2arp

Activin A in complex with Fs12 fragment of follistatin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inhibin beta A chain

Homo sapiens

UniProt P08476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 311–426 未记录 Follistatin × 2 (P21674) NI NICKEL (II) ION × 6 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;PEG-MME 2000, Nickel chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INHBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–116; UniProt 311–426

Follistatin

Rattus norvegicus

UniProt P21674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 93–241 片段:Fs1-Fs2 Inhibin beta A chain × 2 (P08476) NI NICKEL (II) ION × 6 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;PEG-MME 2000, Nickel chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FST_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 4–152; UniProt 93–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2arp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2arp
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2arp
沉积日期 deposition_date2005-08-21
结构标题 titleActivin A in complex with Fs12 fragment of follistatin
关键词 keywordscystine knot, disulfide rich, egf domain, kazal domain, protein complex, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.27
零角强度 I(0) i016994000.00
分子量 molecular_weight28920.0 kDa
排除体积 excluded_volume35317 ų
包络体积 envelope_volume48531 ų
水化壳体积 shell_volume18727 ų
包络直径 envelope_diameter87.2
壳层 Rg shell_rg28.57
包络 Rg envelope_rg23.70
形状 Rg shape_rg23.26
总 Rg total_rg24.02
总原子数 total_atoms1989
残基数 n_residues253
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.7
Rg (实空间) rg_real24.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real1.6990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16990000.0000
解质量估计 total_estimate0.8037
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.2
偏度 Skewness skewness0.394
峰度 Kurtosis kurtosis-0.435
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1166000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.840; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2arpa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2arpA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id2arpF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id2arpF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)