2arv

Structure of human Activin A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inhibin beta A chain

Homo sapiens

UniProt P08476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 311–426 链 B; UniProt 311–426 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;298 K;Ammonium sulphate, PEG300, Na-Hepes, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INHBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–116; UniProt 311–426 作者链 B; PDB构建体 1–116; UniProt 311–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2arv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2arv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2arv
沉积日期 deposition_date2005-08-22
结构标题 titleStructure of human Activin A
关键词 keywordshomodimer, cystine knot, disulfide linked, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.94
零角强度 I(0) i013590400.00
分子量 molecular_weight25954.0 kDa
排除体积 excluded_volume31793 ų
包络体积 envelope_volume39862 ų
水化壳体积 shell_volume17472 ų
包络直径 envelope_diameter71.1
壳层 Rg shell_rg25.33
包络 Rg envelope_rg20.19
形状 Rg shape_rg20.03
总 Rg total_rg20.49
总原子数 total_atoms1799
残基数 n_residues222
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.1
Rg (实空间) rg_real20.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real1.3590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8063
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.1
偏度 Skewness skewness0.394
峰度 Kurtosis kurtosis-0.195
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1756000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2arva_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta
结构域编号 domain_idd2arvb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2arvA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id2arvB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)