SAXSdb — 1z1z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor tail protein U

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–131	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1 NMR样品组成：0.9 mM gpU, U-15N,13C, 10 mM Tris-d11, pH 7.8, 50 mM potassium chloride, 0.02% sodium azide, 10% D2O, 90% H2O \| 10% D2O, 90% H2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Z1Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）链 L 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）链 L 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
8IYD Tail cap of phage lambda tail 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 G 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）链 Q 1–131（131 aa）链 U 1–131（131 aa）链 W 1–131（131 aa）链 u 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8XOW Mature virion portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.32 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VMTU_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z1z
沉积日期 deposition_date	2005-03-07
结构标题 title	NMR structure of the gpu tail protein from lambda bacteriophage
关键词 keywords	mixed alpha-beta, tail protein, bacteriophage, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.64 Å
零角强度 I(0) i0	4132300.00
分子量 molecular_weight	14350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17837 Å³
包络体积 envelope_volume	20784 Å³
水化壳体积 shell_volume	12313 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.8 Å
壳层 Rg shell_rg	20.13 Å
包络 Rg envelope_rg	14.92 Å
形状 Rg shape_rg	14.65 Å
总 Rg total_rg	15.71 Å
总原子数 total_atoms	1956
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.7 Å
Rg (实空间) rg_real	15.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1320e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4740e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4132000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8827
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.304
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	789800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1z1za1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1z1zA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

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8. 引用文献 (2)

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描述 description	Minor tail protein U
分子量 formula_weight	14659.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1956

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/z1/1z1z/1z1z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z1/1z1z/1z1z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z1/1z1z/1z1z.dat

NMR structure of the gpu tail protein from lambda bacteriophage

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor tail protein U

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)