SAXSdb — 1rdt

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rdt
沉积日期 deposition_date	2003-11-06
结构标题 title	Crystal Structure of a new rexinoid bound to the RXRalpha ligand binding doamin in the RXRalpha/PPARgamma heterodimer
关键词 keywords	Hormone, receptor, polymorphism, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.56 Å
零角强度 I(0) i0	44391500.00
分子量 molecular_weight	54213.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68975 Å³
包络体积 envelope_volume	80593 Å³
水化壳体积 shell_volume	28813 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.28 Å
包络 Rg envelope_rg	22.72 Å
形状 Rg shape_rg	22.57 Å
总 Rg total_rg	23.46 Å
总原子数 total_atoms	3822
残基数 n_residues	480
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9070
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.130
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Retinoic acid receptor RXR-alpha
分子量 formula_weight	27114.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4027

MKKGSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	LxxLL motif coactivator
分子量 formula_weight	2806.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

CPSSHSSLTERHKILHRLLQEGSPS

Entity 3 polymer

描述 description	Peroxisome proliferator activated receptor gamma
分子量 formula_weight	32557.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKKGHHHHHHGRAESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKHITPLQEQSKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	LxxLL motif coactivator
分子量 formula_weight	2368.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

NLVPDAASKHKQLSELLRGGSGS

Entity 5 non-polymer

描述 description	(S)-(2E)-3[4-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRO-2-NAPHTHALENYL)TETRAHYDRO-1-BENZOFURAN-2-YL]-2-PROPENOIC ACID
分子量 formula_weight	378.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(2-BENZOYL-PHENYLAMINO)-3-{4-[2-(5-METHYL-2-PHENYL-OXAZOL-4-YL)-ETHOXY]-PHENYL}-PROPIONIC ACID
分子量 formula_weight	546.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	205

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1rdta_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d1rdtd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d1rdtd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rdtA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	1rdtD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.690 Å
晶胞边长 b length_b	54.580 Å
晶胞边长 c length_c	211.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/rd/1rdt/1rdt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rd/1rdt/1rdt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rd/1rdt/1rdt.dat

Crystal Structure of a new rexinoid bound to the RXRalpha ligand binding doamin in the RXRalpha/PPARgamma heterodimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)