SAXSdb — 1tfx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSIN

Sus scrofa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR × 1 （P10646） CALCIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR × 1 （P10646） CALCIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRYP_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–223； UniProt 9–231 作者链 B； PDB构建体 1–223； UniProt 9–231

TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR

Homo sapiens

UniProt P10646

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TRYPSIN × 1 （P00761） CALCIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	TRYPSIN × 1 （P00761） CALCIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFPI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–58； UniProt 121–178 作者链 D； PDB构建体 1–58； UniProt 121–178

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tfx
沉积日期 deposition_date	1997-01-21
结构标题 title	COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN
关键词 keywords	COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR), HYDROLASE, INHIBITOR, BLOOD COAGULATION, COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) complex; COMPLEX (SERINE PROTEASE/INHIBITOR)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tfx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tfx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.65 Å
Rg（电子密度）	18.73 Å
总 Rg	19.61 Å
原子数	2120
残基数	281
排除体积	37390 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tfx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1tfx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRYPSIN
分子量 formula_weight	23493.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4383

IVGGYTCAANSIPYQVSLNSGSHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSRIQVRLGEHNIDVLEGNEQFINAAKIITHPNFNGNTLDNDIMLIKLSSPATLNSRVATVSLPRSCAAAGTECLISGWGNTKSSGSSYPSLLQCLKAPVLSDSSCKSSYPGQITGNMICVGFLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGQLQGIVSWGYGCAQKNKPGVYTKVCNYVNWIQQTIAAN

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR
分子量 formula_weight	6853.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

KPDFCFLEEDPGICRGYITRYFYNNQTKQCERFKYGGCLGNMNNFETLEECKNICEDG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1tfxa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1tfxb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1tfxc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

结构域编号 domain_id	d1tfxd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1tfxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tfxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tfxB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tfxB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1tfxC00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	1tfxD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

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7. 引用文献 (7)

The second Kunitz domain of human tissue factor pathway inhibitor: cloning, structure determination and interaction with factor Xa.

J.Mol.Biol. (1997)

PMID: 9199408 · DOI: 10.1006/jmbi.1997.1029 PRIMARY

;The Three-Dimensional Structure of Recombinant Leech-Derived Tryptase Inhibitor in Complex with Trypsin. Implications for the Structure of Human Mast Cell Tryptase and its Inhibition ;

J.Biol.Chem. (1997)

X-Ray Structure of Active Site-Inhibited Clotting Factor Xa. Implications for Drug Design and Substrate Recognition

J.Biol.Chem. (1996)

Structural Aspects of Factor Xa Inhibition

Curr.Pharm.Des. (1996)

The Ornithodorin-Thrombin Crystal Structure, a Key to the Tap Enigma?

Embo J. (1996)

;Crystal Structures of Factor Xa Specific Inhibitors in Complex with Trypsin: Structural Grounds for Inhibition of Factor Xa and Selectivity Against Thrombin ;

FEBS Lett. (1995)

Structure of Human Des(1-45) Factor Xa at 2.2 A Resolution

J.Mol.Biol. (1993)

晶胞边长 a length_a	41.900 Å
晶胞边长 b length_b	96.200 Å
晶胞边长 c length_c	137.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1620
R_work r_work	0.1620
R_free r_free	—

COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tfx__assembly_1__model_1

1tfx__assembly_1__model_1 | I(q)

1tfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (7)

COMPLEX OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR WITH PORCINE TRYPSIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TISSUE FACTOR PATHWAY INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tfx__assembly_1__model_1

1tfx__assembly_1__model_1 | I(q)

1tfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (7)