1tui

INTACT ELONGATION FACTOR TU IN COMPLEX WITH GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELONGATION FACTOR TU

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–405 链 B； UniProt 1–405 链 C； UniProt 1–405	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TUI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B23 E. coli cysteinyl-tRNA and T. aquaticus elongation factor EF-TU:GTP ternary complex 提交 1998-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 P 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CYS CYSTEINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；2.1 M (NH4)2SO4, 30 MM TRIS, 5 MM MES, 10 MM MGCL2, 10 MM DTT, 1 MM GDPNP PH 6.7, 4 DEG. C, HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1EFT THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR EF-TU FROM THERMUS AQUATICUS IN THE GTP CONFORMATION 提交 1993-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1OB5 T. aquaticus elongation factor EF-Tu complexed with the antibiotic enacyloxin IIa, a GTP analog, and Phe-tRNA 提交 2003-01-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–405（405 aa）链 C 1–405（405 aa）链 E 1–405（405 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ENX ENACYLOXIN IIA × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；1.8M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE,20 MM TRIS-MES, PH 6.4	分辨率 3.10 Å R-free 0.294
1TTT Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex 提交 1995-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1TTT Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex 提交 1995-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1TTT Phe-tRNA, elongation factoR EF-TU:GDPNP ternary complex 提交 1995-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.290

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTU_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405 作者链 B； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405 作者链 C； PDB构建体 1–405； UniProt 1–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tui
沉积日期 deposition_date	1996-05-23
结构标题 title	INTACT ELONGATION FACTOR TU IN COMPLEX WITH GDP
关键词 keywords	ELONGATION FACTOR, PROTEIN BIOSYNTHESIS, GTP-BINDING; ELONGATION FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.98 Å
零角强度 I(0) i0	269689000.00
分子量 molecular_weight	132700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165840 Å³
包络体积 envelope_volume	224360 Å³
水化壳体积 shell_volume	48184 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.47 Å
包络 Rg envelope_rg	38.58 Å
形状 Rg shape_rg	39.97 Å
总 Rg total_rg	40.28 Å
总原子数 total_atoms	9327
残基数 n_residues	1191
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	269700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8402
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.791
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ELONGATION FACTOR TU
分子量 formula_weight	44743.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9422

AKGEFIRTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAALTYVAAAENPNVEVKDYGDIDKAPEERARGITINTAHVEYETAKRHYSHVDCPGHADYIKNMITGAAQMDGAILVVSAADGPMPQTREHILLARQVGVPYIVVFMNKVDMVDDPELLDLVEMEVRDLLNQYEFPGDEVPVIRGSALLALEEMHKNPKTKRGENEWVDKIWELLDAIDEYIPTPVRDVDKPFLMPVEDVFTITGRGTVATGRIERGKVKVGDEVEIVGLAPETRKTVVTGVEMHRKTLQEGIAGDNVGLLLRGVSREEVERGQVLAKPGSITPHTKFEASVYILKKEEGGRHTGFFTGYRPQFYFRTTDVTGVVRLPQGVEMVMPGDNVTFTVELIKPVALEEGLRFAIREGGRTVGAGVVTKILE

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	95

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1tuia1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d1tuia2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tuia3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1tuib1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d1tuib2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tuib3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1tuic1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d1tuic2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1tuic3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1tuiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tuiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tuiA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tuiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tuiB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tuiB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tuiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tuiC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1tuiC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	175.900 Å
晶胞边长 b length_b	175.900 Å
晶胞边长 c length_c	223.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.3000

fit	/app/data/saxs_computation/tu/1tui/1tui.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tu/1tui/1tui.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tu/1tui/1tui.dat