SAXSdb — 1s4y

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1s4y
沉积日期 deposition_date	2004-01-19
结构标题 title	Crystal structure of the activin/actrIIb extracellular domain
关键词 keywords	structural genomics, JCSG, transferase, PSI, Protein Structure Initiative, Joint Center for Structural Genomics; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.65 Å
零角强度 I(0) i0	37807100.00
分子量 molecular_weight	44470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54165 Å³
包络体积 envelope_volume	74564 Å³
水化壳体积 shell_volume	24828 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.13 Å
包络 Rg envelope_rg	25.13 Å
形状 Rg shape_rg	25.71 Å
总 Rg total_rg	26.17 Å
总原子数 total_atoms	3102
残基数 n_residues	393
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7027
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4567000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.966

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Activin receptor type IIB precursor
分子量 formula_weight	11573.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3279

EAETRECIYYNANWELERTNQSGLERCEGEQDKRLHCYASWRNSSGTIELVKKGCWLDDFNCYDRQECVATEENPQVYFCCCEGNFCNERFTHLPEPG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Inhibin beta A chain
分子量 formula_weight	12991.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GLECDGKVNICCKKQFFVSFKDIGWNDWIIAPSGYHANYCEGECPSHIAGTSGSSLSFHSTVINHYRMRGHSPFANLKSCCVPTKLRPMSMLYYDDGQNIIKKDIQNMIVEECGCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1s4ya_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d1s4yb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d1s4yc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d1s4yd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1s4yA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	1s4yB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	1s4yC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	1s4yD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.290 Å
晶胞边长 b length_b	120.627 Å
晶胞边长 c length_c	43.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	70.710 Å
R 因子 r_factor	0.2102
R_work r_work	0.2061
R_free r_free	0.2862

fit	/app/data/saxs_computation/s4/1s4y/1s4y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s4/1s4y/1s4y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s4/1s4y/1s4y.dat

Crystal structure of the activin/actrIIb extracellular domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)