1zot

crystal structure analysis of the CyaA/C-Cam with PMEAPP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CyaA with C-terminal Calmodulin

Bordetella pertussis

UniProt P15318

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–364 片段:adenylyl cyclase toxin of Bordetella pertussis Calmodulin × 1 (P62158) MG MAGNESIUM ION × 3 EMA (ADENIN-9-YL-ETHOXYMETHYL)-HYDROXYPHOSPHINYL-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG4000, Na Citrate, Propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277KK 分辨率 2.20 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYAA_BORPE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–358; UniProt 7–364

Calmodulin

Homo sapiens

UniProt P62158

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 83–151 片段:C terminal calmodulin CyaA with C-terminal Calmodulin × 1 (P15318) MG MAGNESIUM ION × 3 EMA (ADENIN-9-YL-ETHOXYMETHYL)-HYDROXYPHOSPHINYL-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG4000, Na Citrate, Propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277KK 分辨率 2.20 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 105 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–69; UniProt 83–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zot

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zot
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zot
沉积日期 deposition_date2005-05-13
结构标题 titlecrystal structure analysis of the CyaA/C-Cam with PMEAPP
关键词 keywordsCyaA, adenylyl cyclase toxin, PMEapp, ATP, Calmodulin-binding, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.00
零角强度 I(0) i040546900.00
分子量 molecular_weight46524.0 kDa
排除体积 excluded_volume57049 ų
包络体积 envelope_volume70411 ų
水化壳体积 shell_volume24521 ų
包络直径 envelope_diameter98.3
壳层 Rg shell_rg31.11
包络 Rg envelope_rg26.22
形状 Rg shape_rg26.00
总 Rg total_rg26.52
总原子数 total_atoms3266
残基数 n_residues420
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.1
Rg (实空间) rg_real26.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real4.0550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40540000.0000
解质量估计 total_estimate0.6062
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.1
偏度 Skewness skewness0.643
峰度 Kurtosis kurtosis-0.032
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12720000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.610; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.668; Smooth: 0.941

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1zotb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1zotA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1720
结构域编号 domain_id1zotA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain
结构域编号 domain_id1zotA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920
结构域编号 domain_id1zotB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)