1zgk

1.35 angstrom structure of the Kelch domain of Keap1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kelch-like ECH-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt Q14145

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 321–609 片段:KELCH domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;4% PEG 4000, 100 MM NA HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.35 Å R-free 0.133

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、194 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KEAP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 20–308; UniProt 321–609

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zgk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zgk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zgk
沉积日期 deposition_date2005-04-21
结构标题 title1.35 angstrom structure of the Kelch domain of Keap1
关键词 keywordsBETA-PROPELLER, KELCH REPEAT MOTIF, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.47
零角强度 I(0) i018980200.00
分子量 molecular_weight31207.0 kDa
排除体积 excluded_volume38069 ų
包络体积 envelope_volume42619 ų
水化壳体积 shell_volume19684 ų
包络直径 envelope_diameter56.7
壳层 Rg shell_rg24.49
包络 Rg envelope_rg17.69
形状 Rg shape_rg17.48
总 Rg total_rg18.37
总原子数 total_atoms2170
残基数 n_residues281
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.0
Rg (实空间) rg_real18.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23
I(0) (实空间) i0_real1.8980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18980000.0000
解质量估计 total_estimate0.9008
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.2
偏度 Skewness skewness0.016
峰度 Kurtosis kurtosis-0.530
角度范围 angular_range— – 0.4250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4842000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.976

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1zgka1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.68.11 — Kelch motif
家族 Family familyb.68.11.1 — Kelch motif

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1zgkA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Kelch-type beta propeller

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)