1tqq

Structure of TolC in complex with hexamminecobalt

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 150.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein tolC

Escherichia coli

UniProt P02930

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–495 链 B; UniProt 25–495 链 C; UniProt 25–495 未记录 NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;291 K;0.6% detergent mixture of n-dodecyl-beta-D glucopyranoside, n-hexyl-beta-D glucopyranoside, n-heptyl-beta-D glucopyranoside and n-octyl-beta-D glucopyranoside, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, 7% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether, 10% polyethylene glycol 400, 10mM NaCl, 20mM MgCl2, 20mM Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.75 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOLC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–471; UniProt 25–495 作者链 B; PDB构建体 1–471; UniProt 25–495 作者链 C; PDB构建体 1–471; UniProt 25–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1tqq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1tqq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tqq
沉积日期 deposition_date2004-06-18
结构标题 titleStructure of TolC in complex with hexamminecobalt
关键词 keywordsBeta-barrel, alpha-barrel, transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.06
零角强度 I(0) i0330329000.00
分子量 molecular_weight140990.0 kDa
排除体积 excluded_volume174300 ų
包络体积 envelope_volume264330 ų
水化壳体积 shell_volume58150 ų
包络直径 envelope_diameter149.3
壳层 Rg shell_rg43.03
包络 Rg envelope_rg40.23
形状 Rg shape_rg41.06
总 Rg total_rg41.18
总原子数 total_atoms9922
残基数 n_residues1284
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.1
Rg (实空间) rg_real41.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.01
I(0) (实空间) i0_real3.3030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal330200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7816
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.5
偏度 Skewness skewness0.682
峰度 Kurtosis kurtosis0.104
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35210000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.470; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.782

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1tqqa_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.5 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
超家族 Superfamily superfamilyf.5.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
家族 Family familyf.5.1.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
结构域编号 domain_idd1tqqb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.5 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
超家族 Superfamily superfamilyf.5.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
家族 Family familyf.5.1.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
结构域编号 domain_idd1tqqc_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.5 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
超家族 Superfamily superfamilyf.5.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
家族 Family familyf.5.1.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1tqqA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1600 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
结构域编号 domain_id1tqqB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1600 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
结构域编号 domain_id1tqqC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1600 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)