SAXSdb — 2col

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2col
沉积日期 deposition_date	2005-05-18
结构标题 title	Crystal structure analysis of CyaA/C-Cam with Pyrophosphate
关键词 keywords	LYASE, Calcium binding, LYASE-METAL BINDING PROTEIN COMPLEX; LYASE/METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.01 Å
零角强度 I(0) i0	39198900.00
分子量 molecular_weight	45943.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56433 Å³
包络体积 envelope_volume	70120 Å³
水化壳体积 shell_volume	24418 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.08 Å
包络 Rg envelope_rg	26.30 Å
形状 Rg shape_rg	26.02 Å
总 Rg total_rg	26.55 Å
总原子数 total_atoms	3227
残基数 n_residues	416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8095
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.640
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.039
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.628; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.683; Smooth: 0.952

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional hemolysin-adenylate cyclase
分子量 formula_weight	38562.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3345

AGYANAADRESGIPAAVLDGIKAVAKEKNATLMFRLVNPHSTSLIAEGVATKGLGVHAKSSDWGLQAGYIPVNPNLSKLFGRAPEVIARADNDVNSSLAHGHTAVDLTLSKERLDYLRQAGLVTGMADGVVASNHAGYEQFEFRVKETSDGRYAVQYRRKGGDDFEAVKVIGNAAGIPLTADIDMFAIMPHLSNFRDSARSSVTSGDSVTDYLARTRRAASEATGGLDRERIDLLWKIARAGARSAVGTEARRQFRYDGDMNIGVITDFELEVRNALNRRAHAVGAQDVVQHGTEQNNPFPEADEKIFVVSATGESQMLTRGQLKEYIGQQRGEGYVFYENRAYGVAGKSLFDDGL

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Calmodulin
分子量 formula_weight	7739.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMM

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	118

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2colb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2colA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1720 —

结构域编号 domain_id	2colA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain

结构域编号 domain_id	2colA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 —

结构域编号 domain_id	2colB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.613 Å
晶胞边长 b length_b	79.613 Å
晶胞边长 c length_c	139.465 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2400
R_free r_free	0.2930

fit	/app/data/saxs_computation/co/2col/2col.fit
pddf	/app/data/pr_computation/co/2col/2col.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/co/2col/2col.dat

Crystal structure analysis of CyaA/C-Cam with Pyrophosphate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)