1sbn

REFINED CRYSTAL STRUCTURES OF SUBTILISIN NOVO IN COMPLEX WITH WILD-TYPE AND TWO MUTANT EGLINS. COMPARISON WITH OTHER SERINE PROTEINASE INHIBITOR COMPLEXES

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;SUBTILISIN NOVO BPN' ;

Bacillus subtilis

UniProt P00782

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 108–382 未记录 EGLIN C × 1 (P01051) CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 62 个其他 PDB 条目、82 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUBT_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–275; UniProt 108–382

EGLIN C

Hirudo medicinalis

UniProt P01051

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–70 未记录 ;SUBTILISIN NOVO BPN' ; × 1 (P00782) CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ICIC_HIRME
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–70; UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1sbn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1sbn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1sbn
沉积日期 deposition_date1991-12-20
结构标题 titleREFINED CRYSTAL STRUCTURES OF SUBTILISIN NOVO IN COMPLEX WITH WILD-TYPE AND TWO MUTANT EGLINS. COMPARISON WITH OTHER SERINE PROTEINASE INHIBITOR COMPLEXES
关键词 keywordsCOMPLEX(PROTEINASE-INHIBITOR), COMPLEX(PROTEINASE-INHIBITOR) complex; COMPLEX(PROTEINASE/INHIBITOR)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.11
零角强度 I(0) i021665200.00
分子量 molecular_weight34983.0 kDa
排除体积 excluded_volume43505 ų
包络体积 envelope_volume47883 ų
水化壳体积 shell_volume20908 ų
包络直径 envelope_diameter67.8
壳层 Rg shell_rg25.79
包络 Rg envelope_rg19.35
形状 Rg shape_rg19.13
总 Rg total_rg19.91
总原子数 total_atoms2465
残基数 n_residues338
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.3
Rg (实空间) rg_real19.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real2.1670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21670000.0000
解质量估计 total_estimate0.7883
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.6
偏度 Skewness skewness0.316
峰度 Kurtosis kurtosis-0.125
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7478000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.749; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1sbne_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family familyc.41.1.1 — Subtilases
结构域编号 domain_idd1sbni_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamilyd.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family familyd.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1sbnE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Peptidase S8/S53 domain
结构域编号 domain_id1sbnI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)