAMYDOMONAS, SYNECHOCOCCUS RUBISCO ENZYME 提交 2004-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 46–52（7 aa）链 F 47–53（7 aa）链 I 47–53（7 aa）链 J 47–53（7 aa）链 M 47–53（7 aa）链 P 47–53（7 aa）链 T 47–53（7 aa）链 W 47–53（7 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 50	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；50 MM HEPES PH 7.5, 8-12% PEG 4 50 MM NAHCO3, 5 MM MGCL2, 50 UM 2-CABP, 18 DEG C, 10-15 MG PROTEIN	分辨率 2.20 Å R-free 0.193
9FWV Rubisco in native beta-carboxysomes 提交 2024-07-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 D 8–108（101 aa）链 E 8–108（101 aa）链 K 8–108（101 aa）链 L 8–108（101 aa）链 M 8–108（101 aa）链 N 8–108（101 aa）链 O 8–108（101 aa）链 P 8–108（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBS_SYNP6
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 J； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 K； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 L； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 M； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 N； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 O； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 P； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rbl
沉积日期 deposition_date	1993-05-12
结构标题 title	STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM SYNECHOCOCCUS PCC6301
关键词 keywords	LYASE(CARBON-CARBON), LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.62 Å
零角强度 I(0) i0	3900550000.00
分子量 molecular_weight	521040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	649610 Å³
包络体积 envelope_volume	788290 Å³
水化壳体积 shell_volume	127330 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.3 Å
壳层 Rg shell_rg	60.04 Å
包络 Rg envelope_rg	46.13 Å
形状 Rg shape_rg	46.64 Å
总 Rg total_rg	46.89 Å
总原子数 total_atoms	36696
残基数 n_residues	4608
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.1 Å
Rg (实空间) rg_real	47.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9010e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3903000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8885
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1387000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)
分子量 formula_weight	51872.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	36988

SAAGYKAGVKDYKLTYYTPDYTPKDTDLLAAFRFSPQPGVPADEAGAAIAAESSTGTWTTVWTDLLTDMDRYKGKCYHIEPVAGEENSYFAFIAYPLDLFEEGSVTNILTSIVGNVFGFKAIRSLRLEDIRFPVALVKTFQGPPHGIQVERDLLNKYGRPMLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENINSQPFQRWRDRFLFVADAIHKSQAETGEIKGHYLNVTAPTCEEMMKRAEFAKELGMPIIMHDFLTAGFTANTTLAKWCRDNGVLLHIHRAMHAVIDRQRNHGIHFRVLAKCLRLSGGDHLHSGTVVGKLEGDKASTLGFVDLMREDHIEADRSRGVFFTQDWASMPGVLPVASGGIHVWHMPALVEIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAPGATANRVALEACVQARNEGRDLYREGGDILREAGKWSPELAAALDLWKEIKFEFETMDKL

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269084

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)
分子量 formula_weight	12925.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,I,N,J,O,K,P,L

SMKTLPKERRFETFSYLPPLSDRQIAAQIEYMIEQGFHPLIEFNEHSNPEEFYWTMWKLPLFACAAPQQVLDEVRECRSEYGDCYIRVAGFDNIKECQTSSFIVHRPGR

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269084

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	356.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	292

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d1rbla1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rbla2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rblb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rblb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rblc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rblc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rbld1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rbld2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rble1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rble2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rblf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rblf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rblg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rblg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rblh1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1rblh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d1rbli_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1rblj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1rblk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1rbll_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1rblm_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1rbln_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1rblo_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

结构域编号 domain_id	d1rblp_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	1rblA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1rblI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1rblJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1rblK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1rblL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1rblM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1rblN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1rblO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

结构域编号 domain_id	1rblP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	223.900 Å
晶胞边长 b length_b	111.900 Å
晶胞边长 c length_c	199.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	—

STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM SYNECHOCOCCUS PCC6301

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (LARGE CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE (SMALL CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/rb/1rbl/1rbl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/1rbl/1rbl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/1rbl/1rbl.dat