1to2

crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 M59K, in pH 9 cryosoak

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Subtilisin BPN' ;

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P00782

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 108–382 突变:C-terminal 6-His tag chymotrypsin inhibitor 2 × 1 (Q40059) CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;277 K;sodium citrate, isopropanol, PEG 4000, xylitol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.30 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 62 个其他 PDB 条目、82 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUBT_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–275; UniProt 108–382

chymotrypsin inhibitor 2

Hordeum vulgare subsp. vulgare

UniProt Q40059

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 22–84 突变:I45A; I59K ;Subtilisin BPN' ; × 1 (P00782) CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;277 K;sodium citrate, isopropanol, PEG 4000, xylitol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.30 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q40059_HORVU
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 2–64; UniProt 22–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1to2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1to2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1to2
沉积日期 deposition_date2004-06-11
结构标题 titlecrystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 M59K, in pH 9 cryosoak
关键词 keywordsserine protease, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.26
零角强度 I(0) i023456900.00
分子量 molecular_weight36547.0 kDa
排除体积 excluded_volume45558 ų
包络体积 envelope_volume50680 ų
水化壳体积 shell_volume21694 ų
包络直径 envelope_diameter70.5
壳层 Rg shell_rg26.11
包络 Rg envelope_rg19.68
形状 Rg shape_rg19.26
总 Rg total_rg20.14
总原子数 total_atoms2571
残基数 n_residues345
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.6
Rg (实空间) rg_real20.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real2.3460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23460000.0000
解质量估计 total_estimate0.8565
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.319
峰度 Kurtosis kurtosis-0.112
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8115000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.714; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1to2e1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family familyc.41.1.1 — Subtilases
结构域编号 domain_idd1to2e2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1to2i_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamilyd.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family familyd.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1to2E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 — Peptidase S8/S53 domain
结构域编号 domain_id1to2I00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)