SAXSdb — 1yml

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M-phase inducer phosphatase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 391–564	片段：catalytic domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；DTT,Tris, Ammonium Sulfate, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YML	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CWR HUMAN CDC25B CATALYTIC DOMAIN WITHOUT ION IN CATALYTIC SITE 提交 1999-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 356–566（211 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ ML IN 50 MM TRISHCL, 1% BME AT PH 9.0) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (1.8 (NH4)2SO4, 0.5 M NACL, 0.1 M TRISHCL, 0.25 BME) AT 4 DEG. C	分辨率 2.10 Å
1CWS HUMAN CDC25B CATALYTIC DOMAIN WITH TUNGSTATE 提交 1999-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 329–539（211 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	WO4 TUNGSTATE(VI)ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ ML IN 50 MM TRISHCL, WO4=,1% BME AT PH 9.0) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (1.8 (NH4)2SO4, 0.5 M NACL, 0.1 M TRISHCL, 0.25 BME) AT 4 DEG. C	分辨率 2.00 Å
1CWT HUMAN CDC25B CATALYTIC DOMAIN WITH METHYL MERCURY 提交 1999-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 347–524（178 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 MMC METHYL MERCURY ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ ML IN 50 MM TRISHCL, CH(3)HGCL,1% BME AT PH 9.0) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (1.8 (NH4)2SO4, 0.5 M NACL, 0.1 M TRISHCL, 0.25 BME) AT 4 DEG. C	分辨率 2.30 Å
1QB0 HUMAN CDC25B CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 356–566（211 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ML IN 50 MM TRISHCL, 1% BME AT PH 9.0) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (1.8 (NH4)2SO4, 0.5 M NACL, 0.1 M TRISHCL, 0.25 BME) AT 4 DEG. C, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K	分辨率 1.91 Å
1YM9 Crystal structure of the CDC25B phosphatase catalytic domain with the active site cysteine in the sulfinic form 提交 2005-01-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）片段：catalytic domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；DTT, Tris, Ammonium Sulfate, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
1YMD Crystal Structure of the CDC25B phosphatase catalytic domain with the active site cysteine in the sulfonic form 提交 2005-01-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）片段：catalytic domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；DTT, Tris, Ammonium Sulfate, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.209
1YMK Crystal Structure of the CDC25B phosphatase catalytic domain in the apo form 提交 2005-01-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）片段：catalytic domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；DTT,Tris, Ammonium Sulfate, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.196
1YS0 Crystal Structure of the CDC25B phosphatase catalytic domain with the active site cysteine in the disulfide form 提交 2005-02-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）片段：catalytic domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；DTT, Tris, Ammonium Sulfate, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2A2K Crystal Structure of an active site mutant, C473S, of Cdc25B Phosphatase Catalytic Domain 提交 2005-06-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 377–550（174 aa）片段：Catalytic Domain	突变：C473S	CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；DTT, Ammonium Sulfate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.52 Å R-free 0.191
2IFD Crystal structure of a remote binding site mutant, R492L, of CDC25B Phosphatase catalytic domain 提交 2006-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, residues 391-564	突变：R492L	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；DTT, AMMONIUM SULFATE, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
2IFV Crystal structure of an active site mutant, C473D, of CDC25B phosphatase catalytic domain 提交 2006-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）片段：Catalytic domain, residues 391-564	突变：C473D	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；DTT, AMMONIUM SULFATE, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.192
2UZQ Protein Phosphatase, New Crystal Form 提交 2007-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 377–566（190 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566 链 B 377–566（190 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, HEPES PH 7.0, GUANIDINIUM CHLORIDE	分辨率 2.38 Å R-free 0.249
2UZQ Protein Phosphatase, New Crystal Form 提交 2007-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 377–566（190 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566 链 D 377–566（190 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, HEPES PH 7.0, GUANIDINIUM CHLORIDE	分辨率 2.38 Å R-free 0.249
2UZQ Protein Phosphatase, New Crystal Form 提交 2007-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 377–566（190 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566 链 F 377–566（190 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 377-566	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PEG 8000, HEPES PH 7.0, GUANIDINIUM CHLORIDE	分辨率 2.38 Å R-free 0.249
4WH7 Structure of the CDC25B Phosphatase Catalytic Domain with Bound Ligand 提交 2014-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 386–565（180 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 386-565)	突变：C473S	SO4 SULFATE ION × 6 8H8 2-fluoro-4-hydroxybenzonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；(NH4)2SO4, Tris, TCEP	分辨率 1.62 Å R-free 0.198
4WH9 Structure of the CDC25B Phosphatase Catalytic Domain with Bound Inhibitor 提交 2014-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 386–565（180 aa）片段：catalytic domain (UNP residues 386-565)	突变：C473S	3M8 2-[(2-cyano-3-fluoro-5-hydroxyphenyl)sulfanyl]ethanesulfonic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；(NH4)2SO4, Tris, TCEP	分辨率 1.50 Å R-free 0.152
9T09 X-ray structure of the catalytic domain of CDC25B C473S at 1.34 angstrom resolution 提交 2025-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）	突变：C473S	SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2.0 M ammonium sulphate, 0.5 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, and 0.5 mM TCEP	分辨率 1.34 Å R-free 0.175
9T0A X-ray structure of the complex between the catalytic domain of CDC25B C473S and 3-O-methylfluorescein phosphate (3-OMFP) 提交 2025-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–564（174 aa）	突变：C473S	A1JSQ [(1~{R})-6'-methoxy-3-oxidanylidene-spiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-3'-yl] dihydrogen phosphate × 1 A1JSP [(1~{S})-6'-methoxy-3-oxidanylidene-spiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-3'-yl] dihydrogen phosphate × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；3.8 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 1.2% v/v 2-propanol	分辨率 2.04 Å R-free 0.214

共 16 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPIP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–175； UniProt 391–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yml
沉积日期 deposition_date	2005-01-21
结构标题 title	Crystal Structure of the CDC25B phosphatase catalytic domain with the active site cysteine in the sulfenic form
关键词 keywords	sulfenic Cysteine, HYDROLASE, CELL CYCLE; HYDROLASE, CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.02 Å
零角强度 I(0) i0	7350110.00
分子量 molecular_weight	20287.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25572 Å³
包络体积 envelope_volume	28968 Å³
水化壳体积 shell_volume	15241 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.3 Å
壳层 Rg shell_rg	21.92 Å
包络 Rg envelope_rg	16.30 Å
形状 Rg shape_rg	16.03 Å
总 Rg total_rg	17.03 Å
总原子数 total_atoms	1429
残基数 n_residues	170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3500e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1560e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7350000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8912
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2085000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	M-phase inducer phosphatase 2
分子量 formula_weight	20697.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1601

MELIGDYSKAFLLQTVDGKHQDLKYISPETMVALLTGKFSNIVDKFVIVDCRYPYEYEGGHIKTAVNLPLERDAESFLLKSPIAPCSLDKRVILIFHCEFSSERGPRMCRFIRERDRAVNDYPSLYYPEMYILKGGYKEFFPQHPNFCEPQDYRPMNHEAFKDELKTFRLKTRSW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	172

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ymla2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.46 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
超家族 Superfamily superfamily	c.46.1 — Rhodanese/Cell cycle control phosphatase
家族 Family family	c.46.1.1 — Cell cycle control phosphatase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ymla3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ymlA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Oxidized Rhodanese; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodanese-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.867 Å
晶胞边长 b length_b	71.081 Å
晶胞边长 c length_c	74.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	35.780 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2080

fit	/app/data/saxs_computation/ym/1yml/1yml.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ym/1yml/1yml.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ym/1yml/1yml.dat

Crystal Structure of the CDC25B phosphatase catalytic domain with the active site cysteine in the sulfenic form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M-phase inducer phosphatase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction