1ttt

Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–405	未记录	TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.290
2	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–405	未记录	TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.290
3	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–405	未记录	TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TTT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B23 E. coli cysteinyl-tRNA and T. aquaticus elongation factor EF-TU:GTP ternary complex 提交 1998-12-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 P 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CYS CYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；2.1 M (NH4)2SO4, 30 MM TRIS, 5 MM MES, 10 MM MGCL2, 10 MM DTT, 1 MM GDPNP PH 6.7, 4 DEG. C, HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1EFT THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR EF-TU FROM THERMUS AQUATICUS IN THE GTP CONFORMATION 提交 1993-08-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1OB5 T. aquaticus elongation factor EF-Tu complexed with the antibiotic enacyloxin IIa, a GTP analog, and Phe-tRNA 提交 2003-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–405（405 aa）链 C 1–405（405 aa）链 E 1–405（405 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ENX ENACYLOXIN IIA × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；1.8M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE,20 MM TRIS-MES, PH 6.4	分辨率 3.10 Å R-free 0.294
1TUI INTACT ELONGATION FACTOR TU IN COMPLEX WITH GDP 提交 1996-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–405（405 aa）链 B 1–405（405 aa）链 C 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.300

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTU_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405 作者链 B； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405 作者链 C； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ttt
沉积日期 deposition_date	1995-11-16
结构标题 title	Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex
关键词 keywords	;PROTEIN SYNTHESIS, EF-TU, TRNA, RIBOSOME, 1EFT, 4TNA, PEPTIDE ELONGATION RIBONUCLEOPROTEIN, COMPLEX (ELONGATION FACTOR-TRNA), COMPLEX (ELONGATION FACTOR-TRNA) complex ;; COMPLEX (ELONGATION FACTOR/TRNA)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.92 Å
零角强度 I(0) i0	1050910000.00
分子量 molecular_weight	211250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	240820 Å³
包络体积 envelope_volume	338020 Å³
水化壳体积 shell_volume	67477 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.64 Å
包络 Rg envelope_rg	40.30 Å
形状 Rg shape_rg	41.97 Å
总 Rg total_rg	42.04 Å
总原子数 total_atoms	14523
残基数 n_residues	1401
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0510e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1051000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8327
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.060
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRANSFER RIBONUCLEIC ACID (YEAST, PHE)
分子量 formula_weight	24890.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E,F
原子数 atom_count	14573

GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)
分子量 formula_weight	44743.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

AKGEFIRTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAALTYVAAAENPNVEVKDYGDIDKAPEERARGITINTAHVEYETAKRHYSHVDCPGHADYIKNMITGAAQMDGAILVVSAADGPMPQTREHILLARQVGVPYIVVFMNKVDMVDDPELLDLVEMEVRDLLNQYEFPGDEVPVIRGSALLALEEMHKNPKTKRGENEWVDKIWELLDAIDEYIPTPVRDVDKPFLMPVEDVFTITGRGTVATGRIERGKVKVGDEVEIVGLAPETRKTVVTGVEMHRKTLQEGIAGDNVGLLLRGVSREEVERGQVLAKPGSITPHTKFEASVYILKKEEGGRHTGFFTGYRPQFYFRTTDVTGVVRLPQGVEMVMPGDNVTFTVELIKPVALEEGLRFAIREGGRTVGAGVVTKILE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHENYLALANINE
分子量 formula_weight	165.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1ttta1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d1ttta2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ttta3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1tttb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d1tttb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tttb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1tttc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d1tttc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tttc3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1tttA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tttA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tttA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tttB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tttB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tttB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tttC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tttC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tttC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	206.835 Å
晶胞边长 b length_b	122.354 Å
晶胞边长 c length_c	151.552 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	126.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2900

fit	/app/data/saxs_computation/tt/1ttt/1ttt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tt/1ttt/1ttt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tt/1ttt/1ttt.dat

Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OF ELONGATION FACTOR TU (EF-TU)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)