2b4c

Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 26–206	片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	envelope glycoprotein × 1 anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain × 1 anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 5 XYL Xylitol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；293 K；ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 3.30 Å R-free 0.349
2	其他组合异源复合物蛋白 × 16 其他聚合物 4 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 26–206	片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	envelope glycoprotein × 4 anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain × 4 anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain × 4 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 20 XYL Xylitol × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；293 K；ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 3.30 Å R-free 0.349

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2B4C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CDH STRUCTURES OF AN HIV AND MHC BINDING FRAGMENT FROM HUMAN CD4 AS REFINED IN TWO CRYSTAL LATTICES 提交 1994-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–203（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1CDI STRUCTURES OF AN HIV AND MHC BINDING FRAGMENT FROM HUMAN CD4 AS REFINED IN TWO CRYSTAL LATTICES 提交 1994-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–203（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1CDJ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 提交 1996-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–203（178 aa）片段：D1D2 FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1CDU STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 MUTANT WITH PHE 43 REPLACED BY VAL 提交 1996-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–203（178 aa）片段：D1D2 FRAGMENT	突变：F43V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1CDY STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 MUTANT WITH GLY 47 REPLACED BY SER 提交 1996-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–203（178 aa）片段：D1D2 FRAGMENT	突变：G47S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1G9M HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–210（185 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	突变：S184N, I185T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.330
1G9N HIV-1 YU2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–210（185 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	突变：S184N, I185T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (5 MG/ML IN 0.35 M NACL, 0.005 M TRIS CL PH 7.0) + 0.35 UL OF RESERVOIR (50 UL OF NA ACETATE pH 4.5 + 250 UL OF HAMPTON CRYSTAL SCREEN REAGENT 18 + 126 UL OF ETHANOL + 292 UL OF WATER), pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.295
1GC1 HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY 提交 1998-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–210（185 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	突变：S184N, I185T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, vapor diffusion	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1JL4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CD4 N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT COMPLEXED TO A CLASS II MHC MOLECULE 提交 2001-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 26–203（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；17% PEG 4,000/0.2M Li2SO4/0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 4.30 Å R-free 0.453
1Q68 Solution structure of T-cell surface glycoprotein CD4 and Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK fragments 提交 2003-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 421–458（38 aa）片段：residues 421-458	突变：M407L	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N,13C; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O NMR样品组成 1.0 mM CD4-Lck-Cd2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O	分辨率未提供
1RZJ HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–210（185 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	突变：S184N, I185T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.323
1RZK HIV-1 YU2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–210（185 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	突变：S184N, I185T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (5 MG/ML IN 0.35 M NACL, 0.005 M TRIS CL PH 7.0) + 0.35 UL OF RESERVOIR (50 UL OF NA ACETATE PH 4.5 + 250 UL OF HAMPTON CRYSTAL SCREEN REAGENT 18 + 126 UL OF ETHANOL + 292 UL OF WATER), pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.297
1WBR SOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN CD4 (403-419) RECEPTOR PEPTIDE, NMR, 32 STRUCTURES 提交 1996-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 428–444（17 aa）片段：403 - 419	突变：N-TERMINUS IS ACETYLATED, C-TERMINUS IS AMIDATED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K	分辨率未提供
1WIO STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–388（363 aa）片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.90 Å R-free 0.351
1WIO STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–388（363 aa）片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.90 Å R-free 0.351
1WIP STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–388（363 aa）片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å R-free 0.427
1WIP STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, MONOCLINIC CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–388（363 aa）片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å R-free 0.427
1WIQ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–388（363 aa）片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.00 Å R-free 0.442
1WIQ STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–388（363 aa）片段：EXTRACELLULAR FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.00 Å R-free 0.442
2KLU NMR structure of the transmembrane and cytoplasmic domains of human CD4 提交 2009-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 397–458（62 aa）片段：UNP residues 397-458	突变：C394S,C397S,C420S,C422S,C430H	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；318 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD4 coreceptor polypeptide, 200 mM [U-100% 2H] DPC, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NXY HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein(S334A) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0 % PEG 8000, 7.5 % 1,6-Hexanediol, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
2NXZ HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T257S, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.04 Å R-free 0.244
2NY0 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, T257S, V275C, S334A, S375W, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
2NY1 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (I109C, T257S, S334A, S375W, Q428C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.5% PEG 8000, 7.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.99 Å R-free 0.250
2NY2 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (T123C, T257S, S334A, S375W, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.2% PEG 8000, 7.8% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
2NY3 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E267C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.5% PEG 4000, 8.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
2NY4 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (K231C, T257S, E268C, S334A, S375W) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；7.0% PEG 8000, 8.0% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2NY5 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；9.2% PEG 4000, 9.5% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
2NY6 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein (M95W, W96C, I109C, T123C, T257S, V275C,S334A, S375W, Q428C, G431C) Complexed with CD4 and Antibody 17b 提交 2006-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）片段：D1D2, N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；8.3% PEG 8000, 7.4% MPD, 100 mM Na Citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–206（181 aa）片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 MLA MALONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.269
2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 26–206（181 aa）片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MLA MALONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.269
2QAD Structure of tyrosine-sulfated 412d antibody complexed with HIV-1 YU2 gp120 and CD4 提交 2007-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 26–206（181 aa）片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS 链 F 26–206（181 aa）片段：D1D2, IG-LIKE V-TYPE AND IG-LIKE C2-TYPE 1 DOMAINS	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 MLA MALONIC ACID × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17-19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M Na malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.269
3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 428–450（23 aa）片段：residues 403-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.82 Å R-free 0.307
3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 428–450（23 aa）片段：residues 403-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.82 Å R-free 0.307
3B71 CD4 endocytosis motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase 提交 2007-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 428–450（23 aa）片段：residues 403-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；3.9 M NaCl, 2.5 % glycerol, 100 mM Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.82 Å R-free 0.307
3CD4 REFINEMENT AND ANALYSIS OF THE FIRST TWO DOMAINS OF HUMAN CD4 提交 1992-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–207（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
3J70 Model of gp120, including variable regions, in complex with CD4 and 17b 提交 2014-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 26–208（183 aa）片段：UNP residues 26-208 链 O 26–208（183 aa）片段：UNP residues 26-208 链 T 26–208（183 aa）片段：UNP residues 26-208	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 20.00 Å
3JCB Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5 提交 2015-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 26–200（175 aa）片段：UNP residues 26-200	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane.	分辨率未提供
3JCC Structure of Simian Immunodeficiency Virus Envelope Spikes bound with CD4 and Monoclonal Antibody 36D5 提交 2015-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 26–200（175 aa）片段：UNP residues 26-200	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane.	分辨率未提供
3JWD Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；293 K；4.5 % PEG 8000, 01M CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.275
3JWD Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；293 K；4.5 % PEG 8000, 01M CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.275
3JWO Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility 提交 2009-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；5.3% PEG8000, 0.2M Calcium acetate, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.51 Å R-free 0.273
3LQA Crystal structure of clade C gp120 in complex with sCD4 and 21c Fab 提交 2010-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–207（182 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 5% (v/v) PEG 200, 0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.40 Å R-free 0.322
3O2D Crystal structure of HIV-1 primary receptor CD4 in complex with a potent antiviral antibody 提交 2010-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–207（182 aa）片段：UNP residues 26-207	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3 M Na malonate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.19 Å R-free 0.224
3S4S Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 26–203（178 aa）片段：UNP residues 26-203	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3S4S Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 26–203（178 aa）片段：UNP residues 26-203	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3S5L Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 26–203（178 aa）片段：CD4	突变：Q40Y, T45W, S60R, D63R	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.268
3S5L Crystal structure of CD4 mutant bound to HLA-DR1 提交 2011-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 26–203（178 aa）片段：CD4	突变：Q40Y, T45W, S60R, D63R	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, (NH4)SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.268
3T0E Crystal structure of a complete ternary complex of T cell receptor, peptide-MHC and CD4 提交 2011-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 26–388（363 aa）片段：unp residues 26-398	突变：Q40Y, T45W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；277 K；10 mM Tris-HCl pH8, 10 mM NaAc pH5.2, 5 mM NaCl, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 4.00 Å R-free 0.305
4H8W Crystal structure of non-neutralizing and ADCC-potent antibody N5-i5 in complex with HIV-1 clade A/E gp120 and sCD4. 提交 2012-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；11-13% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 65 mM sodium chloride added to well after mixing drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
4JM2 Crystal Structure of PGT 135 Fab in Complex with gp120 Core Protein from HIV-1 Strain JR-FL Bound to CD4 and 17b Fab 提交 2013-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 26–208（183 aa）片段：Ig-like V-type and C2-type 1 domains (UNP residues 26-208)	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG2000, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.285
4P9H Crystal structure of 8ANC195 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV-1 and soluble CD4 D1D2 提交 2014-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–207（182 aa）片段：CD4 D1D2	突变：K75T	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 BEN BENZAMIDINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；298 K；PEG 3350, HEPES, benzamidine	分辨率 3.00 Å R-free 0.272
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–208（208 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–208（208 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–208（208 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4Q6I Crystal structure of murine 2D5 Fab, a potent anti-CD4 HIV-1-neutralizing antibody in complex with CD4 提交 2014-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–208（208 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.5 M (NH4)2SO4, 200 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 100 mM NaAc pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.65 Å R-free 0.257
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R4H Crystal structure of non-neutralizing, A32-like antibody 2.2c in complex with HIV-1 Env gp120 提交 2014-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–203（178 aa）片段：UNP residues 26-203	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG 5000 MME, 100 mM sodium acetate, and 100 mM Tris-HCl pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 4.28 Å R-free 0.320
4RQS Crystal structure of fully glycosylated HIV-1 gp120 core bound to CD4 and 17b Fab 提交 2014-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.4 M sodium formate, 16.6% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.49 Å R-free 0.322
4RQS Crystal structure of fully glycosylated HIV-1 gp120 core bound to CD4 and 17b Fab 提交 2014-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；1.4 M sodium formate, 16.6% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 4.49 Å R-free 0.322
5A7X negative stain EM of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195 提交 2015-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 B 26–206（181 aa）链 F 26–206（181 aa）链 J 26–206（181 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM TRIS, 50 MM NACL；pH 8；20MM TRIS, 50 MM NACL	分辨率 17.00 Å
5A8H cryo-ET subtomogram averaging of BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4, 17b, and 8ANC195 提交 2015-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 B 26–208（183 aa）片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208 链 H 26–208（183 aa）片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208 链 N 26–208（183 aa）片段：SOLUBLE CD4 D1-D2 DOMAINS, RESIDUES26-208	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM TRIS, 50MM NACL；pH 8；20MM TRIS, 50MM NACL cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 95, TEMPERATURE- 70, INSTRUMENT- FEI	分辨率 23.00 Å
5CAY Envelope glycoprotein gp120 core from HIV type 2 bound to the first two domains of human soluble CD4 receptor 提交 2015-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–208（183 aa）片段：domains 1 and 2 (UNP residues 26-208)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.15M DL-Malic acid 7.0, 0.1M imidazole pH 7.0, 22% PEGMME 550	分辨率 3.00 Å R-free 0.287
5THR Cryo-EM structure of a BG505 Env-sCD4-17b-8ANC195 complex 提交 2016-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 G 26–207（182 aa）片段：UNP residues 26-207 链 H 26–207（182 aa）片段：UNP residues 26-207 链 I 26–207（182 aa）片段：UNP residues 26-207	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.90 Å
5U1F Initial contact of HIV-1 Env with CD4: Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP trimer in complex with CD4 and antibody PGT145 提交 2016-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 M 26–388（363 aa）片段：UNP residues 26-388	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.80 Å
5VN3 Cryo-EM model of B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2) and fragment antigen binding variable domain of 17b 提交 2017-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 26–208（183 aa）链 E 26–208（183 aa）链 F 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；DDM was added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample applied to a holey carbon grid on glow discharged face and blotted manually on sample side until filter paper detached from grid, followed by immediate plunging	分辨率 3.70 Å
6CM3 BG505 SOSIP in complex with sCD4, 17b, 8ANC195 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 G 26–207（182 aa）链 H 26–207（182 aa）链 I 26–207（182 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.54 Å
6EDU B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2), the co-receptor mimicking antibody 21c and the broadly neutralizing antibody 8ANC195 提交 2018-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 G 26–208（183 aa）链 H 26–208（183 aa）链 I 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.06 Å
6L1Y structure of gp120/CD4 with a non-canonical surface 提交 2019-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–202（177 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.4；293 K；0.1 M HEPES sodium, pH 7.4, 11% PEG 4000 and 10% 2-propanol	分辨率 2.47 Å R-free 0.257
6MEO Structural basis of coreceptor recognition by HIV-1 envelope spike 提交 2018-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–201（176 aa）片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains, residues 26-201	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 BMA beta-D-mannopyranose × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.001% LMNG (w/v), 0.025% DDM (w/v), and 0.04 % CHS (w/v) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6MET Structural basis of coreceptor recognition by HIV-1 envelope spike 提交 2018-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–388（363 aa）片段：Ig-like V-type 1 and Ig-like C2-type 1,2,3 domains, residues 26-388	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0.001% LMNG (w/v), 0.025% DDM (w/v), and 0.04 % CHS (w/v). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6OPN CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP in complex with small molecule GO35 提交 2019-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 25–203（179 aa）链 F 25–203（179 aa）链 I 25–203（179 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 N07 [3'-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)[1,1'-biphenyl]-3-yl](piperidin-1-yl)methanone × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6OPO Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 25–203（179 aa）链 G 25–203（179 aa）链 N 25–203（179 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；DDM added shortly (<5 minutes) prior to freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6OPP Asymmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM 提交 2019-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 25–203（179 aa）链 F 25–203（179 aa）链 M 25–203（179 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6OPQ CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP frozen with LMNG 提交 2019-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 25–203（179 aa）链 I 25–203（179 aa）链 J 25–203（179 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6U0L Asymmetrically open conformational state (Class I) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 D 26–207（182 aa）片段：D1-D2 domain 链 E 26–207（182 aa）片段：D1-D2 domain 链 F 26–207（182 aa）片段：D1-D2 domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6U0N Asymmetrically open conformational state (Class II) of HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 in complex with sCD4 and E51 Fab 提交 2019-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 D 26–207（182 aa）链 E 26–207（182 aa）链 F 26–207（182 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6X5B Symmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 25–203（179 aa）链 G 25–203（179 aa）链 N 25–203（179 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6X5C Asymmetric model of CD4-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with small molecule GO52 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 25–203（179 aa）链 I 25–203（179 aa）链 J 25–203（179 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 UOV N-(4'-methyl[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxa-7-azaspiro[3.5]nonane-7-carboxamide × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent diluted into sample shortly before application to grid cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.04 Å
7T0O cryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extracellular domains of CD4 and the adnectin domain of Combinectin. The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin 提交 2021-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 H 26–389（364 aa）链 L 26–389（364 aa）链 M 26–389（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
7T0R Crystal structure of the anti-CD4 adnectin 6940_B01 as a complex with the extracellular domains of CD4 and ibalizumab fAb 提交 2021-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–389（364 aa）片段：Extra-cellular domains D1-D4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.01 M Na3 Citrate, 15.5% PEG3350, 0.3 M (NH4)2H Citrate, 0.1 M AmSO4	分辨率 3.65 Å R-free 0.292
7T0R Crystal structure of the anti-CD4 adnectin 6940_B01 as a complex with the extracellular domains of CD4 and ibalizumab fAb 提交 2021-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 26–389（364 aa）片段：Extra-cellular domains D1-D4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.01 M Na3 Citrate, 15.5% PEG3350, 0.3 M (NH4)2H Citrate, 0.1 M AmSO4	分辨率 3.65 Å R-free 0.292
7TXD Cryo-EM structure of BG505 SOSIP HIV-1 Env trimer in complex with CD4 receptor (D1D2) and broadly neutralizing darpin bnD.9 提交 2022-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 26–208（183 aa）片段：D1-D2 链 H 26–208（183 aa）片段：D1-D2 链 I 26–208（183 aa）片段：D1-D2	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.87 Å
8D5C anti-HIV-1 gp120-sCD4 complex antibody CG10 Fab in complex with B41-sCD4 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 D 26–208（183 aa）链 E 26–208（183 aa）链 F 26–208（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8FYI Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT1 in complex with one CD4 molecule 提交 2023-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 Z 26–396（371 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8FYJ Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT2 in complex with two CD4 molecules (class I) 提交 2023-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Y 26–396（371 aa）链 Z 26–396（371 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–203（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate	分辨率 1.81 Å R-free 0.206
8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 26–203（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate	分辨率 1.81 Å R-free 0.206
8W90 crystal structure of CD4-D1D2 with Nb457 提交 2023-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 26–203（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 1.4 M sodium acetate trihydrate	分辨率 1.81 Å R-free 0.206
8Z7N Structure of HIV-1 CH119 SOSIP.664 trimer in complex with CD4 molecules 提交 2024-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–392（392 aa）链 F 1–392（392 aa）链 I 1–392（392 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
9D8Y Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with one gp120 rotated, Population 4 提交 2024-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 M 26–121（96 aa）片段：residues 1-96 链 N 26–121（96 aa）片段：residues 1-96 链 O 26–121（96 aa）片段：residues 1-96	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.06 Å
9D90 Cryo-EM structure of partially open HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-17b Fab and 3-VRC34.01 Fab, Population 1 提交 2024-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 M 26–206（181 aa）链 N 26–206（181 aa）链 O 26–206（181 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9D98 Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with two gp120 protomers rotated, Population 5 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 M 26–206（181 aa）链 N 26–206（181 aa）链 O 26–206（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.19 Å
9MET CXCR4-HIV-2/gp120-CD4 提交 2024-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 26–201（176 aa）片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains (UNP residues 26-201) 链 R 26–201（176 aa）片段：Ig-like V-type and Ig-like C2-type 1 domains (UNP residues 26-201)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.65 Å
9OAJ AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with CD4 D1D2 提交 2025-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–458（458 aa）链 D 1–458（458 aa）链 G 1–458（458 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å

共 78 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–181； UniProt 26–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2b4c
沉积日期 deposition_date	2005-09-23
结构标题 title	Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody
关键词 keywords	HIV-1, gp120, JRFL, V3, X5, CD4 induced antibody, Viral protein-Immune system COMPLEX; Viral protein/Immune system
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.02 Å
零角强度 I(0) i0	186877000.00
分子量 molecular_weight	107190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132890 Å³
包络体积 envelope_volume	190700 Å³
水化壳体积 shell_volume	43460 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.27 Å
包络 Rg envelope_rg	37.63 Å
形状 Rg shape_rg	37.98 Å
总 Rg total_rg	38.40 Å
总原子数 total_atoms	7517
残基数 n_residues	944
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	186900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8693
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.387
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.866

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	38452.7 kDa
突变 mutation	N301Q, T389A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	7543

GARSEVVLENVTEHFNMWKNDMVEQMQEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVGAGSCDTSVITQACPKISFEPIPIHYCAPAGFAILKCNDKTFNGKGPCKNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEVVIRSDNFTNNAKTIIVQLKESVEINCTRPNQNTRKSIHIGPGRAFYTTGEIIGDIRQAHCNISRAKWNDTLKQIVIKLREQFENKTIVFNHSSGGDPEIVMHSFNCGGEFFYCNSAQLFNSTWNNNTEGSNNTEGNTITLPCRIKQIINMWQEVGKAMYAPPIRGQIRCSSNITGLLLTRDGGINENGTEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIE

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD4
分子量 formula_weight	20129.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEFKIDIVVLAFQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 light chain
分子量 formula_weight	23267.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ELVLTQSPGTLSLSAGERATLSCRASQSVSSGSLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIGRLEPEDLAVYYCQQYGTSPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSRDSTYSLGSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	anti-HIV-1 gp120 immunoglobulin X5 heavy chain
分子量 formula_weight	24990.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLLEQSGAEVKKPGSSVQVSCKASGGTFSMYGFNWVRQAPGHGLEWMGGIIPIFGTSNYAQKFRGRVTFTADQATSTAYMELTNLRSDDTAVYYCARDFGPDWEDGDSYDGSGRGFFDFWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	Xylitol
分子量 formula_weight	152.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d2b4cc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2b4cc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.3 — C2 set domains

结构域编号 domain_id	d2b4cg1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.172 — gp120 core
超家族 Superfamily superfamily	d.172.1 — gp120 core
家族 Family family	d.172.1.1 — gp120 core

结构域编号 domain_id	d2b4ch1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2b4ch2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2b4cl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2b4cl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	2b4cC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2b4cC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2b4cG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	40 — HIV Envelope Protein Gp120; Chain G
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein

结构域编号 domain_id	2b4cH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2b4cH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2b4cL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2b4cL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	225.993 Å
晶胞边长 b length_b	225.993 Å
晶胞边长 c length_c	97.968 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3190
R_work r_work	0.3190
R_free r_free	0.3490

fit	/app/data/saxs_computation/b4/2b4c/2b4c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b4/2b4c/2b4c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b4/2b4c/2b4c.dat

Crystal structure of HIV-1 JR-FL gp120 core protein containing the third variable region (V3) complexed with CD4 and the X5 antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)