SAXSdb — 1s4y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activin receptor type IIB precursor

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–120 链 C； UniProt 23–120	片段：extracellular domain	Inhibin beta A chain × 2 （P08476）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；PEG 3350, magnesium chloride, bis tris, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVR2B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–98； UniProt 23–120 作者链 C； PDB构建体 1–98； UniProt 23–120

Inhibin beta A chain

Homo sapiens

UniProt P08476

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 311–426 链 D； UniProt 311–426	未记录	Activin receptor type IIB precursor × 2 （P27040）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；PEG 3350, magnesium chloride, bis tris, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1S4Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NYS Crystal Structure of Activin A Bound to the ECD of ActRIIB P41 提交 2003-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 311–426（116 aa）片段：Mature Domain (residues 311-426) 链 D 311–426（116 aa）片段：Mature Domain (residues 311-426)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 4000, sodium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.05 Å R-free 0.299
1NYU Crystal Structure of Activin A Bound to the ECD of ActRIIB 提交 2003-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 311–426（116 aa）片段：Mature Domain (residues 311-426) 链 D 311–426（116 aa）片段：Mature Domain (residues 311-426)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 4000, sodium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.10 Å R-free 0.291
2ARP Activin A in complex with Fs12 fragment of follistatin 提交 2005-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 311–426（116 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 6 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG-MME 2000, Nickel chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
2ARV Structure of human Activin A 提交 2005-08-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–426（116 aa）链 B 311–426（116 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；Ammonium sulphate, PEG300, Na-Hepes, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
2B0U The Structure of the Follistatin:Activin Complex 提交 2005-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 311–426（116 aa）片段：Activin (mature form) 链 B 311–426（116 aa）片段：Activin (mature form)	未记录	IR3 IRIDIUM (III) ION × 5 MLI MALONATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, 200 mM Malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
2P6A The structure of the Activin:Follistatin 315 complex 提交 2007-03-16	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 311–426（116 aa）链 B 311–426（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20-23% PEG 1000, 200mM MgCl2, 3% EtOH, 20mM Trimethyl-amine HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 3.40 Å R-free 0.324
3B4V X-Ray structure of Activin in complex with FSTL3 提交 2007-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 311–426（116 aa）链 B 311–426（116 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 3350, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.48 Å R-free 0.279
3B4V X-Ray structure of Activin in complex with FSTL3 提交 2007-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 311–426（116 aa）链 F 311–426（116 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 3350, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.48 Å R-free 0.279
5HLY Structure of Pro-Activin A Precursor at 2.3 A Resolution 提交 2016-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–426（397 aa）	突变：C35S, C38S, deletion:K259-D282 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25% w/v polyethylene glycol 1000, 100 mM MES pH 6.5; cryo: 15% v/v PEG 400 added	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
5HLZ Structure of Pro-Activin A Complex at 2.85 A resolution 提交 2016-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 30–305（276 aa）片段：Pro domain, UNP Residues 30-305 链 B 311–426（116 aa）片段：Mature domain, UNP Residues 311-426 链 C 30–305（276 aa）片段：Pro domain, UNP Residues 30-305 链 D 311–426（116 aa）片段：Mature domain, UNP Residues 311-426	突变：;C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP) ; 突变：;C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP) ;	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；20% w/v polyethylene glycol 3350, 0.2 M calcium chloride; cryo: 15% v/v PEG 400 added	分辨率 2.85 Å R-free 0.274
5HLZ Structure of Pro-Activin A Complex at 2.85 A resolution 提交 2016-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 30–305（276 aa）片段：Pro domain, UNP Residues 30-305 链 F 311–426（116 aa）片段：Mature domain, UNP Residues 311-426 链 G 30–305（276 aa）片段：Pro domain, UNP Residues 30-305 链 H 311–426（116 aa）片段：Mature domain, UNP Residues 311-426	突变：;C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP) ; 突变：;C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site (RRRRR) replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP),C35S, C38S, deletion of K259-D282, furin cleavage site replaced by HRV 3C protease cleavage site (LEVLFQGP) ;	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；20% w/v polyethylene glycol 3350, 0.2 M calcium chloride; cryo: 15% v/v PEG 400 added	分辨率 2.85 Å R-free 0.274
6Y6N Structure of mature activin A with small molecule 2 提交 2020-02-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–426（116 aa）链 B 311–426（116 aa）	未记录	ODQ (3~{R})-3,4-dimethyl-3-propyl-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；1.65 M (NH4)2SO4, 4 % PEG 300, 100 mM Hepes pH 7.4, 2 % DMSO	分辨率 2.03 Å R-free 0.251
6Y6O Structure of mature activin A with small molecule 42 提交 2020-02-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 311–426（116 aa）链 B 311–426（116 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 OCK (3~{R})-4-ethyl-3-methyl-3-propyl-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；1.65 M (NH4)2SO4, 4 % PEG 300, 100 mM Hepes pH 7.4, 2 % DMSO	分辨率 2.04 Å R-free 0.254
7OLY Structure of activin A in complex with an ActRIIB-Alk4 fusion reveal insight into activin receptor interactions 提交 2021-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 311–426（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；17.7 mg/ml complex in 20 mM HEPES, 200 mM NaCl pH 7.5. 100 + 100 nl sitting drop in a MRC 3-well plate with reservoir 0.1 M Na cacodylate pH 6.5 and 17 % (w/v) PEG 4000).	分辨率 3.27 Å R-free 0.269
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 311–426（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000	分辨率 3.14 Å R-free 0.276
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 311–426（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000	分辨率 3.14 Å R-free 0.276
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 311–426（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000	分辨率 3.14 Å R-free 0.276
7U5P CRYSTAL STRUCTURE OF THE ACTIVIN RECEPTOR TYPE-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-A 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 311–426（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294 K；100mM Sodium Citrate, 17%PEG 3000	分辨率 3.14 Å R-free 0.276
9I5W Structure of mature Activin A from DMSO solvent optimisation of XChem fragment screen 提交 2025-01-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–426（116 aa）链 B 311–426（116 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；294 K；1.55 M (NH4)2SO4, 100 mM Hepes pH 7.4, 8 % DMSO, 40 mM NaSO4	分辨率 1.77 Å R-free 0.235

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INHBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 311–426 作者链 D； PDB构建体 1–116； UniProt 311–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1s4y
沉积日期 deposition_date	2004-01-19
结构标题 title	Crystal structure of the activin/actrIIb extracellular domain
关键词 keywords	structural genomics, JCSG, transferase, PSI, Protein Structure Initiative, Joint Center for Structural Genomics; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.65 Å
零角强度 I(0) i0	37807100.00
分子量 molecular_weight	44470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54165 Å³
包络体积 envelope_volume	74564 Å³
水化壳体积 shell_volume	24828 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.13 Å
包络 Rg envelope_rg	25.13 Å
形状 Rg shape_rg	25.71 Å
总 Rg total_rg	26.17 Å
总原子数 total_atoms	3102
残基数 n_residues	393
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7027
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4567000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.966

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Activin receptor type IIB precursor
分子量 formula_weight	11573.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3279

EAETRECIYYNANWELERTNQSGLERCEGEQDKRLHCYASWRNSSGTIELVKKGCWLDDFNCYDRQECVATEENPQVYFCCCEGNFCNERFTHLPEPG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Inhibin beta A chain
分子量 formula_weight	12991.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GLECDGKVNICCKKQFFVSFKDIGWNDWIIAPSGYHANYCEGECPSHIAGTSGSSLSFHSTVINHYRMRGHSPFANLKSCCVPTKLRPMSMLYYDDGQNIIKKDIQNMIVEECGCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1s4ya_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d1s4yb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d1s4yc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d1s4yd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1s4yA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	1s4yB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	1s4yC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	1s4yD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.290 Å
晶胞边长 b length_b	120.627 Å
晶胞边长 c length_c	43.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	70.710 Å
R 因子 r_factor	0.2102
R_work r_work	0.2061
R_free r_free	0.2862

fit	/app/data/saxs_computation/s4/1s4y/1s4y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s4/1s4y/1s4y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s4/1s4y/1s4y.dat

Crystal structure of the activin/actrIIb extracellular domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activin receptor type IIB precursor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inhibin beta A chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)