1vgc

GAMMA-CHYMOTRYPSIN L-PARA-CHLORO-1-ACETAMIDO BORONIC ACID INHIBITOR COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 55.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GAMMA CHYMOTRYPSIN

物种未注明

UniProt P00766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–13 链 B; UniProt 16–146 链 C; UniProt 149–245 未记录 SO4 SULFATE ION × 2 V36 L-1-(4-CHLOROPHENYL)-2-(ACETAMIDO)ETHANE BORONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:in scintillation vials;pH 6.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN SCINTILLATION VIALS IN 65% AMMONIUM SULFATE, 100 MM CACODYLATE, PH 6.5, in scintillation vials 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–13 链 B; UniProt 16–146 链 C; UniProt 149–245 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 V36 L-1-(4-CHLOROPHENYL)-2-(ACETAMIDO)ETHANE BORONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:in scintillation vials;pH 6.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN SCINTILLATION VIALS IN 65% AMMONIUM SULFATE, 100 MM CACODYLATE, PH 6.5, in scintillation vials 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–13 链 B; UniProt 16–146 链 C; UniProt 149–245 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 V36 L-1-(4-CHLOROPHENYL)-2-(ACETAMIDO)ETHANE BORONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:in scintillation vials;pH 6.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN SCINTILLATION VIALS IN 65% AMMONIUM SULFATE, 100 MM CACODYLATE, PH 6.5, in scintillation vials 分辨率 1.90 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 91 个其他 PDB 条目、175 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTRA_BOVIN
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–13; UniProt 1–13 作者链 B; PDB构建体 1–131; UniProt 16–146 作者链 C; PDB构建体 1–97; UniProt 149–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1vgc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1vgc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1vgc
沉积日期 deposition_date1997-05-01
结构标题 titleGAMMA-CHYMOTRYPSIN L-PARA-CHLORO-1-ACETAMIDO BORONIC ACID INHIBITOR COMPLEX
关键词 keywordsHYDROLASE, SERINE PROTEASE; SERINE PROTEASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.28
零角强度 I(0) i011833100.00
分子量 molecular_weight25221.0 kDa
排除体积 excluded_volume31384 ų
包络体积 envelope_volume34948 ų
水化壳体积 shell_volume17489 ų
包络直径 envelope_diameter53.4
壳层 Rg shell_rg22.93
包络 Rg envelope_rg16.58
形状 Rg shape_rg16.25
总 Rg total_rg17.40
总原子数 total_atoms1763
残基数 n_residues236
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.0
Rg (实空间) rg_real17.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real1.1830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11830000.0000
解质量估计 total_estimate0.8893
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.8
偏度 Skewness skewness0.071
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3432000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1vgc.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1vgcB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1vgcC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)