1u8t

Crystal structure of CheY D13K Y106W alone and in complex with a FliM peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.5 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chemotaxis protein cheY

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–128	突变：D13K Y106W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Flagellar motor switch protein fliM × 1 （P06974）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；277 K；PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90	分辨率 1.50 Å R-free 0.273
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–128	突变：D13K Y106W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Flagellar motor switch protein fliM × 1 （P06974）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；277 K；PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90	分辨率 1.50 Å R-free 0.273
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–128	突变：D13K Y106W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；277 K；PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90	分辨率 1.50 Å R-free 0.273
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–128	突变：D13K Y106W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；277 K；PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90	分辨率 1.50 Å R-free 0.273
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–128 链 D； UniProt 1–128	突变：D13K Y106W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；277 K；PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90	分辨率 1.50 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U8T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A0O CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY 提交 1997-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER PH 5.5, 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE	分辨率 2.95 Å R-free 0.235
1A0O CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY 提交 1997-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER PH 5.5, 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE	分辨率 2.95 Å R-free 0.235
1A0O CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY 提交 1997-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER PH 5.5, 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE	分辨率 2.95 Å R-free 0.235
1A0O CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY 提交 1997-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER PH 5.5, 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE	分辨率 2.95 Å R-free 0.235
1AB5 STRUCTURE OF CHEY MUTANT F14N, V21T 提交 1997-02-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–128（125 aa）	突变：F14N, V21T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 2.6-3.0M IN TRIS-HCL BUFFER AT PH 7.2.	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1AB5 STRUCTURE OF CHEY MUTANT F14N, V21T 提交 1997-02-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–128（125 aa）	突变：F14N, V21T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 2.6-3.0M IN TRIS-HCL BUFFER AT PH 7.2.	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1AB6 STRUCTURE OF CHEY MUTANT F14N, V86T 提交 1997-02-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–128（125 aa）	突变：F14N, V86T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；293 K；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED WITH 3.0M AMMONIUM SULFATE, PH7.2 AT 20C., temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.280
1AB6 STRUCTURE OF CHEY MUTANT F14N, V86T 提交 1997-02-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–128（125 aa）	突变：F14N, V86T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；293 K；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED WITH 3.0M AMMONIUM SULFATE, PH7.2 AT 20C., temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.280
1BDJ COMPLEX STRUCTURE OF HPT DOMAIN AND CHEY 提交 1998-05-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.68 Å R-free 0.250
1C4W 1.9 A STRUCTURE OF A-THIOPHOSPHONATE MODIFIED CHEY D57C 提交 1999-09-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–129（128 aa）	突变：D57(CYQ) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；298 K；PEG 6000, SODIUM ACETATE, PIPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.84 Å
1CEY ASSIGNMENTS, SECONDARY STRUCTURE, GLOBAL FOLD, AND DYNAMICS OF CHEMOTAXIS Y PROTEIN USING THREE-AND FOUR-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR (13C,15N) NMR SPECTROSCOPY 提交 1994-11-23	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CHN MAGNESIUM BINDING TO THE BACTERIAL CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY RESULTS IN LARGE CONFORMATIONAL CHANGES INVOLVING ITS FUNCTIONAL SURFACE 提交 1994-04-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.76 Å
1CYE THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF CHEMOTACTIC CHE Y PROTEIN IN AQUEOUS SOLUTION BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE METHODS 提交 1994-10-21	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–128（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1D4Z CRYSTAL STRUCTURE OF CHEY-95IV, A HYPERACTIVE CHEY MUTANT 提交 1999-10-06	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	突变：I95V	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；278 K；AMMONIUM SULPHATE, PEG4000, SODIUM ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
1DJM SOLUTION STRUCTURE OF BEF3-ACTIVATED CHEY FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1999-12-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–129（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）16 mM BECL2, 100 mM NAF, 20 mM MGCL2；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）16 mM BECL2, 100 mM NAF, 20 mM MGCL2；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）16 mM BECL2, 100 mM NAF, 20 mM MGCL2；压力 AMBIENT NMR样品组成 4 MM CHEY U-15N, 13C, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7 NMR样品组成 3 MM U-15N, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7 NMR样品组成 3 MM U-10% 13C, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7 NMR样品组成 2 MM CHEY, 16 MM BECL2, 100 MM NAF, 20 MM MGCL2, PH 6.7	分辨率未提供
1EAY CHEY-BINDING (P2) DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM .63 M NAH2PO4/1.17 M K2HPO4, 10 MM NH4CL, PH 7.0	分辨率 2.00 Å
1EAY CHEY-BINDING (P2) DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-04-23	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–128（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM .63 M NAH2PO4/1.17 M K2HPO4, 10 MM NH4CL, PH 7.0	分辨率 2.00 Å
1EHC STRUCTURE OF SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CHEY 提交 1996-03-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	突变：D13K	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；pH 8.3	分辨率 2.26 Å
1F4V CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM 提交 2000-06-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.258
1F4V CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM 提交 2000-06-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–128（128 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.258
1F4V CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM 提交 2000-06-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–128（128 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.258
1FFG CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY AT 2.1 A RESOLUTION 提交 2000-07-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
1FFG CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY AT 2.1 A RESOLUTION 提交 2000-07-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
1FFS CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY FROM CRYSTALS SOAKED IN ACETYL PHOSPHATE 提交 2000-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–128（128 aa）片段：RESIDUES 124-257	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
1FFS CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY FROM CRYSTALS SOAKED IN ACETYL PHOSPHATE 提交 2000-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–128（128 aa）片段：RESIDUES 124-257	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；297 K；20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
1FQW CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY 提交 2000-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulfate, Tris buffer, MnCl2, glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.37 Å R-free 0.240
1FQW CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY 提交 2000-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–128（128 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulfate, Tris buffer, MnCl2, glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.37 Å R-free 0.240
1HEY INVESTIGATING THE STRUCTURAL DETERMINANTS OF THE P21-LIKE TRIPHOSPHATE AND MG2+ BINDING SITE 提交 1995-04-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.24 Å
1KMI CRYSTAL STRUCTURE OF AN E.COLI CHEMOTAXIS PROTEIN, CHEZ 提交 2001-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Y 0–128（129 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 BCN BICINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；isopropanol, ammonium acetate, bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.298
1MIH A ROLE FOR CHEY GLU 89 IN CHEZ-MEDIATED DEPHOSPHORYLATION OF THE E. COLI CHEMOTAXIS RESPONSE REGULATOR CHEY 提交 2002-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 0–128（129 aa）	突变：N59R	MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；1.8 M Ammonium sulfate, 1 mM MnCl2, 10 mM NaF, 1 mM BeCl2, 5% glycerol, 10 mg/ml CheY N59R, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
1MIH A ROLE FOR CHEY GLU 89 IN CHEZ-MEDIATED DEPHOSPHORYLATION OF THE E. COLI CHEMOTAXIS RESPONSE REGULATOR CHEY 提交 2002-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 0–128（129 aa）	突变：N59R	MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；1.8 M Ammonium sulfate, 1 mM MnCl2, 10 mM NaF, 1 mM BeCl2, 5% glycerol, 10 mg/ml CheY N59R, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
1UDR CHEY MUTANT WITH LYS 91 REPLACED BY ASP, LYS 92 REPLACED BY ALA, ILE 96 REPLACED BY LYS AND ALA 98 REPLACED BY LEU (STABILIZING MUTATIONS IN HELIX 4) 提交 1996-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–128（127 aa）链 B 2–128（127 aa）链 C 2–128（127 aa）链 D 2–128（127 aa）	突变：K91D, K92A, I96K, A98L 突变：K91D, K92A, I96K, A98L 突变：K91D, K92A, I96K, A98L 突变：K91D, K92A, I96K, A98L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1VLZ UNCOUPLED PHOSPHORYLATION AND ACTIVATION IN BACTERIAL CHEMOTAXIS: THE 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF A THREONINE TO ISOLEUCINE MUTANT AT POSITION 87 OF CHEY 提交 1995-04-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–128（128 aa）链 B 1–128（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.05 Å
1YMU SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CHEY MUTANT WITH MET 17 REPLACED BY GLY (M17G) 提交 1995-12-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–128（127 aa）链 B 2–128（127 aa）	突变：INS(M0), M1R, A2S, M17G 突变：INS(M0), M1R, A2S, M17G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2	分辨率 2.30 Å
1YMV SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CHEY MUTANT WITH PHE 14 REPLACED BY GLY, SER 15 REPLACED BY GLY, AND MET 17 REPLACED BY GLY 提交 1995-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–128（127 aa）	突变：INS(M0), M1R, A2S, F14G, S15G, M17G	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 1.90 Å
1ZDM Crystal Structure of Activated CheY Bound to Xe 提交 2005-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 0–128（129 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 XE XENON × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 5-10% glycerol, 100 mM Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1ZDM Crystal Structure of Activated CheY Bound to Xe 提交 2005-04-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 0–128（129 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MN MANGANESE (II) ION × 1 XE XENON × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 5-10% glycerol, 100 mM Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3CHY CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI CHEY REFINED AT 1.7-ANGSTROM RESOLUTION 提交 1991-04-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.66 Å
5CHY STRUCTURE OF CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY 提交 1996-08-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	突变：Y106W	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；28% PEG 8000, 0.12 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.0	分辨率 2.00 Å
6CHY STRUCTURE OF CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY 提交 1996-08-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）	突变：T87I, Y106W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18% PEG 3350 AND 0.2 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.33 Å
6CHY STRUCTURE OF CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY 提交 1996-08-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–128（128 aa）	突变：T87I, Y106W	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18% PEG 3350 AND 0.2 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.33 Å
6CHY STRUCTURE OF CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY 提交 1996-08-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–128（128 aa）	突变：T87I, Y106W	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18% PEG 3350 AND 0.2 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.33 Å

共 27 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHEY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 C； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 D； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128

Flagellar motor switch protein fliM

物种未注明

UniProt P06974

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–16	未记录	Chemotaxis protein cheY × 1 （P06143）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；277 K；PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90	分辨率 1.50 Å R-free 0.273
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–16	未记录	Chemotaxis protein cheY × 1 （P06143）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.9；277 K；PEG 3350, ammonium sulfate, Tris, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K, pH 7.90	分辨率 1.50 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1U8T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F4V CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM 提交 2000-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–16（16 aa）片段：N-TERMINUS	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.258
1F4V CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM 提交 2000-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–16（16 aa）片段：N-TERMINUS	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.258
1F4V CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED CHEY BOUND TO THE N-TERMINUS OF FLIM 提交 2000-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–16（16 aa）片段：N-TERMINUS	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.258
2B1J Crystal Structure of Unphosphorylated CheY Bound to the N-Terminus of FliM 提交 2005-09-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–16（16 aa）片段：N-Terminus	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, magnesium chloride, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.240
2B1J Crystal Structure of Unphosphorylated CheY Bound to the N-Terminus of FliM 提交 2005-09-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–16（16 aa）片段：N-Terminus	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, magnesium chloride, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.240

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLIM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–16； UniProt 1–16 作者链 F； PDB构建体 1–16； UniProt 1–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u8t
沉积日期 deposition_date	2004-08-06
结构标题 title	Crystal structure of CheY D13K Y106W alone and in complex with a FliM peptide
关键词 keywords	CHEY, FLIM, (beta/alpha)5, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.19 Å
零角强度 I(0) i0	60280100.00
分子量 molecular_weight	59931.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74556 Å³
包络体积 envelope_volume	88596 Å³
水化壳体积 shell_volume	30083 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.84 Å
包络 Rg envelope_rg	24.13 Å
形状 Rg shape_rg	24.22 Å
总 Rg total_rg	24.94 Å
总原子数 total_atoms	4116
残基数 n_residues	512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9079
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.077
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.591
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chemotaxis protein cheY
分子量 formula_weight	14299.6 kDa
突变 mutation	D13K Y106W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4704

ADKELKFLVVDKFSTMRRIVRNLLKELGFNNVEEAEDGVDALNKLQAGGYGFVISDWNMPNMDGLELLKTIRADGAMSALPVLMVTAEAKKENIIAAAQAGASGWVVKPFTAATLEEKLNKIFEKLGM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Flagellar motor switch protein fliM
分子量 formula_weight	1689.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MGDSILSQAEIDALLN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	568

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1u8ta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

结构域编号 domain_id	d1u8tb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

结构域编号 domain_id	d1u8tc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

结构域编号 domain_id	d1u8td_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1u8tA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1u8tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1u8tC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1u8tD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.280 Å
晶胞边长 b length_b	53.480 Å
晶胞边长 c length_c	54.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	60.36 °
晶胞夹角 β angle_beta	60.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	60.57 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	13.600 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/u8/1u8t/1u8t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u8/1u8t/1u8t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u8/1u8t/1u8t.dat

Crystal structure of CheY D13K Y106W alone and in complex with a FliM peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chemotaxis protein cheY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Flagellar motor switch protein fliM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)